| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-32页 |
| 1.1 多倍体的分类及形成途径 | 第13-14页 |
| 1.2 异源多倍体形成过程中变异研究 | 第14-25页 |
| 1.2.1 异源多倍体形成过程中基因组变异研究 | 第14-17页 |
| 1.2.2 异源多倍体形成过程中表观遗传变异研究 | 第17-21页 |
| 1.2.3 异源多倍体形成过程中基因表达变化研究 | 第21-24页 |
| 1.2.4 异源多倍体形成过程中蛋白质水平变异研究 | 第24-25页 |
| 1.3 普通小麦的起源与进化 | 第25-27页 |
| 1.3.1 普通小麦亚基因组起源 | 第25-26页 |
| 1.3.2 普通小麦亚基因不对称性 | 第26-27页 |
| 1.4 外显子组测序在植物中的应用 | 第27-30页 |
| 1.4.1 小麦外显子捕获平台的构建 | 第28页 |
| 1.4.2 开发分子标记 | 第28页 |
| 1.4.3 鉴定EMS诱变突变体 | 第28-29页 |
| 1.4.4 辅助抗病相关基因克隆 | 第29页 |
| 1.4.5 研究物种群体结构以及驯化历程 | 第29页 |
| 1.4.6 小麦全基因组DNA甲基化研究 | 第29-30页 |
| 1.5 立论依据、研究目标及研究内容 | 第30-32页 |
| 1.5.1 立论依据 | 第30页 |
| 1.5.2 研究目标及内容 | 第30-32页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第32-40页 |
| 2.1 供试材料 | 第32页 |
| 2.2 种子消毒和温室幼苗培养 | 第32页 |
| 2.2.1 种子消毒 | 第32页 |
| 2.2.2 种子温室培养条件 | 第32页 |
| 2.3 荧光原位杂交(FISH)分析 | 第32-33页 |
| 2.3.1 种子预处理 | 第33页 |
| 2.3.2 根尖有丝分裂中期染色体制片 | 第33页 |
| 2.3.3 荧光原位杂交 | 第33页 |
| 2.4 样品基因组DNA提取 | 第33-34页 |
| 2.5 全基因组外显子捕获及高通量测序 | 第34-35页 |
| 2.5.1 供试材料取材 | 第34页 |
| 2.5.2 外显子捕获文库构建 | 第34-35页 |
| 2.5.3 高通量测序 | 第35页 |
| 2.5.4 数据提交 | 第35页 |
| 2.6 总RNA提取 | 第35-36页 |
| 2.6.1 供试材料取材 | 第35页 |
| 2.6.2 样品总RNA提取 | 第35-36页 |
| 2.7 RNA-seq文库构建及高通量测序 | 第36-37页 |
| 2.7.1 样品RNA质量检测 | 第36页 |
| 2.7.2 测序文库构建及高通量测序 | 第36页 |
| 2.7.3 数据提交 | 第36-37页 |
| 2.8 生物信息学分析 | 第37-40页 |
| 2.8.1 测序数据质量检测 | 第37页 |
| 2.8.2 低质量测序reads过滤 | 第37页 |
| 2.8.3 外显子组测序亚基因组特异reads鉴定 | 第37页 |
| 2.8.4 六倍体小麦形成过程中亲本丢失序列鉴定 | 第37-38页 |
| 2.8.5 RNA-seq测序reads与参考基因组比对 | 第38页 |
| 2.8.6 人工合成六倍体小麦与亲本基因差异表达分析 | 第38页 |
| 2.8.7 主成分分析 | 第38-39页 |
| 2.8.8 非加性表达及部分同源基因表达偏好性分析 | 第39页 |
| 2.8.9 基因本体(Gene Ontology; GO)富集分析 | 第39-40页 |
| 第三章 结果和分析 | 第40-59页 |
| 3.1 供试材料核型分析 | 第40页 |
| 3.2 高通量外显子组测序 | 第40-41页 |
| 3.3 参考基因组序列选择 | 第41-42页 |
| 3.4 外显子捕获效率评估 | 第42-43页 |
| 3.5 多倍体小麦亚基因组特异reads的鉴定 | 第43-44页 |
| 3.6 唯一比对reads基因组分布特征分析 | 第44-45页 |
| 3.7 六倍体小麦形成过程中序列变异分析 | 第45-53页 |
| 3.7.1 亲本contigs的鉴定及统计分析 | 第46-47页 |
| 3.7.2 六倍体小麦合成过程中序列丢失分析 | 第47-51页 |
| 3.7.3 六倍体小麦合成过程中丢失序列相关基因功能分析 | 第51-53页 |
| 3.8 六倍体小麦形成过程中基因表达变异分析 | 第53-56页 |
| 3.9 六倍体小麦形成过程中非加性表达模式分析 | 第56-57页 |
| 3.10 人工合成六倍体小麦部分同源基因表达偏向性分析 | 第57-59页 |
| 第四章 讨论 | 第59-63页 |
| 4.1 外显子组测序可用于研究六倍体小麦形成过程中伴随的基因组变异 | 第59-60页 |
| 4.2 小麦异源六倍化过程中亚基因组之间具有不同的序列丢失模式 | 第60页 |
| 4.3 亲缘关系和部分同源序列相似性可能是影响序列丢失的重要因素 | 第60-61页 |
| 4.4 异源六倍体小麦部分同源基因表达分化主要受顺式作用元件调控 | 第61-62页 |
| 4.5 异源六倍体小麦形成过程中基因组变异不是引起基因表达变化之间的主要原因 | 第62-63页 |
| 第五章 结论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-77页 |
| 致谢 | 第77-79页 |
| 附录 | 第79-157页 |
| 作者简历 | 第157-158页 |
