| 摘要 | 第1-15页 |
| Abstract | 第15-18页 |
| 1 前言 | 第18-39页 |
| ·海洋石油污染的生物修复 | 第18-20页 |
| ·海洋石油污染的现状和危害 | 第18-19页 |
| ·石油进入海洋后的行为和归宿 | 第19页 |
| ·生物修复在海洋石油污染治理中的应用 | 第19-20页 |
| ·微生物分子生态学研究方法 | 第20-27页 |
| ·微生物多样性研究的传统方法 | 第20页 |
| ·微生物多样性研究的现代方法 | 第20-21页 |
| ·分子生物学技术在微生物多样性研究中的应用 | 第21-27页 |
| ·海洋微生物及其多样性 | 第27-33页 |
| ·海洋石油烃降解微生物研究进展 | 第27-31页 |
| ·本实验石油烃降解微生物研究概况 | 第31-32页 |
| ·大西洋概况 | 第32-33页 |
| ·烷烃羟化酶的研究进展 | 第33-38页 |
| ·烷烃羟化酶催化底物降解途径的多样性 | 第33-34页 |
| ·烷烃羟化酶系统的多样性及其催化机理 | 第34-36页 |
| ·膜结合的烷烃羟化酶AlkB的研究进展 | 第36页 |
| ·细胞色素P450烷烃羟化酶的研究进展 | 第36-38页 |
| ·细胞色素P450简介 | 第36-37页 |
| ·细胞色素P450 CYP153家族的研究进展 | 第37-38页 |
| ·本文的研究目的及意义 | 第38-39页 |
| 2 材料与方法 | 第39-58页 |
| ·材料 | 第39-45页 |
| ·样品来源 | 第39-40页 |
| ·试剂和药品 | 第40-41页 |
| ·分子生物学用酶 | 第41页 |
| ·分子生物学试剂盒 | 第41页 |
| ·主要仪器 | 第41-42页 |
| ·常用培养基和溶液 | 第42-44页 |
| ·引物 | 第44-45页 |
| ·分析软件 | 第45页 |
| ·基本方法 | 第45-52页 |
| ·降解菌群混合菌总DNA的提取 | 第45-46页 |
| ·细菌单菌总DNA的提取 | 第46页 |
| ·DNA沉淀 | 第46页 |
| ·PCR反应体系 | 第46-47页 |
| ·PCR扩增程序 | 第47页 |
| ·Cycle-pure PCR产物纯化 | 第47-48页 |
| ·琼脂糖凝胶上的DNA片段的回收 | 第48页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第48-49页 |
| ·连接反应 | 第49页 |
| ·质粒的化学转化 | 第49页 |
| ·菌落PCR | 第49-50页 |
| ·变性梯度凝胶电泳制胶(DGGE) | 第50-51页 |
| ·DGGE-PCR | 第51页 |
| ·DGGE胶溶液配制和制胶、电泳 | 第51页 |
| ·DGGE条带回收、分析 | 第51-52页 |
| ·海洋石油烃降解菌的富集、分离和鉴定 | 第52-53页 |
| ·筛选培养基、柴油降解菌的富集和筛选 | 第52页 |
| ·柴油降解能力的定性分析 | 第52-53页 |
| ·16S rDNA的鉴定与系统发育树的构建 | 第53页 |
| ·细胞色素P450烷烃羟化酶基因片段的扩增 | 第53页 |
| ·石油烃降解菌群结构DGGE分析 | 第53-54页 |
| ·Parvibaculum菌的系统进化以及功能基因多样性分析 | 第54页 |
| ·以16S全长为基础的系统进化分析 | 第54页 |
| ·以看家基因rpoD为基础的系统进化分析 | 第54页 |
| ·以BOX-PCR以基础的比较分析 | 第54页 |
| ·以P450序列以基础的多样性分析 | 第54页 |
| ·菌株Parvibaculum sp.S18-4烷烃诱导表达试验 | 第54-57页 |
| ·菌株的诱导培养条件 | 第54-55页 |
| ·总RNA的抽提及纯化 | 第55页 |
| ·RT-PCR(Reverse transcript PCR) | 第55-56页 |
| ·Real-time PCR | 第56-57页 |
| ·菌株生理生化特性的测定 | 第57-58页 |
| 3 结果与讨论 | 第58-134页 |
| ·大西洋表层海水油降解菌的富集、分离和鉴定及降解菌群结构分析 | 第58-98页 |
| ·大西洋表层海水油降解菌的富集、分离和鉴定 | 第58-75页 |
| ·降解菌群中可培养菌的分离及鉴定 | 第58-59页 |
| ·20个油降解菌群中可培养菌的组成 | 第59-66页 |
| ·降解菌群中可培养菌株的系统进化分析 | 第66-72页 |
| ·常见细菌在各个菌群中的分布 | 第72-73页 |
| ·分离到的可能的细菌新种 | 第73-75页 |
| ·可培养细菌柴油降解能力的定性测定 | 第75页 |
| ·20个油降解菌群结构DGGE分析 | 第75-94页 |
| ·PCR-DGGE分析降解菌群的结构 | 第75-87页 |
| ·未培养菌的16S rRNA系统进化分析 | 第87-88页 |
| ·不同菌群DGGE图谱比较分析 | 第88-94页 |
| ·小结 | 第94-98页 |
| ·大西洋表层海水油降解菌细胞色素P450烷烃羟化酶基因(CYPl53 P450)多样性的分析 | 第98-112页 |
| ·烷烃羟化酶P450基因片段的PCR扩增 | 第98-99页 |
| ·烷烃羟化酶P450的系统发育分析 | 第99-103页 |
| ·多基因共存的策略 | 第103-105页 |
| ·烷烃羟化酶介导的单菌油降解效应 | 第105页 |
| ·CYP153 P450序列保守的结构域(conserved motifs) | 第105-106页 |
| ·小结 | 第106-112页 |
| ·Parvibaculum属细菌的系统进化及功能基因多样性分析 | 第112-126页 |
| ·菌株来源 | 第112页 |
| ·11株Parvibaculum属细菌的系统进化比较 | 第112-116页 |
| ·11株Parvibaculum属细菌的CYP153 P450基因多样性分析 | 第116-118页 |
| ·菌株S18-4中CYP153 P450基因在烷烃诱导下的差异表达分析 | 第118-125页 |
| ·小结 | 第125-126页 |
| ·一株来自大西洋表层海水的烷烃降解菌Gordonia sp.S4-10的分离鉴定及其降解相关特性分析 | 第126-134页 |
| ·菌株来源 | 第126页 |
| ·菌株鉴定 | 第126-128页 |
| ·基于16S rRNA基因序列的系统进化分析 | 第128-129页 |
| ·基于SecA1基因序列的系统进化分析 | 第129-130页 |
| ·烷烃降解范围 | 第130-131页 |
| ·烷烃羟化酶基因的克隆、测序与分析 | 第131-133页 |
| ·小结 | 第133-134页 |
| 总结与展望 | 第134-136页 |
| 参考文献 | 第136-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
| 附录 | 第148页 |
