摘要 | 第4-7页 |
Abstract | 第7-10页 |
目录 | 第11-15页 |
第一章 前言 | 第15-17页 |
第二章 材料与方法 | 第17-31页 |
2.1 材料 | 第17-20页 |
2.1.1 重症肌无力血液样本及对照样本资料和处理 | 第17-18页 |
2.1.2 lncRNA芯片 | 第18-20页 |
2.2 lncRNA芯片实验试剂仪器 | 第20-24页 |
2.2.1 lncRNA主要试剂 | 第20-21页 |
2.2.2 主要仪器耗材 | 第21页 |
2.2.3 实验步骤 | 第21-24页 |
2.3 lncRNA数据分析 | 第24-27页 |
2.3.1 lncRNA及共表的mRNA均一及差异筛选的方法 | 第24-25页 |
2.3.2 差异基因共表达的筛选方法及共表达模式说明 | 第25-26页 |
2.3.3 差异lncRNA的基因功能注释 | 第26-27页 |
2.3.4 LncRNAs与其临近编码基因的基因组共表达精细作图 | 第27页 |
2.3.5 LncRNAs通过trans机制调控的靶基因 | 第27页 |
2.4 差异lncRNA的real-time PCR验证 | 第27-31页 |
2.4.1 试剂 | 第27-28页 |
2.4.2 验证样本的RNA提取方法 | 第28-29页 |
2.4.3 RNA提出质量检测 | 第29页 |
2.4.4 RNA逆转录 | 第29-30页 |
2.4.5 荧光定量PCR检测方法 | 第30-31页 |
第三章 结果 | 第31-117页 |
第一部分:重症肌无力lncRNA及mRNA芯片结果 | 第31-37页 |
1.1 重症肌无力外周血标本和正常健康对照人外周血标本的收集 | 第31-32页 |
1.2 外周血标本的总RNA提取 | 第32-34页 |
1.3 重症肌无力及健康对照外周血样本lncRNA芯片及mRNA芯片筛选 | 第34-37页 |
1.3.1 OE_Biotech Human lncRNA芯片V2.0芯片检测 | 第34-36页 |
1.3.2 lncRNA芯片的数据分析 | 第36-37页 |
第二部分:重症肌无力并发胸腺瘤的lncRNA及mRNA结果分析 | 第37-66页 |
2.1 重症肌无力并发胸腺瘤的差异lncRNA及mRNA | 第37-47页 |
2.2 重症肌无力并发胸腺瘤组与健康对照组差异lncRNA和mRNA的SAM分析 | 第47页 |
2.3 重症肌无力并发胸腺瘤组的差异lncRNA和mRNA的cluster分析 | 第47-48页 |
2.4 重症肌无力并发胸腺瘤组与正常对照组差异表达的lncRNA的共表达基因 | 第48-60页 |
2.4.1 上调lncRNA oebiotech_11933的共表达基因 | 第49-50页 |
2.4.2 上调LncRNAs oebiotech_11933和A_24_P927716的生物学功能注释参与的信号通路的关系 | 第50-54页 |
2.4.3 下调lncRNA A_21_P0010030和A_21_P0002844的共表达基因及功能注释 | 第54-60页 |
2.5 重症肌无力并发胸腺瘤组与正常组lncRNA功能预测网络图及统计特征 | 第60-61页 |
2.6 LncRNAs与其临近编码基因的基因组共表达精细作图 | 第61-63页 |
2.7 LncRNAs与通过trans机制调控的靶基因 | 第63-66页 |
2.7.1 重症肌无力并发胸腺瘤差异转录因子--LncRNAs二元组关系及其网络 | 第64页 |
2.7.2 重症肌无力并发胸腺瘤差异转录因子--LncRNAs—靶基因三元组关系及其生物学意义 | 第64-66页 |
第三部分:重症肌无力胸腺无异常的lncRNA及mRNA结果分析 | 第66-89页 |
3.1 重症肌无力胸腺无异常的差异lncRNA及mRNA | 第66-70页 |
3.2 重症肌无力胸腺无异常的lncRNA和mRNA的SAM分析 | 第70-71页 |
3.3 重症肌无力胸腺无异常组与正常对照差异lncRNA和mRNA的cluster分析 | 第71-72页 |
3.4 重症肌无力胸腺无异常与正常对照组差异表达的lncRNA的共表达基因 | 第72-84页 |
3.4.1 重症肌无力胸腺无异常组与正常对照组上调lncRNA oebiotech_11933和lncRNA oebiotech_03926的共表达基因 | 第73-75页 |
3.4.2 上调LncRNAs oebiotech_11933和lncRNA_oebiotech_03926的生物学功能注释参与的信号通路的关系 | 第75-78页 |
