| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 文献综述 | 第14-41页 |
| 1.1 高通量DNA测序技术及其在功能基因组学中的应用 | 第14-18页 |
| 1.1.1 高通量DNA测序技术 | 第14-15页 |
| 1.1.2 高通量测序与功能基因组学 | 第15-18页 |
| 1.2 微生物转座子随机突变株文库 | 第18-26页 |
| 1.2.1 天然转座元件的分类与应用 | 第18-19页 |
| 1.2.2 转座子突变株文库 | 第19-21页 |
| 1.2.3 转座子插入高通量测序的研究方法 | 第21-24页 |
| 1.2.4 转座子突变株文库在病原菌研究中的应用 | 第24-25页 |
| 1.2.5 TIS研究中的难点和解决途径 | 第25-26页 |
| 1.3 迟缓爱德华氏菌及其功能基因组 | 第26-32页 |
| 1.3.1 迟缓爱德华氏菌基因组及菌属分型 | 第26-29页 |
| 1.3.2 迟缓爱德华氏菌病害及其防治 | 第29-31页 |
| 1.3.3 迟缓爱德华氏菌毒力机制和功能基因组 | 第31-32页 |
| 1.4 鳗弧菌的菌种特性和基因组 | 第32-33页 |
| 1.4.1 鳗弧菌的菌种特性 | 第32-33页 |
| 1.4.2 鳗弧菌的菌种分型 | 第33页 |
| 1.4.3 鳗弧菌的基因组研究 | 第33页 |
| 1.5 蛋白与蛋白相互作用网络 | 第33-40页 |
| 1.5.1 蛋白与蛋白相互作用组学 | 第33-35页 |
| 1.5.2 蛋白与蛋白相互作用网络的构建 | 第35-37页 |
| 1.5.3 蛋白相互作用网络的应用 | 第37-40页 |
| 1.6 本课题研究的主要内容及意义 | 第40-41页 |
| 第2章 迟缓爱德华氏菌转座子突变株文库构建和测序 | 第41-51页 |
| 2.1 前言 | 第41页 |
| 2.2 实验材料 | 第41-43页 |
| 2.2.1 引物、质粒和菌株 | 第41-42页 |
| 2.2.2 试剂和溶液 | 第42-43页 |
| 2.2.3 测序及分析工具 | 第43页 |
| 2.3 实验方法 | 第43-46页 |
| 2.3.1 转座子插入突变株构建方法 | 第43-44页 |
| 2.3.2 突变株文库的构建和测序流程 | 第44-45页 |
| 2.3.3 测序结果分析 | 第45-46页 |
| 2.4 实验结果 | 第46-50页 |
| 2.4.1 转座子突变株构建 | 第46-47页 |
| 2.4.2 转座子突变株文库统计 | 第47-48页 |
| 2.4.3 突变株文库的应用 | 第48-50页 |
| 2.5 讨论 | 第50页 |
| 2.6 小结 | 第50-51页 |
| 第3章 突变株文库测序用于体外必需基因的筛选 | 第51-69页 |
| 3.1 前言 | 第51页 |
| 3.2 实验材料 | 第51-54页 |
| 3.2.1 引物、质粒和菌株 | 第51页 |
| 3.2.2 试剂和溶液 | 第51-53页 |
| 3.2.3 仪器及分析工具 | 第53-54页 |
| 3.3 实验方法 | 第54-58页 |
| 3.3.1 转座子插入突变株文库构建方法 | 第54页 |
| 3.3.2 体外必需基因筛选 | 第54-56页 |
| 3.3.3 高通量测序文库构建 | 第56-57页 |
| 3.3.4 测序结果分析 | 第57-58页 |
| 3.3.5 必需基因分析 | 第58页 |
| 3.4 实验结果 | 第58-67页 |
| 3.4.1 突变株文库质量与测序结果 | 第58页 |
| 3.4.2 原始文库必需基因分析 | 第58-61页 |
| 3.4.3 体外丰富培养基连续培养筛选 | 第61-63页 |
| 3.4.4 体外海水培养筛选 | 第63-65页 |
| 3.4.5 体外DMEM培养条件筛选 | 第65-66页 |
| 3.4.6 巨噬细胞逃逸模型筛选 | 第66-67页 |
| 3.5 讨论 | 第67-68页 |
| 3.6 本章小结 | 第68-69页 |
| 第4章 突变株文库测序用于体内必需基因的筛选 | 第69-91页 |
| 4.1 前言 | 第69页 |
| 4.2 实验材料 | 第69-74页 |
| 4.3 实验方法 | 第74-76页 |
| 4.3.1 迟缓爱德华氏菌大菱鲆体内竞争试验 | 第74-75页 |
| 4.3.2 突变株文库体内筛选 | 第75页 |
| 4.3.3 体内必需基因的筛选 | 第75-76页 |
| 4.3.4 时间轴动态模型建立 | 第76页 |
