| 摘要 | 第11-13页 |
| ABSTRACT | 第13-15页 |
| 上篇 文献综述 | 第16-53页 |
| 第一章 水稻细菌性条斑病菌的致病因子及与水稻互作的研究进展 | 第17-35页 |
| 1 黄单胞属病原菌的分类及危害 | 第17-19页 |
| 2 水稻细菌性条斑病菌的分类、生物学特性、分布及危害 | 第19-23页 |
| 2.1 分类 | 第19-20页 |
| 2.2 生物学特性及引发的病害症状 | 第20-21页 |
| 2.3 分布及危害 | 第21-22页 |
| 2.4 水稻条斑病菌的致病性分化 | 第22-23页 |
| 3 水稻细菌性条斑病菌的毒性因子 | 第23-27页 |
| 3.1 胞外多糖 | 第23-24页 |
| 3.2 毒性相关的外泌蛋白酶 | 第24-26页 |
| 3.2.1 果胶酶 | 第25-26页 |
| 3.2.2 纤维素酶 | 第26页 |
| 3.2.3 蛋白酶 | 第26页 |
| 3.3 毒素 | 第26-27页 |
| 3.4 生长调节物质 | 第27页 |
| 4 水稻细菌性条斑病菌-水稻的互作研究进展 | 第27-33页 |
| 4.1 T3SS在水稻细菌性条斑病菌-水稻互作过程中扮演关键角色 | 第27-31页 |
| 4.2 效应蛋白干扰寄主细胞的生物学过程 | 第31-32页 |
| 4.2.1 YopJ/AvrRxv | 第31页 |
| 4.2.2 AvrBs3/PthA | 第31-32页 |
| 4.3 氧化压力是水稻细菌性条斑病细菌成功侵染水稻的一个屏障 | 第32-33页 |
| 5 展望 | 第33-35页 |
| 第二章 黄单胞菌群体感应研究进展 | 第35-53页 |
| 1 主要的细菌群体感应类型 | 第35-36页 |
| 1.1 细菌的群体感应与群体行为 | 第35页 |
| 1.2 原核生物群体感应的发现及主要类型 | 第35-36页 |
| 2 依赖AHLs的群体感应系统 | 第36-39页 |
| 3 依赖AI-2的群体感应系统 | 第39-40页 |
| 4 依赖DSF的群体感应系统 | 第40-51页 |
| 4.1 DSF群体感应信号分子的发现 | 第40-43页 |
| 4.2 双组分系统RpfC/RpfG对DSF信号的感应及转换 | 第43-44页 |
| 4.3 DSF对第二信使cyclic di-GMP的调控 | 第44-49页 |
| 4.3.1 第二信使核苷酸 | 第44-46页 |
| 4.3.2 cyclic di-GMP及其与DSF的关系 | 第46-47页 |
| 4.3.3 Clp是DSF信号转导网络中的关键节点 | 第47-49页 |
| 4.4 DSF生物合成的自诱导机制 | 第49-51页 |
| 5 DSF家族信号分子参与种间信息交流 | 第51-52页 |
| 6 展望 | 第52-53页 |
| 下篇 研究内容 | 第53-147页 |
| 第一章 水稻细菌性条斑病菌RPF基因簇的功能分析 | 第55-85页 |
| 1 引言 | 第56-57页 |
| 2 材料与方法 | 第57-69页 |
| 2.1 菌株、质粒和培养条件 | 第57-58页 |
| 2.2 引物的设计与合成 | 第58-59页 |
| 2.3 培养基 | 第59-60页 |
| 2.4 酶、抗生素、试剂盒和化学试剂 | 第60页 |
| 2.5 DNA操作体系 | 第60-62页 |
| 2.5.1 Taq DNA聚合酶PCR体系 | 第60页 |
| 2.5.2 PrimerSTAR HS DNA聚合酶PCR体系 | 第60-61页 |
| 2.5.3 酶切体系 | 第61页 |
| 2.5.4 Taq DNA聚合酶PCR产物连接体系 | 第61页 |
| 2.5.5 纯化酶切产物的连接体系 | 第61-62页 |
| 2.6 细菌基因组DNA的提取 | 第62页 |
| 2.7 水稻细菌性条斑病菌Rs105菌株rpf基因簇的克隆 | 第62页 |
| 2.8 rpf基因突变体的构建 | 第62-63页 |
| 2.9 连接产物转化大肠杆菌 | 第63-64页 |
