| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一部分 绪论 | 第20-42页 |
| 第一章 miRNA的概述 | 第20-26页 |
| 1.1 miRNA的发现和命名规则 | 第20-21页 |
| 1.1.1 miRNA的发现 | 第20-21页 |
| 1.1.2 miRNA的命名规则 | 第21页 |
| 1.2 miRNA的生物形成过程和作用机制 | 第21-23页 |
| 1.2.1 miRNA的结构特点和生物形成过程 | 第21-22页 |
| 1.2.2 miRNA的作用机制 | 第22-23页 |
| 1.3 miRNA的功能 | 第23-26页 |
| 第二章 miRNA在动物生殖过程中的作用 | 第26-32页 |
| 2.1 miRNA与雄性生殖调控 | 第26-27页 |
| 2.1.1 miRNA在精子发生过程中的作用 | 第26-27页 |
| 2.1.2 miRNA在睾丸中的表达 | 第27页 |
| 2.2 miRNA与雌性生殖调控 | 第27-32页 |
| 2.2.1 卵巢卵泡的分化发育和结构功能 | 第27-28页 |
| 2.2.2 卵巢中激素的产生和作用 | 第28页 |
| 2.2.3 激素产生过程中的芳香化酶的作用 | 第28-29页 |
| 2.2.4 雌激素在卵巢中的作用 | 第29页 |
| 2.2.5 miRNA在卵巢中的表达和功能 | 第29-30页 |
| 2.2.6 miRNA和卵巢中的激素 | 第30-32页 |
| 第三章 鱼类的性别决定和miRNA的研究进展 | 第32-42页 |
| 3.1 鱼类性别决定 | 第32-35页 |
| 3.1.1 鱼类性别决定基因 | 第32-33页 |
| 3.1.2 影响鱼类性别决定的环境因素 | 第33-35页 |
| 3.2 鱼类卵巢分化发育的机理 | 第35-40页 |
| 3.2.1 鱼类卵巢的分化发育 | 第35页 |
| 3.2.2 鱼类卵巢发育相关的分子机理 | 第35-40页 |
| 3.3 本研究的目的和意义 | 第40-42页 |
| 第二部分 来曲唑和阿特拉津对黄河鲤性腺分化的影响及分子机制探讨 | 第42-68页 |
| 第四章 来曲唑对黄河鲤性腺分化的影响及分子机制探讨 | 第42-56页 |
| 4.1 材料与方法 | 第42-45页 |
| 4.1.1 试剂和仪器 | 第42页 |
| 4.1.2 实验动物处理 | 第42-43页 |
| 4.1.3 来曲唑对黄河鲤性腺分化比例和性腺关键基因的影响 | 第43页 |
| 4.1.4 样品采集与总RNA提取 | 第43页 |
| 4.1.5 组织学观察 | 第43-44页 |
| 4.1.6 反转录 | 第44页 |
| 4.1.7 实时荧光定量PCR | 第44页 |
| 4.1.8 结果统计分析 | 第44-45页 |
| 4.2 结果 | 第45-53页 |
| 4.2.1 来曲唑对黄河鲤性腺分化比例的影响 | 第45页 |
| 4.2.2 来曲唑暴露对性腺分化关键时期下丘脑和性腺的组织学观察 | 第45-47页 |
| 4.2.3 来曲唑处理对性腺关键分化基因表达的影响 | 第47-53页 |
| 4.3 讨论 | 第53-55页 |
| 4.4 小结和结论 | 第55-56页 |
| 第五章 阿特拉津对黄河鲤性腺分化的影响及分子机制的探讨 | 第56-68页 |
| 5.1 材料与方法 | 第56-57页 |
| 5.1.1 试剂和仪器 | 第56页 |
| 5.1.2 实验动物处理 | 第56页 |
| 5.1.3 阿特拉津对黄河鲤性腺分化比例和关键基因的影响 | 第56页 |
| 5.1.4 样品采集与总RNA提取 | 第56页 |
| 5.1.5 组织学观察 | 第56-57页 |
| 5.1.6 反转录 | 第57页 |
| 5.1.7 实时荧光定量PCR | 第57页 |
| 5.1.8 结果统计分析 | 第57页 |
| 5.2 结果 | 第57-65页 |
