| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 英文缩写词表 | 第10-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-43页 |
| 1.1 抗生素 | 第16-22页 |
| 1.1.1 抗生素的定义和分类 | 第16-18页 |
| 1.1.2 抗生素的作用靶点 | 第18-20页 |
| 1.1.3 抗生素的使用 | 第20-21页 |
| 1.1.4 抗生素的发现 | 第21-22页 |
| 1.2 微生物的进化和对新环境的适应性 | 第22-31页 |
| 1.2.1 抗生素耐药性 | 第22-26页 |
| 1.2.2 耐受性和持留性 | 第26-27页 |
| 1.2.3 适应度代价 | 第27-28页 |
| 1.2.4 补偿机制 | 第28页 |
| 1.2.5 抗生素压力下细菌的全局反应 | 第28-29页 |
| 1.2.6 耐药基因的传播 | 第29-31页 |
| 1.2.7 其他机制 | 第31页 |
| 1.3 大肠杆菌 | 第31-35页 |
| 1.3.1 致病性大肠杆菌 | 第32-33页 |
| 1.3.2 大肠杆菌耐药性 | 第33-34页 |
| 1.3.3 四环素耐药性 | 第34-35页 |
| 1.4 非抗生素药物 | 第35-39页 |
| 1.4.1 非抗生素药物的体外和体内抗菌活性 | 第36页 |
| 1.4.2 非抗生素药物抑菌作用机制 | 第36-39页 |
| 1.5 组学在微生物耐药性中的应用 | 第39-40页 |
| 1.5.1 宏基因组学 | 第39页 |
| 1.5.2 转录组学 | 第39页 |
| 1.5.3 蛋白质组学 | 第39-40页 |
| 1.6 细菌耐药的应对措施 | 第40页 |
| 1.7 本课题的研究意义及主要内容 | 第40-43页 |
| 1.7.1 研究意义 | 第40-41页 |
| 1.7.2 研究内容 | 第41-43页 |
| 第二章 生猪肉中耐药细菌的分布研究 | 第43-76页 |
| 2.1 引言 | 第43-44页 |
| 2.2 实验材料及设备 | 第44-46页 |
| 2.2.1 样品来源 | 第44页 |
| 2.2.2 菌株 | 第44页 |
| 2.2.3 主要试剂和耗材 | 第44-45页 |
| 2.2.4 常用培养基及溶液配制 | 第45页 |
| 2.2.5 主要仪器设备 | 第45-46页 |
| 2.3 技术路线图 | 第46页 |
| 2.4 实验方法 | 第46-60页 |
| 2.4.1 样品采集和前处理 | 第46-47页 |
| 2.4.2 耐药菌的分离培养 | 第47页 |
| 2.4.3 细菌基因组DNA提取 | 第47-48页 |
| 2.4.4 菌株鉴定及耐药基因型检测 | 第48-52页 |
| 2.4.5 细菌对抗生素药物敏感度测试 | 第52-53页 |
| 2.4.6 Southern杂交 | 第53-59页 |
| 2.4.7 接合实验 | 第59-60页 |
| 2.5 实验结果与讨论 | 第60-74页 |
| 2.5.1 猪肉中污染细菌分布 | 第60-62页 |
| 2.5.2 猪肉中细菌耐药性状况 | 第62-63页 |
| 2.5.3 猪肉中细菌耐药基因的分布状况 | 第63-66页 |
| 2.5.4 猪肉中细菌可移动遗传元件分布 | 第66-67页 |
| 2.5.5 耐药元件的定位 | 第67-69页 |
| 2.5.6 耐药元件的可移动性检测 | 第69-74页 |
| 2.6 本章小结 | 第74-76页 |
| 第三章 非抗生素药物体外抑菌作用研究 | 第76-88页 |
| 3.1 引言 | 第76-77页 |
| 3.2 实验材料及设备 | 第77-78页 |
| 3.2.1 菌株及培养条件 | 第77页 |
| 3.2.2 主要试剂和耗材 | 第77-78页 |
| 3.2.3 主要仪器设备 | 第78页 |
| 3.3 技术路线图 | 第78-79页 |
| 3.4 实验方法 | 第79-81页 |
| 3.4.1 最小抑菌浓度（MIC）的测定 | 第79-80页 |
| 3.4.2 最小杀菌浓度（MBC）的测定 | 第80页 |
| 3.4.3 Checkerboard | 第80-81页 |
