烟草生物大数据平台的构建及应用
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 1 引言 | 第12-22页 |
| 1.1 烟草种质资源概述 | 第12-15页 |
| 1.1.1 烟草的起源和进化 | 第12-13页 |
| 1.1.2 烟草分类和分布 | 第13页 |
| 1.1.3 烟草种质资源和抗性种质的鉴定 | 第13-15页 |
| 1.2 烟草在分子生物学水平上研究 | 第15-20页 |
| 1.2.1 烟草基因组测序 | 第15-16页 |
| 1.2.2 分子标记开发应用 | 第16-19页 |
| 1.2.2.1 限制性片段长度多态性(RFLP) | 第16-17页 |
| 1.2.2.2 简单重复序列(SSR) | 第17-18页 |
| 1.2.2.3 随机扩增多态性DNA(RAPD) | 第18页 |
| 1.2.2.4 扩增片段长度多态性(AFLP) | 第18页 |
| 1.2.2.5 单核苷酸多态性(SNP) | 第18-19页 |
| 1.2.2.6 潜在内含子多态性(PIP) | 第19页 |
| 1.2.3 烟草遗传图谱 | 第19-20页 |
| 1.3 生物数据库的发展和应用 | 第20-21页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第21-22页 |
| 2 材料和方法 | 第22-27页 |
| 2.1 试验材料 | 第22-23页 |
| 2.1.1 烟草种质资源的收集整理 | 第22页 |
| 2.1.2 烟草序列的下载 | 第22页 |
| 2.1.3 烟草遗传图谱的收集整理 | 第22-23页 |
| 2.2 烟草基因注释分析 | 第23-24页 |
| 2.2.1 烟草基因代谢途径注释 | 第23-24页 |
| 2.2.2 烟草基因家族注释 | 第24页 |
| 2.3 烟草分子标记的开发 | 第24-25页 |
| 2.3.1 SSR标记的开发 | 第24页 |
| 2.3.1.1 SSR标记扫描 | 第24页 |
| 2.3.1.2 SSR引物的设计 | 第24页 |
| 2.3.1.3 SSR分类统计 | 第24页 |
| 2.3.2 SNP标记的开发 | 第24-25页 |
| 2.4 每个基因引物的设计 | 第25页 |
| 2.5 烟草生物大数据平台的构建 | 第25-27页 |
| 3 结果与分析 | 第27-54页 |
| 3.1 烟草种质资源概况 | 第27-28页 |
| 3.2 烟草基因注释分析结果 | 第28-35页 |
| 3.2.1 烟草基因序列KEGG注释 | 第28-29页 |
| 3.2.2 烟草基因家族的预测 | 第29-31页 |
| 3.2.3 烟草分子标记的开发 | 第31-34页 |
| 3.2.3.1 烟草SSR标记 | 第31-33页 |
| 3.2.3.2 烟草SNP标记 | 第33-34页 |
| 3.2.4 分子标记和烟草基因引物开发 | 第34-35页 |
| 3.2.4.1 SSR分子标记引物开发 | 第34页 |
| 3.2.4.2 烟草基因引物开发 | 第34-35页 |
| 3.3 烟草生物大数据平台的使用 | 第35-54页 |
| 3.3.1 数据库的架构 | 第35-36页 |
| 3.3.2 烟草种质资源库的使用 | 第36-38页 |
| 3.3.3 基因分析库的使用 | 第38-43页 |
| 3.3.3.1 遗传图谱的查询 | 第38-40页 |
| 3.3.3.2 基因注释查询 | 第40-42页 |
| 3.3.3.3 基因家族的查询 | 第42-43页 |
| 3.3.4 分子标记库的使用 | 第43-47页 |
| 3.3.4.1 SSR标记的查询 | 第43-45页 |
| 3.3.4.2 SNP标记的查询 | 第45-46页 |
| 3.3.4.3 基因引物的查询 | 第46-47页 |
| 3.3.5 生物分析工具的使用 | 第47-51页 |
| 3.3.5.1 常用生物信息分析在线工具 | 第47-49页 |
| 3.3.5.2 Jbrowse-基因组浏览器 | 第49-51页 |
| 3.3.6 其他功能 | 第51-54页 |
| 3.3.6.1 数据下载 | 第51-52页 |
| 3.3.6.2 数据分析 | 第52页 |
| 3.3.6.3 帮助文档 | 第52页 |
| 3.3.6.4 意见和建议 | 第52-53页 |
| 3.3.6.5 关于我们 | 第53-54页 |
| 4 讨论 | 第54-56页 |
| 4.1 烟草种质资源库的构建 | 第54页 |
| 4.2 烟草生物大数据平台的构建和应用 | 第54页 |
| 4.3 基因组可视化工具在烟草上的应用 | 第54页 |
| 4.4 数据库开发环境的稳定 | 第54-55页 |
| 4.5 数据库的更新 | 第55-56页 |
| 5 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-68页 |
| 致谢 | 第68页 |