| 5.2.1 阿特拉津对黄河鲤性腺分化比例的影响 | 第57页 |
| 5.2.2 阿特拉津暴露对性腺分化关键时期下丘脑和性腺的组织学观察 | 第57-59页 |
| 5.2.3 阿特拉津处理对性腺分化关键基因表达的影响 | 第59-65页 |
| 5.3 讨论 | 第65-67页 |
| 5.4 小结和结论 | 第67-68页 |
| 第三部分 黄河鲤卵巢发育关键时期相关miRNA的鉴定、结构和功能分析 | 第68-103页 |
| 第六章 黄河鲤miRNA表达的内参基因的筛选 | 第68-80页 |
| 6.1 材料与方法 | 第68-70页 |
| 6.1.1 实验动物 | 第68页 |
| 6.1.2 样品收集 | 第68页 |
| 6.1.3 候选内参基因和引物 | 第68-69页 |
| 6.1.4 试剂和仪器 | 第69-70页 |
| 6.1.5 总RNA抽提及质量检测 | 第70页 |
| 6.1.6 实时荧光定量PCR(qRT-PCR) | 第70页 |
| 6.1.7 稳定性分析 | 第70页 |
| 6.2 结果 | 第70-77页 |
| 6.2.1 成体黄河鲤不同组织中候选内参基因的表达水平和表达稳定性 | 第70-71页 |
| 6.2.2 幼稚黄河鲤不同组织中候选内参基因的表达水平和表达稳定性 | 第71页 |
| 6.2.3 黄河鲤早期发育阶段候选内参基因的表达水平和表达稳定性 | 第71-72页 |
| 6.2.4 黄河鲤性腺发育阶段性腺中候选内参基因的表达水平和表达稳定性 | 第72-77页 |
| 6.3 讨论 | 第77-80页 |
| 第七章 黄河鲤卵巢发育关键时期RNA文库的构建和Solexa测序分析 | 第80-89页 |
| 7.1 材料与方法 | 第80-82页 |
| 7.1.1 实验动物 | 第80页 |
| 7.1.2 试剂和仪器 | 第80-81页 |
| 7.1.3 总RNA抽提及质量检测 | 第81页 |
| 7.1.4 Solexa测序样品准备 | 第81页 |
| 7.1.5 5个发育时期卵巢RNA文库的构建和测序 | 第81-82页 |
| 7.1.6 5个发育时期卵巢RNA测序数据初步生物信息学分析 | 第82页 |
| 7.2 结果 | 第82-87页 |
| 7.2.1 小RNA测序序列统计 | 第82页 |
| 7.2.2 小RNA的分类注释 | 第82-83页 |
| 7.2.3 miRNA序列的长度分布 | 第83-84页 |
| 7.2.4 miRNA序列的碱基偏好性分布 | 第84-87页 |
| 7.3 分析与讨论 | 第87-89页 |
| 7.3.1 样品的选择 | 第87页 |
| 7.3.2 文库构建和质量鉴定 | 第87页 |
| 7.3.3 小RNA长度分布 | 第87-89页 |
| 第八章 黄河鲤卵巢发育相关miRNA的鉴定、表达和功能分析 | 第89-103页 |
| 8.1 材料与方法 | 第89-91页 |
| 8.1.1 黄河鲤保守miRNA和已存在miRNA的鉴定 | 第89页 |
| 8.1.2 黄河鲤新miRNA的鉴定 | 第89-90页 |
| 8.1.3 黄河鲤5个卵巢发育阶段miRNA的差异分析 | 第90页 |
| 8.1.4 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测miRNA表达 | 第90-91页 |
| 8.1.5 差异miRNA靶基因预测、KEGG通路分析和GO注释 | 第91页 |
| 8.2 结果 | 第91-99页 |
| 8.2.1 黄河鲤保守miRNA的鉴定 | 第91-92页 |
| 8.2.2 黄河鲤已存在miRNA的鉴定 | 第92-93页 |
| 8.2.3 黄河鲤新miRNA的鉴定 | 第93页 |
| 8.2.4 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测miRNA表达 | 第93-94页 |
| 8.2.5 5个卵巢发育时期的miRNA的共表达和特异表达分析 | 第94-95页 |