| 3.5 实验结果与讨论 | 第81-86页 |
| 3.5.1 不同非抗生素药物的MIC | 第81-83页 |
| 3.5.2 不同非抗生素药物的最低杀菌浓度 | 第83-84页 |
| 3.5.3 Checkerboard | 第84-86页 |
| 3.6 本章小结 | 第86-88页 |
| 第四章 非抗生素（舍曲林）对大肠杆菌四环素耐药性的影响 | 第88-116页 |
| 4.1 引言 | 第88-89页 |
| 4.2 实验材料及设备 | 第89-90页 |
| 4.2.1 菌株及培养条件 | 第89页 |
| 4.2.2 主要试剂和耗材 | 第89-90页 |
| 4.2.3 主要仪器设备 | 第90页 |
| 4.3 技术路线图 | 第90-91页 |
| 4.4 实验方法 | 第91-93页 |
| 4.4.1 四环素和舍曲林敏感性试验 | 第91页 |
| 4.4.2 外排泵对四环素耐药性的影响 | 第91页 |
| 4.4.3 Checkerboard | 第91页 |
| 4.4.4 四环素和舍曲林作用对细菌生长活力的影响 | 第91页 |
| 4.4.5 时间-杀伤曲线 | 第91-92页 |
| 4.4.6 RNA提取 | 第92页 |
| 4.4.7 建立文库和测序 | 第92页 |
| 4.4.8 生物信息学处理和分析数据 | 第92-93页 |
| 4.4.9 基因表达分析 | 第93页 |
| 4.5 实验结果与讨论 | 第93-115页 |
| 4.5.1 APEC O2对舍曲林和四环素的敏感性 | 第93-94页 |
| 4.5.2 Checkerboard | 第94-95页 |
| 4.5.3 四环素和舍曲林作用对大肠杆菌生长活力的影响 | 第95页 |
| 4.5.4 时间-杀伤曲线 | 第95-96页 |
| 4.5.5 基因表达分析 | 第96-115页 |
| 4.6 本章小结 | 第115-116页 |
| 第五章 非抗生素（舍曲林）对质粒接合转移的影响 | 第116-126页 |
| 5.1 引言 | 第116-118页 |
| 5.2 实验材料及设备 | 第118-119页 |
| 5.2.1 菌株及培养条件 | 第118页 |
| 5.2.2 主要试剂和耗材 | 第118-119页 |
| 5.2.3 主要仪器设备 | 第119页 |
| 5.3 技术路线图 | 第119-120页 |
| 5.4 实验方法 | 第120-122页 |
| 5.4.1 体外接合转移实验 | 第120页 |
| 5.4.2 体内接合转移实验 | 第120-122页 |
| 5.5 实验结果与讨论 | 第122-125页 |
| 5.5.1 体外接合实验 | 第122-123页 |
| 5.5.2 体内接合实验 | 第123-125页 |
| 5.6 本章小结 | 第125-126页 |
| 第六章 非抗生素（舍曲林）对肠道微生物菌群的分布影响 | 第126-155页 |
| 6.1 引言 | 第126-127页 |
| 6.2 实验材料及设备 | 第127页 |
| 6.2.1 主要试剂和耗材 | 第127页 |
| 6.2.2 主要仪器设备 | 第127页 |
| 6.3 技术路线图 | 第127-128页 |
| 6.4 实验方法 | 第128-131页 |
| 6.4.1 动物实验设计 | 第128-129页 |
| 6.4.2 DNA提取 | 第129页 |
| 6.4.3 16S rRNA文库构建 | 第129-130页 |
| 6.4.4 DNA测序 | 第130页 |
| 6.4.5 生物信息学处理 | 第130-131页 |
| 6.5 实验结果与讨论 | 第131-152页 |
| 6.5.1 微生物群落结构概述 | 第131-137页 |
| 6.5.2 回肠样品 | 第137-143页 |
| 6.5.3 盲肠样品 | 第143-152页 |
| 6.6 本章小结 | 第152-155页 |
| 结论与展望 | 第155-158页 |
| 参考文献 | 第158-193页 |
| 附录 | 第193-200页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第200-202页 |
| 致谢 | 第202-203页 |
| 附件 | 第203页 |
