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基于序列信息预测选择性剪接位点和盒式外显子

摘要第1-6页
ABSTRACT第6-10页
第一章 绪论第10-24页
   ·真核生物剪接机制第10-11页
   ·选择性剪接的概念第11-13页
   ·选择性剪接的调节机制和生物学意义第13-14页
   ·国内外研究现状第14-17页
     ·选择性剪接的数据来源第14页
     ·基于EST数据的建库方法第14-16页
     ·非基于EST的选择性剪接研究第16-17页
   ·常用选择性剪接数据库第17-20页
   ·ASD数据库第20-22页
     ·AltSplice子数据库第20-21页
     ·AltExtron子数据库第21页
     ·AEDB子数据库第21-22页
   ·ASAP数据库第22页
   ·论文的研究内容与安排第22-24页
第二章 算法第24-36页
   ·分类算法小结第24-25页
   ·位置权重矩阵第25-26页
   ·离散量与离散增量第26-28页
     ·离散量第26-27页
     ·离散增量第27-28页
   ·支持向量机第28-29页
     ·SVM理论第28-29页
     ·SVM软件第29页
   ·组合支持向量机第29-30页
   ·马氏距离判别第30-31页
   ·位点保守性差异的比较第31-33页
     ·WebLogo方法第31-32页
     ·序列信息参量M_(ni)第32-33页
   ·t检验第33-34页
   ·算法评价指标第34-36页
     ·预测成功率评价指标第34-35页
     ·ROC曲线第35-36页
第三章 预测选择性5′/3′剪接位点第36-55页
   ·选择性剪接位点和假剪接位点的分类第36-39页
     ·数据集第36-37页
     ·序列差异性分析第37-38页
     ·基于序列信息进行预测分类第38-39页
   ·选择性剪接位点和组成性剪接位点的分类第39-44页
     ·数据集第39-40页
     ·序列差异性分析第40页
     ·基于序列信息进行预测分类第40-44页
   ·选择性剪接位点和不含选择性剪接基因剪接位点的分类第44-48页
     ·数据集第45页
     ·序列差异性分析第45-48页
     ·基于序列信息进行预测分类第48页
   ·小鼠基因组中选择性剪接位点和组成性剪接位点的分类第48-52页
     ·数据集第49-50页
     ·基于序列信息进行预测分类第50-52页
   ·用一个参数表述剪接位点竞争机制第52-55页
     ·预测步骤第53页
     ·预测结果第53-55页
第四章 预测盒式外显子第55-64页
   ·数据集第55页
   ·序列特征分析第55-59页
   ·基于序列信息进行分类预测第59-60页
   ·回文序列特征第60-61页
   ·与随机核酸序列进行比较第61-64页
第五章 癌症特异性剪接位点的预测第64-67页
   ·数据集第64页
   ·位点保守性分析第64-65页
   ·癌症特异性剪接位点的预测第65-67页
第六章 把剪接位点分为四大类进行预测第67-71页
   ·数据集第67-68页
   ·选取序列信息参数第68-69页
   ·预测结果第69-71页
第七章 总结与展望第71-74页
   ·本文工作总结第71-73页
   ·工作展望第73-74页
参考文献第74-85页
攻读博士学位期间发表的学术论文第85-86页
致谢第86页

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