| 8.2.6 5个卵巢发育时期的miRNA的差异表达和表达模式分析 | 第95-98页 |
| 8.2.7 差异miRNA靶基因预测、KEGG通路分析和GO注释 | 第98-99页 |
| 8.3 讨论 | 第99-103页 |
| 8.3.1 黄河鲤卵巢miRNA的鉴定 | 第99-100页 |
| 8.3.2 黄河鲤5个卵巢发育时期差异miRNA的分析 | 第100页 |
| 8.3.3 差异miRNA的靶基因预测和功能分析 | 第100-101页 |
| 8.3.4 其他 | 第101-103页 |
| 第四部分 阿特拉津和来曲唑处理下黄河鲤卵巢发育相关miRNA的鉴定、特征和分析 | 第103-156页 |
| 第九章 阿特拉津处理下黄河鲤卵巢RNA文库的构建和Solexa测序分析 | 第104-111页 |
| 9.1 材料与方法 | 第104-105页 |
| 9.1.1 实验动物 | 第104页 |
| 9.1.2 试剂和仪器 | 第104页 |
| 9.1.3 阿特拉津暴露 | 第104-105页 |
| 9.1.4 总RNA抽提及Solexa测序样品准备 | 第105页 |
| 9.1.5 2个发育时期性腺RNA文库的构建与测序 | 第105页 |
| 9.1.6 2个发育时期性腺RNA测序数据初步生物信息学分析 | 第105页 |
| 9.2 结果 | 第105-109页 |
| 9.2.1 小RNA测序序列统计 | 第105页 |
| 9.2.2 小RNA的分类注释 | 第105-107页 |
| 9.2.3 小RNA序列的长度分布 | 第107-109页 |
| 9.3 讨论 | 第109-111页 |
| 9.3.1 样品的选择 | 第109页 |
| 9.3.2 小RNA分类注释 | 第109页 |
| 9.3.3 小RNA长度分布 | 第109-111页 |
| 第十章 阿特拉津处理下黄河鲤卵巢发育相关miRNA的鉴定、表达和功能分析 | 第111-129页 |
| 10.1 材料与方法 | 第111-112页 |
| 10.1.1 保守miRNA的鉴定 | 第111页 |
| 10.1.2 已存在miRNA的鉴定 | 第111页 |
| 10.1.3 新miRNA的鉴定 | 第111页 |
| 10.1.4 对照组和处理组2个性腺发育阶段miRNA的差异分析 | 第111页 |
| 10.1.5 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测miRNA表达 | 第111-112页 |
| 10.1.6 差异miRNA靶基因预测、KEGG通路分析和GO注释 | 第112页 |
| 10.2 结果 | 第112-125页 |
| 10.2.1 miRNA的鉴定 | 第112-113页 |
| 10.2.2 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测miRNA表达 | 第113页 |
| 10.2.3 原始性腺时期对照组和处理组miRNA的差异分析 | 第113-114页 |
| 10.2.4 幼稚性腺时期对照组和处理组miRNA的差异分析 | 第114页 |
| 10.2.5 miRNA靶基因预测、KEGG通路分析和GO注释 | 第114-125页 |
| 10.3 讨论 | 第125-129页 |
| 10.3.1 miRNA的鉴定 | 第125页 |
| 10.3.2 对照组和处理组差异miRNA的分析 | 第125-126页 |
| 10.3.3 miRNA的靶基因预测和功能分析 | 第126-129页 |
| 第十一章 来曲唑处理下黄河鲤卵巢小RNA文库的构建和Solexa测序分析 | 第129-137页 |
| 11.1 材料与方法 | 第129-130页 |
| 11.1.1 实验动物 | 第129页 |
| 11.1.2 试剂和仪器 | 第129页 |
| 11.1.3 来曲唑暴露 | 第129页 |