3.4.3 下调 lncRNA_oebiotech02627 和 li_ncRNA_oebotech22482 的共表达基因及_功能注释 | 第78-82页 |
3.4.4 下调lncRNA oebiotech_22482共表达基因的GO和pathway分析 | 第82-84页 |
3.5 重症肌无力胸腺无异常组与正常组lncRNA功能预测网络图及统计特征 | 第84-86页 |
3.6 重症肌无力胸腺无异常组LNCRNAs与其临近编码基因的基因组共表达精细作图 | 第86-87页 |
3.7 LNCRNAs与通过trans机制调控的靶基因 | 第87-89页 |
3.7.1 重症肌无力胸腺无异常组差异LncRNAs--转录因子二元组关系及其网络 | 第87-88页 |
3.7.2 重症肌无力胸腺无异常组差异转录因子——LncRNAs--靶基因三元组关系及其生物学意义 | 第88-89页 |
第四部分:重症肌无力胸腺瘤组与重症肌无力胸腺无异常组的lncRNA及mRNA结果分析 | 第89-117页 |
4.1 重症肌无力胸腺瘤组与重症肌无力胸腺无异常组的lncRNA及mRNA | 第89-90页 |
4.2 重症肌无力胸腺瘤组和重症肌无力胸腺无异常组差异lncRNA和mRNA的SAM分析 | 第90-91页 |
4.3 重症肌无力并发胸腺瘤组与重症肌无力胸腺无异常组差异lncRNA和mRNA的cluster分析 | 第91-92页 |
4.4 重症肌无力胸腺瘤组与重症肌无力胸腺无异常组差异表达lncRNA的共表达基因 | 第92-103页 |
4.4.1 上调lncRNA oebiotech_13222和lncRNAA_19_P00315959的共表达基因 | 第93-94页 |
4.4.2 上调lncRNA oebiotech_13222共表达基因的GO和pathway分析及功能注释 | 第94-95页 |
4.4.3 上调lncRNA A_19_P00315959在重症肌无力有无胸腺瘤异常的中的共表达基因的GO和pathway分析 | 第95-97页 |
4.4.4 重症肌无力并发胸腺瘤组与重症肌无力胸腺无异常组中下调IncRNAoebiotech_22652和lncRNA oebiotech_16223的共表达基因 | 第97-99页 |
4.4.5 下调lncRNA oebiotech_22652的GO和pathway及基因功能注释 | 第99-101页 |
4.4.6 下调lncRNA oebiotech_16223的GO和pathway及基因功能注释 | 第101-103页 |
4.5 重症肌无力差异lncRNA及mRNA的整合分析 | 第103-113页 |
4.5.1 重症肌无力差异lncRNA的整合分析 | 第103-108页 |
4.5.2 重症肌无力差异mRNA的整合分析 | 第108-112页 |
4.5.3 重症肌无力并发胸腺瘤与重症肌无力胸腺无异常的差异lncRNA功能预测网络图及统计特征 | 第112-113页 |
4.6 重症肌无力胸腺瘤组与重症肌无力胸腺无异常组差异LncRNAs其临近编码基因的基因组共表达精细作图 | 第113-114页 |
4.7 重症肌无力胸腺瘤组与重症肌无力胸腺无异常组差异LncRNAs与通过TRANS机制调控的靶基因 | 第114-117页 |
4.7.1 重症肌无力胸腺瘤组与重症肌无力胸腺无异常组差异转录因子--LncRNAs二元组关系及其网络 | 第114-115页 |
4.7.2 重症肌无力胸腺瘤组与重症肌无力胸腺无异常组差异转录因子-LncRNAs-靶基因三元组关系及其生物学意义 | 第115-117页 |
第四章 讨论 | 第117-131页 |
IncRNA芯片在重症肌无力中研究的创新性 | 第117-119页 |
IncRNA在重症肌无力中的异常研究 | 第119页 |
重症肌无力并发胸腺瘤组整体差异比重症肌无力胸腺无异常组的差异多 | 第119-120页 |
重症肌无力并发胸腺瘤组与正常对照组差异 | 第120-123页 |
重症肌无力胸腺无异常组与正常对照组差异 | 第123-125页 |
重症肌无力并发胸腺瘤组与重症肌无力胸腺无异常组差异 | 第125-128页 |
重症肌无力共同差异变化IncRNA与mRNA | 第128页 |
IncRNA的cis分析 | 第128-129页 |
IncRNA 的 trans 分析 | 第129-131页 |
第五章 结论 | 第131-132页 |
参考文献 | 第132-141页 |
综述 | 第141-150页 |
参考文献 | 第146-150页 |
研究成果 | 第150-151页 |
致谢 | 第151页 |