| 2.9.1 大肠杆菌DH5 α化学感受态细胞的制备 | 第63页 |
| 2.9.2 连接产物的热激转化及阳性克隆的筛选 | 第63-64页 |
| 2.10 质粒的提取与酶切验证 | 第64页 |
| 2.11 水稻细菌性条斑病菌电转化及缺失突变体的筛选 | 第64-65页 |
| 2.11.1 水稻细菌性条斑病菌的电转化感受态细胞的制备 | 第64-65页 |
| 2.11.2 重组质粒电转化到水稻细菌性条斑病菌中 | 第65页 |
| 2.11.3 缺失突变体的筛选 | 第65页 |
| 2.12 Southern Blot验证 | 第65-68页 |
| 2.12.1 杂交溶液的配制 | 第65-66页 |
| 2.12.2 探针的制备 | 第66页 |
| 2.12.3 杂交膜的制备 | 第66-68页 |
| 2.13 互补菌株的构建 | 第68页 |
| 2.14 群体感应信号分子DSF检测 | 第68页 |
| 2.15 致病性测定 | 第68-69页 |
| 2.16 胞外多糖EPS的定量 | 第69页 |
| 2.17 细菌的聚集和驱散试验 | 第69页 |
| 2.18 过敏反应HR测定 | 第69页 |
| 3 结果 | 第69-82页 |
| 3.1 水稻细菌性条斑病菌中rpf基因簇同族体的鉴定 | 第69-70页 |
| 3.2 重组自杀载体的构建及验证 | 第70-71页 |
| 3.3 rpf基因簇各基因缺失突变体的获得 | 第71-72页 |
| 3.4 rpf基因缺失突变体的互补菌株构建(以rpfF基因为例) | 第72-73页 |
| 3.5 rpf基因簇对DSF信号分子生物合成的影响 | 第73-74页 |
| 3.5.1 rpfF是水稻细菌性条斑病菌合成DSF所必需的 | 第73-74页 |
| 3.5.2 rpfC和rpfG影响水稻细菌条斑病菌的DSF生物合成 | 第74页 |
| 3.6 rpf基因突变体表型分析 | 第74-82页 |
| 3.6.1 rpfF基因突变体表型 | 第74-78页 |
| 3.6.2 rpfC、rpfG和rpfGC基因突变体表型 | 第78-82页 |
| 4 讨论 | 第82-85页 |
| 第二章 水稻细菌性条斑病菌DSF型群体感应系统调控的胞内蛋白质组比较分析 | 第85-103页 |
| 1 引言 | 第85-86页 |
| 2 材料与方法 | 第86-96页 |
| 2.1 蛋白质的提取与纯化 | 第86-87页 |
| 2.1.1 细菌菌株及培养条件 | 第86页 |
| 2.1.2 总蛋白的提取及纯化 | 第86-87页 |
| 2.2 向等电点聚焦 | 第87-89页 |
| 2.2.1 蛋白质的定量 | 第87页 |
| 2.2.2 上样 | 第87-88页 |
| 2.2.3 干胶条泡胀 | 第88页 |
| 2.2.4 等电点聚焦 | 第88-89页 |
| 2.2.5 胶条的保存 | 第89页 |
| 2.3 二向SDS-PAGE | 第89-92页 |
| 2.3.1 灌胶 | 第89-91页 |
| 2.3.2 玻璃板、电泳槽等的准备 | 第91页 |
| 2.3.3 胶条的平衡 | 第91-92页 |
| 2.3.4 SDS-PAGE电泳 | 第92页 |
| 2.4 染色 | 第92-94页 |
| 2.4.1 凝胶的转移 | 第92-93页 |
| 2.4.2 银染 | 第93页 |
| 2.4.3 考染 | 第93-94页 |
| 2.4.4 凝胶的保存 | 第94页 |
| 2.5 图像分析 | 第94页 |
| 2.6 质谱分析 | 第94-96页 |
| 2.6.1 挖点 | 第94页 |
| 2.6.2 斑点的处理 | 第94-95页 |
| 2.6.3 酶切 | 第95页 |
| 2.6.4 肽段浓缩除盐 | 第95页 |
| 2.6.5 质谱检测 | 第95-96页 |
| 2.6.6 数据库检索 | 第96页 |
| 3 结果 | 第96-98页 |
| 3.1 水稻细菌性条斑病菌野生型菌株和rpfF缺失突变株蛋白质组比较分析 | 第96-98页 |
| 3.2 差异表达蛋白质的鉴定和功能分析 | 第98页 |
| 4 讨论 | 第98-103页 |
