| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-20页 |
| 1.1 棉花纤维长度研究现状 | 第12-14页 |
| 1.2 SAUR基因研究现状 | 第14-19页 |
| 1.2.1 SAURs是家族最大的生长素早期响应基因 | 第15-16页 |
| 1.2.2 SAUR在植物生长发育中的作用 | 第16-19页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 第二章 棉花纤维快速伸长时期转录组分析 | 第20-38页 |
| 2.1 实验材料 | 第20页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第20页 |
| 2.1.2 材料处理及取样 | 第20页 |
| 2.2 实验方法 | 第20-26页 |
| 2.2.1 RNA的提取与质量检测 | 第20-22页 |
| 2.2.2 RNA-Seq测序文库构建 | 第22页 |
| 2.2.3 数据过滤与比对到基因组 | 第22页 |
| 2.2.4 差异基因的筛选 | 第22页 |
| 2.2.5 SNP的挖掘与鉴定 | 第22-25页 |
| 2.2.6 差异表达基因与纤维长度QTL共定位分析 | 第25页 |
| 2.2.7 共定位差异表达基因SNP位点与纤维长度的相关性分析 | 第25页 |
| 2.2.8 荧光定量PCR分析 | 第25-26页 |
| 2.3 结果与分析 | 第26-36页 |
| 2.3.1 两个BILs的纤维伸长比较 | 第26-28页 |
| 2.3.2 RNA-Seq测序数据简述 | 第28页 |
| 2.3.3 两材料 10 DPA纤维转录组差异比较分析及SNP鉴定 | 第28-30页 |
| 2.3.4 纤维长度QTL区间内部存在非同义突变SNP的DEG的鉴定 | 第30-34页 |
| 2.3.5 纤维长度QTL区间内共定位的DEGs的分析 | 第34-36页 |
| 2.4 讨论 | 第36-38页 |
| 2.4.1 陆海回交自交系中纤维较长与较短材料的 10 DPA纤维组学分析 | 第36页 |
| 2.4.2 利用转录组测序寻找SNP | 第36-37页 |
| 2.4.3 纤维长度候选基因的功能预测 | 第37-38页 |
| 第三章 棉花SAUR基因家族分析 | 第38-64页 |
| 3.1 实验材料 | 第38-39页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第38页 |
| 3.1.2 材料处理及取样 | 第38-39页 |
| 3.2 实验方法 | 第39-41页 |
| 3.2.1 棉花SAUR家族基因的鉴定 | 第39页 |
| 3.2.2 系统发育关系分析 | 第39页 |
| 3.2.3 染色体定位和重复事件分析 | 第39页 |
| 3.2.4 基因结构与保守基序分析 | 第39-40页 |
| 3.2.5 启动子元件分析 | 第40页 |
| 3.2.6 陆地棉SAUR基因表达分析 | 第40页 |
| 3.2.7 荧光定量PCR实验 | 第40-41页 |
| 3.2.8 SAUR基因与纤维长度QTL共定位分析及共定位基因的SNP分析 | 第41页 |
| 3.3 结果与分析 | 第41-62页 |
| 3.3.1 SAUR家族基因的鉴定 | 第41-45页 |
| 3.3.2 SAUR家族基因的系统发育关系分析 | 第45-46页 |
| 3.3.3 SAUR家族基因的染色体定位与重复事件 | 第46-51页 |
| 3.3.4 SAUR家族基因结构与保守基序分析 | 第51-57页 |
| 3.3.5 GhSAUR基因的启动子分析 | 第57页 |
| 3.3.6 外施IAA时SAUR基因的表达模式分析 | 第57-58页 |
| 3.3.7 棉花纤维与胚珠中GhSAURs基因的表达谱分析 | 第58-60页 |
| 3.3.8 GhSAURs基因与纤维长度QTL的共定位分析 | 第60-61页 |
| 3.3.9 共定位GhSAURs基因的SNP分析 | 第61-62页 |
| 3.4 讨论 | 第62-64页 |
| 3.4.1 棉花中的SAUR基因家族 | 第62页 |
| 3.4.2 SAUR基因的结构 | 第62页 |
| 3.4.3 GhSAURs基因的表达模式分析及功能预测 | 第62-64页 |
| 第四章 棉花GhSAUR33基因的克隆及功能验证 | 第64-78页 |
| 4.1 实验材料 | 第64页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第64页 |
| 4.1.2 材料处理及取样 | 第64页 |
| 4.2 实验方法 | 第64-68页 |
| 4.2.1 GhSAUR33基因的分离 | 第64-66页 |
| 4.2.2 GhSAUR33基因的生物信息学分析 | 第66页 |
| 4.2.3 GhSAUR33表达载体的构建与农杆菌转化 | 第66页 |
| 4.2.4 拟南芥转化 | 第66-67页 |
| 4.2.5 转基因拟南芥的筛选与检测 | 第67页 |
| 4.2.6 亚细胞定位 | 第67页 |
| 4.2.7 VIGS实验 | 第67-68页 |
| 4.3 结果与分析 | 第68-76页 |
| 4.3.1 RNA质量检测 | 第68页 |
| 4.3.2 GhSAUR33基因CDS序列的PCR扩增 | 第68-69页 |
| 4.3.3 重组子的蓝白斑筛选及PCR扩增 | 第69页 |
| 4.3.4 GhSAUR33基因的全长序列的获得及分析 | 第69-71页 |
| 4.3.5 系统进化树分析 | 第71-73页 |
| 4.3.6 GhSAUR33荧光定量结果 | 第73页 |
| 4.3.7 目标基因转化拟南芥及阳性植株的筛选 | 第73页 |
| 4.3.8 转基因拟南芥形态观察 | 第73-75页 |
| 4.3.9 基因干扰VIGS实验 | 第75页 |
| 4.3.10 基因的亚细胞定位 | 第75-76页 |
| 4.4 讨论 | 第76-78页 |
| 第五章 全文结论 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-87页 |
| 附件 | 第87-103页 |
| 缩略词表 | 第103-104页 |
| 致谢 | 第104-105页 |
| 作者简介 | 第105页 |
