| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-20页 |
| 1.1 多烯大环内酯类抗生素概述 | 第8-14页 |
| 1.1.1 多烯大环内酯类抗生素的特点 | 第8页 |
| 1.1.2 多烯大环内酯类抗生素的生物合成过程 | 第8-12页 |
| 1.1.3 多烯大环内酯类抗生素的作用机理研究 | 第12页 |
| 1.1.4 对多烯大环内酯类抗生素产生菌的生物改造及相关研究 | 第12-14页 |
| 1.2 对聚酮类抗生素相关的进化方面的研究 | 第14-15页 |
| 1.3 系统发育分析方法及进化模型介绍 | 第15-18页 |
| 1.3.1 系统发育方法简介 | 第15页 |
| 1.3.2 系统发育分析方法的常用建树方法 | 第15-16页 |
| 1.3.3 进化模型简介 | 第16-18页 |
| 1.4 本文的研究意义及主要研究内容 | 第18-20页 |
| 第二章 多烯大环内酯类抗生素中生物合成相关酶的系统发育分析及相关研究 | 第20-61页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第20-24页 |
| 2.1.1 数据的收集与下载 | 第20-22页 |
| 2.1.2 BLAST 收集多烯大环内酯类抗生素生物合成蛋白相似序列 | 第22页 |
| 2.1.3 蛋白及核酸建立系统发育树的进化模型的选择 | 第22-23页 |
| 2.1.4 系统发育分析 | 第23页 |
| 2.1.5 GC 的偏差计算 | 第23页 |
| 2.1.6 有效密码子数及同义密码子相对使用度 | 第23-24页 |
| 2.1.7 关键保守位点与 sequence logo 构建 | 第24页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第24-60页 |
| 2.2.1 多烯大环内酯类抗生素生物合成基因簇的特点 | 第24-29页 |
| 2.2.2 多烯大环内酯类抗生素的聚酮合酶的系统发育分析 | 第29-36页 |
| 2.2.3 多烯大环内酯类抗生素中的细胞色素 P450 的系统发育分析 | 第36-39页 |
| 2.2.4 糖基化多烯大环内酯类抗生素的糖基脱水酶的系统发育分析 | 第39-43页 |
| 2.2.5 糖基化多烯大环内酯类抗生素的氨基转移酶的系统发育分析 | 第43-45页 |
| 2.2.6 糖基化多烯大环内酯类抗生素的糖基转移酶的系统发育分析 | 第45-47页 |
| 2.2.7 糖基化多烯大环内酯类抗生素的ABC转运蛋白的系统发育分析 | 第47-55页 |
| 2.2.8 从宏观角度看待多烯大环内酯类抗生素的系统发育分析结果 | 第55-58页 |
| 2.2.9 糖基化多烯大环内酯类抗生素逐步得到相关的基因 | 第58-60页 |
| 2.3 小结 | 第60-61页 |
| 第三章 多烯大环内酯类抗生素的调节因子的系统发育分析和系统发育树可靠性分析 | 第61-78页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第61-62页 |
| 3.1.1 Tracer 1.5 检测贝叶斯法系统发育树 | 第61-62页 |
| 3.1.2 PAML 和 TREE-PUZZLE 计算逐级对数似然值 | 第62页 |
| 3.1.3 Consel 统计学验证 | 第62页 |
| 3.2 多烯大环内酯类抗生素中调节因子的系统发育分析 | 第62-67页 |
| 3.2.1 多烯大环内酯类抗生素中调节因子的分类 | 第62-64页 |
| 3.2.2 多烯大环内酯类抗生素中 I 类调控因子的系统发育分析 | 第64-65页 |
| 3.2.3 多烯大环内酯类抗生素中 II 类调控因子的系统发育分析 | 第65页 |
| 3.2.4 多烯大环内酯类抗生素中 III 类调控因子的系统发育分析 | 第65-67页 |
| 3.3 多烯大环内酯类抗生素的系统发育树的可靠性分析 | 第67-77页 |
| 3.3.1 对贝叶斯系统发育树的检验 | 第68-73页 |
| 3.3.2 多烯大环内酯类抗生素建树方法的 Approximately unbiased test | 第73-77页 |
| 3.4 小结 | 第77-78页 |
| 第四章 基于结构的多烯大环内酯类抗生素糖基转移酶系统发育分析 | 第78-89页 |
| 4.1 实验材料与方法 | 第78-79页 |
| 4.1.1 抗生素糖基转移酶信息的获取 | 第78页 |
| 4.1.2 根据蛋白序列和晶体模板建立未知抗生素糖基转移酶的结构 | 第78-79页 |
| 4.1.3 距离矩阵和对应 NJ 树的构建 | 第79页 |
| 4.1.4 由结构比对指导的系统发育分析 | 第79页 |
| 4.2 实验结果 | 第79-88页 |
| 4.2.1 多烯大环内酯类抗生素同其它抗生素的糖基转移酶的系统发育 | 第79-81页 |
| 4.2.2 基于结构的系统发育分析 | 第81-84页 |
| 4.2.3 分析蛋白结构中的保守位点 | 第84-88页 |
| 4.3 小结 | 第88-89页 |
| 第五章 总结与展望 | 第89-92页 |
| 5.1 本文的工作总结 | 第89-90页 |
| 5.2 工作展望 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-102页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第102-103页 |
| 附录 | 第103-117页 |
| 致谢 | 第117页 |