| 4.3.5 生长曲线和LD_(50)测定 | 第76页 |
| 4.3.6 体内生存模式验证 | 第76页 |
| 4.4 实验结果 | 第76-88页 |
| 4.4.1 大菱鲆感染模型 | 第76-78页 |
| 4.4.2 突变株文库体内筛选 | 第78页 |
| 4.4.3 突变株文库测序结果质量评价 | 第78-81页 |
| 4.4.4 迟缓爱德华氏菌感染大菱鲆必需基因筛选 | 第81-82页 |
| 4.4.5 感染必需基因生存模式分析 | 第82-83页 |
| 4.4.6 “Mitifits”模式中包含主要的毒力基因 | 第83-84页 |
| 4.4.7 感染必需基因和生存模式的验证 | 第84-88页 |
| 4.5 讨论 | 第88-89页 |
| 4.6 本章小结 | 第89-91页 |
| 第5章 突变株文库测序用于减毒活疫苗靶点筛选 | 第91-99页 |
| 5.1 前言 | 第91页 |
| 5.2 实验材料与方法 | 第91-93页 |
| 5.2.1 候选疫苗筛选 | 第91页 |
| 5.2.2 细菌体内定植检测 | 第91页 |
| 5.2.3 大菱鲆血清杀菌指数测定 | 第91-92页 |
| 5.2.4 酶联免疫反应实验 | 第92-93页 |
| 5.2.5 大菱鲆免疫反应基因的表达测定 | 第93页 |
| 5.2.6 疫苗免疫和攻毒试验 | 第93页 |
| 5.3 实验结果 | 第93-98页 |
| 5.3.1 减毒活疫苗体内生存模式 | 第93页 |
| 5.3.2 基于突变株体内动态模型的启发式疫苗筛选 | 第93-94页 |
| 5.3.3 减毒活疫苗对大菱鲆免疫系统的激活作用 | 第94-97页 |
| 5.3.4 减毒活疫苗的免疫保护力检测 | 第97-98页 |
| 5.4 讨论 | 第98页 |
| 5.5 本章小结 | 第98-99页 |
| 第6章 迟缓爱德华氏菌的蛋白质相互作用网络 | 第99-112页 |
| 6.1 前言 | 第99页 |
| 6.2 实验方法 | 第99-103页 |
| 6.2.1 基于Interolo方法构建蛋白与蛋白相互作用网络 | 第99-100页 |
| 6.2.2 基于结构域相互作用的蛋白相互作用网络构建 | 第100-102页 |
| 6.2.3 基于机器学习算法的亚单位疫苗靶点筛选 | 第102-103页 |
| 6.3 实验结果 | 第103-110页 |
| 6.3.1 基于Interolog和DDI方法构建的蛋白与蛋白相互作用网络 | 第103-105页 |
| 6.3.2 蛋白与蛋白相互作用网络图谱的评价 | 第105-106页 |
| 6.3.3 毒力相关蛋白的相互作用子网络分析 | 第106-108页 |
| 6.3.4 基于蛋白质相互作用网络的减毒活疫苗靶点筛选 | 第108-110页 |
| 6.4 讨论 | 第110-111页 |
| 6.5 本章小结 | 第111-112页 |
| 第7章 突变株文库测序用于鳗弧菌必需基因的筛选 | 第112-123页 |
| 7.1 引言 | 第112页 |
| 7.2 实验材料 | 第112页 |
| 7.2.1 引物,质粒和菌株 | 第112页 |
| 7.3 实验方法 | 第112-115页 |
| 7.3.1 突变株文库构建和活化 | 第113页 |
| 7.3.2 大菱鲆体内预攻毒实验 | 第113页 |
| 7.3.3 鳗弧菌体外生长和体内感染必需基因筛选 | 第113页 |
| 7.3.4 测序结果统计和分析 | 第113-114页 |
| 7.3.5 鳗弧菌缺失株构建 | 第114-115页 |
| 7.3.6 鳗弧菌缺失株体内竞争实验 | 第115页 |
| 7.4 实验结果 | 第115-122页 |
| 7.4.1 鳗弧菌MVM425攻毒剂量 | 第115页 |
| 7.4.2 鳗弧菌MVM425突变株文库筛选 | 第115-116页 |
| 7.4.3 鳗弧菌MVM425体外生长必需基因分析 | 第116-118页 |
| 7.4.5 鳗弧菌MVM425感染大菱鲆的必需基因分析 | 第118-121页 |
| 7.4.6 鳗弧菌感染大菱鲆必需基因的验证 | 第121-122页 |
| 7.5 讨论 | 第122页 |
| 7.6 小结 | 第122-123页 |
| 第8章 结论和创新点 | 第123-125页 |
| 8.1 主要结论 | 第123页 |
| 8.2 论文创新点 | 第123-124页 |
| 8.3 展望 | 第124-125页 |
| 参考文献 | 第125-134页 |
| 攻读博士学位期间研究成果 | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135页 |
