| ACRONYMS AND ABBREVIATIONS | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| 1 PHYLOGENETIC RECONSTRUCTION | 第10-17页 |
| 1.1 THE CONCEPT OF PHYLOGENETIC RECONSTRUCTION | 第10页 |
| 1.2 METHODS OF PHYLOGENETIC ANALYSIS | 第10-11页 |
| 1.3 THE CONCEPT OF EVOLUTIONARY TREES | 第11-12页 |
| 1.4 PHYLOGENETIC RECONSTRUCTION USING MARKOV CHAIN MONTE CARLO METHOD | 第12页 |
| 1.5 THE APPLICATION OF EVOLUTIONARY METHODS TO STUDY HIV | 第12-17页 |
| 1.5.1 Benefits of the application of phylogenetics in HIV research | 第13-14页 |
| 1.5.2 Phylogeography Analysis | 第14-15页 |
| 1.5.3 Timescale Inference | 第15-16页 |
| 1.5.4 Demographic Dynamics | 第16-17页 |
| 2 MOLECULAR EPIDEMIOLOGY OF HIV | 第17-33页 |
| 2.1 ORIGIN OF HIV | 第18-19页 |
| 2.2 HIV CLASSIFICATION | 第19-23页 |
| 2.3 THE EVOLUTION TIMELINE OF HIV SUBTYPES | 第23-25页 |
| 2.4 MOLECULAR EPIDEMIOLOGY OF HIV-1 | 第25-28页 |
| 2.4.1 HIV-1 Genome | 第26-27页 |
| 2.4.2 HIV-1 transmission in Asia | 第27-28页 |
| 2.4.3 HIV-1 transmission in China | 第28页 |
| 2.5 HIV-1 CRF01 AE | 第28-33页 |
| 2.5.1 HIV-1 CRF01 AE Genome | 第29-30页 |
| 2.5.2 Molecular Epidemiology of CRF01_AE | 第30页 |
| 2.5.3 Molecular epidemiology of CRF01_AE in China | 第30-31页 |
| 2.5.4 Circulating variants of CRF01_AE in China | 第31页 |
| 2.5.5 HIV-1 CRF01 AE Recombubants | 第31-33页 |
| 3 RATIONALE FOR THE STUDY | 第33-34页 |
| 4 OBJECTIVES | 第34-35页 |
| 4.1 GENERAL OBJECTIVE | 第34页 |
| 4.2 SPECIFIC OBJECTIVES | 第34-35页 |
| 5 THE IDENTIFICATION OF MULTIPLE INDEPENDENT INTRODUCTIONS OF HIV-1CRF01_AE IN CHINA | 第35-59页 |
| 5.1 INTRODUCTION | 第35页 |
| 5.2 STUDY OBJECTIVES | 第35页 |
| 5.3 STUDY DESIGN | 第35-36页 |
| 5.4 MATERIALS | 第36-39页 |
| 5.5 METHODS | 第39-42页 |
| 5.6 RESULTS | 第42-56页 |
| 5.7 DISCUSSION | 第56-57页 |
| 5.8 CONCLUSION: | 第57-59页 |
| 6 SPATIOTEMPORAL RECONSTRUCTION AND PHYLOGEOGRAPHIC DYNAMICS OFHIV-1 CRFO1 AE INSIDE CHINA | 第59-76页 |
| 6.1 INTRODUCTION | 第59页 |
| 6.2 STUDY OBJECTIVES | 第59页 |
| 6.3 STUDY DESIGN | 第59-60页 |
| 6.4 MATERIALS | 第60-62页 |
| 6.5 METHODS | 第62-64页 |
| 6.6 RESULTS | 第64-73页 |
| 6.7 DISCUSSION | 第73-75页 |
| 6.8 CONCLUSION | 第75-76页 |
| 7 EPIDEMIOLOGIC SIGNATURE OF CIRCULATING HIV-1 CRF01 AE VARIANTS | 第76-85页 |
| 7.1 INTRODUCTION | 第76-77页 |
| 7.2 STUDY OBJECTIVE | 第77页 |
| 7.3 STUDY DESIGN | 第77页 |
| 7.4 MATERIALS | 第77-78页 |
| 7.5 METHODS | 第78-79页 |
| 7.6 RESULTS | 第79-83页 |
| 7.7 DISCUSSION | 第83-84页 |
| 7.8 CONCLUSION | 第84-85页 |
| 8 RECOMMENDATIONS AND FUTURE PROSPECTIVE | 第85-86页 |
| 8.1 RECOMMENDATIONS FOR ACTION | 第85页 |
| 8.2 RECOMMENDATIONS FOR FUTURE STUDIES | 第85-86页 |
| 9 REFERENCES | 第86-100页 |
| 10 CONTRIBUTIONS | 第100-101页 |
| 11 ACKNOWLEDGEMENT | 第101-103页 |