| 11.1.4 总RNA抽提及Solexa测序样品准备 | 第129-130页 |
| 11.1.5 2个发育时期性腺小RNA文库的构建与测序 | 第130页 |
| 11.1.6 2个发育时期性腺小RNA测序数据初步生物信息学分析 | 第130页 |
| 11.2 结果 | 第130-135页 |
| 11.2.1 小RNA测序序列统计 | 第130页 |
| 11.2.2 小RNA的分类注释 | 第130-133页 |
| 11.2.3 小RNA序列的长度分布 | 第133-135页 |
| 11.3 讨论 | 第135-137页 |
| 11.3.1 样品的选择 | 第135页 |
| 11.3.2 小RNA分类注释 | 第135页 |
| 11.3.3 小RNA长度分布 | 第135-137页 |
| 第十二章 来曲唑处理下黄河鲤卵巢发育相关miRNA的鉴定、表达和功能分析 | 第137-156页 |
| 12.1 材料与方法 | 第137-138页 |
| 12.1.1 保守miRNA的鉴定 | 第137页 |
| 12.1.2 已存在miRNA的鉴定 | 第137页 |
| 12.1.3 新miRNA的鉴定 | 第137页 |
| 12.1.4 对照组和处理组2个性腺发育阶段miRNA的差异分析 | 第137页 |
| 12.1.5 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测miRNA表达 | 第137-138页 |
| 12.1.6 差异miRNA靶基因预测、KEGG通路分析和GO注释 | 第138页 |
| 12.2 结果 | 第138-151页 |
| 12.2.1 miRNA的鉴定 | 第138-139页 |
| 12.2.2 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测miRNA表达 | 第139-140页 |
| 12.2.3 原始性腺时期对照组和处理组miRNA的差异分析 | 第140页 |
| 12.2.4 幼稚性腺时期对照组和处理组miRNA的差异分析 | 第140-141页 |
| 12.2.5 miRNA靶基因预测、KEGG通路分析和GO注释 | 第141-151页 |
| 12.3 讨论 | 第151-156页 |
| 12.3.1 miRNA的鉴定 | 第151页 |
| 12.3.2 对照组和处理组差异miRNA的分析 | 第151-152页 |
| 12.3.3 miRNA的靶基因预测和功能分析 | 第152-156页 |
| 第五部分 8个黄河鲤卵巢发育相关miRNAs生物学功能的初步研究 | 第156-194页 |
| 第十三章 8个黄河鲤性腺(卵巢)发育相关miRNAs生物学功能的初步研究 | 第156-194页 |
| 13.1 实验材料 | 第157-158页 |
| 13.1.1 实验动物 | 第157页 |
| 13.1.2 主要试剂和仪器 | 第157-158页 |
| 13.1.3 细胞系、菌株和载体质粒 | 第158页 |
| 13.2 实验步骤和方法 | 第158-165页 |
| 13.2.1 8个miRNAs与靶基因组织表达谱研究 | 第158-159页 |
| 13.2.2 双荧光素酶报告实验 | 第159-163页 |
| 13.2.3 酶联免疫分析(ELISA) | 第163-165页 |
| 13.3 结果 | 第165-191页 |
| 13.3.1 miRNAs及其靶基因在黄河鲤不同组织中的表达分析 | 第165-172页 |
| 13.3.2 双荧光素酶活性检测 | 第172-183页 |
| 13.3.3 酶联免疫(ELISA)数据分析 | 第183-191页 |
| 13.4 讨论 | 第191-194页 |
| 结论 | 第194-196页 |
| 参考文献 | 第196-224页 |
| 致谢 | 第224-225页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第225-226页 |
