| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 前言 | 第10-23页 |
| 1.1 RNA-seq技术 | 第10-12页 |
| 1.1.1 RNA-seq是高通量测序时代的重要生物学研究手段 | 第10页 |
| 1.1.2 RNA-Seq相对于其他转录组分析的优势 | 第10-11页 |
| 1.1.3 RNA-seq技术面临的挑战 | 第11-12页 |
| 1.2 二代测序数据分析 | 第12-17页 |
| 1.2.1 RNA-seq数据拼接 | 第12-13页 |
| 1.2.2 基于RNA-seq的lncRNA预测流程 | 第13-15页 |
| 1.2.3 基因组数据拼接与注释 | 第15-17页 |
| 1.3 长链非编码RNA的研究进展 | 第17-21页 |
| 1.3.1 长链非编码RNA特征及功能 | 第17-20页 |
| 1.3.2 lncRNA数据库 | 第20-21页 |
| 1.4 昆虫发育生物学信号途径研究要点概述 | 第21页 |
| 1.5 菜粉蝶的研究现状与本实验的研究意义 | 第21-23页 |
| 第二章 材料与方法 | 第23-31页 |
| 2.1 样本的采集和饲养 | 第23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-31页 |
| 2.2.1 RNA及DNA的抽提及检测 | 第23-24页 |
| 2.2.2 基因组测序 | 第24页 |
| 2.2.3 原始测序数据的质控 | 第24页 |
| 2.2.4 基因组简单拼接 | 第24-25页 |
| 2.2.5 基因组注释 | 第25-26页 |
| 2.2.6 lncRNA的筛选与分析 | 第26-28页 |
| 2.2.7 lncRNA顺式mRNA功能分析 | 第28页 |
| 2.2.8 lncRNA与mirRNA相互作用研究 | 第28-29页 |
| 2.2.9 qRT-PCR的验证 | 第29-31页 |
| 第三章 结果与分析 | 第31-60页 |
| 3.1 基因组测序与分析 | 第31-32页 |
| 3.1.1 基因组测序结果统计 | 第31-32页 |
| 3.1.2 基因组的denovo拼接 | 第32页 |
| 3.2 基因组注释 | 第32-37页 |
| 3.2.1 基因组注释结果 | 第32-33页 |
| 3.2.2 基因组注释结果验证 | 第33-37页 |
| 3.3 lncRNA筛选与基本特征 | 第37-47页 |
| 3.3.1 lncRNA筛选结果 | 第37-38页 |
| 3.3.2 差异表达分析 | 第38-43页 |
| 3.3.3 lncRNA基本特征分析 | 第43-47页 |
| 3.4 lncRNA顺式mRNA分析 | 第47-57页 |
| 3.4.1 GO注释 | 第47-49页 |
| 3.4.2 KEGG注释 | 第49-54页 |
| 3.4.3 mRNA的表达量分析 | 第54-57页 |
| 3.5 lncRNA和miRNA的相互作用 | 第57-59页 |
| 3.6 qPCR验证基因表达量 | 第59-60页 |
| 第四章 讨论、总结与展望 | 第60-65页 |
| 4.1 讨论 | 第60-62页 |
| 4.1.1 转录组拼接 | 第60页 |
| 4.1.2 lncRNA筛选及特征分析 | 第60-61页 |
| 4.1.3 lncRNA对临近蛋白编码基因的顺式调控 | 第61-62页 |
| 4.2 总结 | 第62-64页 |
| 4.3 展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-72页 |
| 课题来源 | 第72-73页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
