基于单核苷酸变异的等位基因选择性剪切模型研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 课题背景及研究意义 | 第8-10页 |
| 1.1.1 课题研究的背景 | 第8-9页 |
| 1.1.2 课题研究的目的及意义 | 第9-10页 |
| 1.2 国内外在该方向的研究现状及分析 | 第10-12页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第12-14页 |
| 第2章 数据的处理和分析 | 第14-27页 |
| 2.1 RNA-seq 数据的处理 | 第14-18页 |
| 2.1.1 SAM 文件 | 第14-15页 |
| 2.1.2 RNA 数据的处理 | 第15-18页 |
| 2.2 SNV 数据的处理 | 第18-21页 |
| 2.2.1 SNV 数据 | 第18-19页 |
| 2.2.2 SNV 数据的处理 | 第19-21页 |
| 2.3 选择性剪切事件数据的处理 | 第21-24页 |
| 2.3.1 选择性剪切事件 | 第21-23页 |
| 2.3.2 选择性剪切数据的处理 | 第23-24页 |
| 2.4 已知的基因数据 | 第24-26页 |
| 2.5 本章小结 | 第26-27页 |
| 第3章 模型的构建和求解 | 第27-42页 |
| 3.1 基本模型的构建 | 第27-29页 |
| 3.1.1 基因背景的分析 | 第27-28页 |
| 3.1.2 模型构建的分析 | 第28-29页 |
| 3.2 MISO 模型 | 第29-34页 |
| 3.2.1 MISO 模型的介绍 | 第29-31页 |
| 3.2.2 MISO 模型的推导 | 第31-34页 |
| 3.2.3 MISO 模型与其它模型的比较 | 第34页 |
| 3.3 模型的构建 | 第34-37页 |
| 3.3.1 序列片段的种类 | 第34-36页 |
| 3.3.2 模型的推导 | 第36-37页 |
| 3.4 模型的求解 | 第37-41页 |
| 3.4.1 粒子群算法的背景 | 第37-38页 |
| 3.4.2 粒子群算法 | 第38-39页 |
| 3.4.3 粒子群算法的性质和优缺点 | 第39-41页 |
| 3.4.4 通过使用 PSO 算法进行模型求解 | 第41页 |
| 3.5 本章小结 | 第41-42页 |
| 第4章 系统详细设计和实践 | 第42-53页 |
| 4.1 系统的详细设计 | 第42-47页 |
| 4.1.1 整合盒式外显子数据 | 第43页 |
| 4.1.2 整合 SNV 数据 | 第43-44页 |
| 4.1.3 提取小型基因基本模型 | 第44-45页 |
| 4.1.4 比对 RNA-seq 数据 | 第45-47页 |
| 4.1.5 整理结果输入粒子群模块得到结果 | 第47页 |
| 4.2 系统测试和结果的分析 | 第47-51页 |
| 4.2.1 数据处理系统的测试和结果的分析 | 第47-51页 |
| 4.2.2 模型求解系统的测试和结果的分析 | 第51页 |
| 4.3 本章小结 | 第51-53页 |
| 结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-58页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第58-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
