| 摘要 | 第1-6页 |
| 英文摘要 | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 蛋白质序列数据挖掘研究进展 | 第7-20页 |
| 1 蛋白质相关数据库 | 第7-12页 |
| ·蛋白质序列数据库 | 第9页 |
| ·蛋白质模体基序类数据库 | 第9-10页 |
| ·蛋白质结构数据库 | 第10-12页 |
| ·其他特异蛋白质序列 | 第12页 |
| 2 生物学软件 | 第12-18页 |
| ·常用的蛋白质分析软件 | 第13-15页 |
| ·序列比对与数据库搜索 | 第13-14页 |
| ·蛋白质理化性质的预测和计算 | 第14页 |
| ·蛋白质二级结构的预测 | 第14-15页 |
| ·蛋白质功能预测 | 第15页 |
| ·EMBOSS和GCG | 第15-16页 |
| ·Linux，Perl和MySQL及其他 | 第16-18页 |
| ·系统平台的选择--Linux | 第16-17页 |
| ·编程语言的选择--Perl | 第17页 |
| ·数据库的选择--MySQL | 第17-18页 |
| 3 蛋白质分子模拟介绍 | 第18-20页 |
| ·同源建模法 | 第18页 |
| ·穿线(threading)和折叠识别建模法 | 第18-19页 |
| ·从头预测法 | 第19-20页 |
| 第二章 前言 | 第20-22页 |
| 第三章 材料与方法 | 第22-27页 |
| ·序列的选择 | 第22页 |
| ·本研究所使用的系统及其配置 | 第22-23页 |
| ·蛋白质内部重复片段的取得 | 第23页 |
| ·偶然匹配概率 | 第23页 |
| ·替代打分矩阵 | 第23页 |
| ·全局矩阵分析 | 第23-24页 |
| ·四肽片段处理 | 第23-24页 |
| ·四肽矩阵的构建 | 第24页 |
| ·举例说明 | 第24页 |
| ·氨基酸成分分析 | 第24-25页 |
| ·互联网资源 | 第25页 |
| ·流程图 | 第25-27页 |
| 第四章 结果 | 第27-38页 |
| ·蛋白质组与内部重复片段的初步统计 | 第27-29页 |
| ·蛋白质内部重复片段的总体分布(矩阵分析) | 第29-31页 |
| ·蛋白质组和蛋白质内部重复片段的氨基酸成分分析(PEPSTATS分析) | 第31-36页 |
| ·氨基酸分类分析 | 第36-38页 |
| 第五章 讨论 | 第38-40页 |
| 第六章 参考文献 | 第40-44页 |
| 第七章 附录 | 第44-48页 |
| 附录1: EMBOSS的蛋白质研究相关软件分类和功能概述 | 第44-46页 |
| 附录2: 源程序代码所涉及的EMBOSS程序(来自于EMBOSS MANUAL) | 第46-48页 |
| 致谢 | 第48页 |