| 第三章 水稻细菌性条斑病菌中受群体感应调控的新颖致病相关基因hshB的鉴定和功能分析 | 第103-127页 |
| 1 引言 | 第104页 |
| 2 材料与方法 | 第104-111页 |
| 2.1 菌株、质粒和培养条件 | 第104-105页 |
| 2.2 基因的缺失突变体构建及互补 | 第105-107页 |
| 2.3 Southern Blot验证 | 第107页 |
| 2.4 致病性和在水稻上的定殖能力测定 | 第107页 |
| 2.5 基本培养基中的生长曲线测定 | 第107-108页 |
| 2.6 DSF的提取 | 第108页 |
| 2.7 胞外多糖EPS的定量 | 第108页 |
| 2.8 胞外蛋白酶活性的测定 | 第108页 |
| 2.9 过氧化氢耐受性试验 | 第108页 |
| 2.10 噻枯唑耐受性试验 | 第108页 |
| 2.11 相对实时荧光定量PCR和反转录PCR | 第108-111页 |
| 2.11.1 细菌总RNA的提取 | 第108-109页 |
| 2.11.2 RNA的纯化 | 第109-110页 |
| 2.11.3 RNA的质量与浓度检测 | 第110页 |
| 2.11.4 逆转录反应合成cDNA | 第110页 |
| 2.11.5 相对实时荧光定量PCR | 第110-111页 |
| 2.11.6 反转录PCR | 第111页 |
| 3 结果 | 第111-124页 |
| 3.1 新颖毒性基因hshB的发现 | 第111-113页 |
| 3.2 黄单胞属细菌基因组中hshB同源基因及上下游核酸序列分析 | 第113-117页 |
| 3.3 DSF调控hshB的转录 | 第117-118页 |
| 3.4 clp基因的缺失突变显著削弱了水稻细菌性条斑病菌的致病性 | 第118-119页 |
| 3.5 hshB和clp调控水稻细菌性条斑病菌的胞外多糖和胞外蛋白酶生物合成 | 第119-120页 |
| 3.6 hshB和clp有助于水稻细菌性条斑病菌抵抗氧化压力和噻枯唑 | 第120-122页 |
| 3.7 hshB是水稻细菌性条斑病菌在基本培养中正常生长所必需的 | 第122页 |
| 3.8 全局性调控因子Clp调控hshB的转录 | 第122-124页 |
| 4 讨论 | 第124-127页 |
| 第四章 水稻细菌性条斑病菌群体感应调控的胞外蛋白质组比较分析 | 第127-147页 |
| 1 引言 | 第128-129页 |
| 2 材料与方法 | 第129-134页 |
| 2.1 细菌菌株及培养条件 | 第129-131页 |
| 2.2 胞外总蛋白的提取及纯化 | 第131-132页 |
| 2.2.1 胞外蛋白的提取步骤 | 第131页 |
| 2.2.2 提取胞外蛋白的SDS-PAGE验证 | 第131-132页 |
| 2.2.3 胞外蛋白的纯化 | 第132页 |
| 2.3 蛋白质双向电泳 | 第132页 |
| 2.4 质谱分析 | 第132页 |
| 2.5 鉴定蛋白的信号肽预测 | 第132页 |
| 2.6 鉴定外泌蛋白对应基因缺失突变体的构建 | 第132-133页 |
| 2.7 致病性测定 | 第133-134页 |
| 3 结果 | 第134-143页 |
| 3.1 胞外蛋白的提取 | 第134-135页 |
| 3.2 不同方式纯化的胞外蛋白质2-DE图谱比较 | 第135页 |
| 3.3 水稻细菌性条斑病菌野生型菌株和fpfF突变株胞外蛋白质组比较分析 | 第135-138页 |
| 3.4 差异表达蛋白质的鉴定和功能分析 | 第138-141页 |
| 3.5 DSF调控的部分外泌蛋白是水稻细菌性条斑病菌保持完整致病性所必需的 | 第141-143页 |
| 4 讨论 | 第143-147页 |
| 全文总结 | 第147-149页 |
| 本论文创新点 | 第149-151页 |
| 参考文献 | 第151-171页 |
| 致谢 | 第171-173页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第173页 |
