| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第17-30页 |
| 1.1 引言 | 第17-18页 |
| 1.2 DNA测序技术的发展 | 第18-20页 |
| 1.2.1 第一代测序技术 | 第19页 |
| 1.2.2 第二代测序技术 | 第19-20页 |
| 1.2.3 第三代测序技术 | 第20页 |
| 1.3 植物全基因组研究进展 | 第20-27页 |
| 1.3.1 全基因组测序 | 第20-21页 |
| 1.3.2 全基因组重测序研究 | 第21-25页 |
| 1.3.3 竹类基因组测序与重测序研究 | 第25-27页 |
| 1.4 课题研究内容及技术路线 | 第27-30页 |
| 1.4.1 研究内容 | 第27页 |
| 1.4.2 研究策略与技术路线 | 第27-30页 |
| 第二章 材料与方法 | 第30-39页 |
| 2.1 实验材料 | 第30-32页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第30-31页 |
| 2.1.2 试剂仪器 | 第31-32页 |
| 2.2 实验方法 | 第32-39页 |
| 2.2.1 DNA提取 | 第32-33页 |
| 2.2.2 DNA检测与质量控制 | 第33-34页 |
| 2.2.3 DNA测序建库及建库后质量评估 | 第34-37页 |
| 2.2.4 生物信息学分析 | 第37-39页 |
| 第三章 重测序结果分析 | 第39-74页 |
| 3.1 厚壁毛竹基因组的提取 | 第39-40页 |
| 3.2 重测序数据预处理后的结果 | 第40-41页 |
| 3.3 厚壁毛竹基因组变异分析 | 第41-47页 |
| 3.3.1 SNP变异分析 | 第42-44页 |
| 3.3.2 InDel变异分析 | 第44-46页 |
| 3.3.3 CNV变异分析 | 第46-47页 |
| 3.4 实肚竹基因组变异分析 | 第47-48页 |
| 3.5 实心竹基因组变异分析 | 第48-50页 |
| 3.6 火筒竹基因组变异分析 | 第50-51页 |
| 3.7 四种竹子的差异基因GO富集分析 | 第51-57页 |
| 3.7.1 厚壁毛竹的差异基因GO富集 | 第52-53页 |
| 3.7.2 实肚竹的差异基因的GO富集 | 第53-54页 |
| 3.7.3 实心竹的差异基因GO富集 | 第54页 |
| 3.7.4 火筒竹的差异基因GO富集 | 第54-57页 |
| 3.8 四种竹子的差异基因KEGG Pathway注释分析 | 第57-59页 |
| 3.8.1 厚壁毛竹的差异基因代谢通路分析 | 第58页 |
| 3.8.2 实肚竹、实心竹和火筒竹的差异基因代谢通路分析 | 第58-59页 |
| 3.9 厚壁毛竹氨基酸代谢途径的相关基因 | 第59-74页 |
| 3.9.1 丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢途径 | 第60-61页 |
| 3.9.2 甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢途径 | 第61-62页 |
| 3.9.3 半胱氨酸和蛋氨酸代谢途径 | 第62-63页 |
| 3.9.4 缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的降解 | 第63-64页 |
| 3.9.5 缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的合成 | 第64-66页 |
| 3.9.6 赖氨酸的合成与降解 | 第66-67页 |
| 3.9.7 精氨酸与脯氨酸的代谢途径 | 第67-68页 |
| 3.9.8 组氨酸的代谢途径 | 第68-69页 |
| 3.9.9 酪氨酸的代谢途径 | 第69-70页 |
| 3.9.10 苯丙氨酸的代谢途径 | 第70-71页 |
| 3.9.11 色氨酸代谢途径 | 第71-72页 |
| 3.9.12 苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的合成途径 | 第72-74页 |
| 第四章 厚壁候选基因分析 | 第74-89页 |
| 4.1 厚壁候选基因集的获得 | 第74-76页 |
| 4.2 厚壁候选基因集的代谢通路分析 | 第76-79页 |
| 4.3 一些重要相关代谢通路挖掘 | 第79-89页 |
| 4.3.1 淀粉和蔗糖代谢 | 第79-82页 |
| 4.3.2 氧化磷酸化 | 第82-83页 |
| 4.3.3 核糖体 | 第83-86页 |
| 4.3.4 内质网蛋白加工 | 第86-89页 |
| 第五章 结论与讨论 | 第89-92页 |
| 5.1 结论 | 第89-90页 |
| 5.2 讨论 | 第90-91页 |
| 5.3 展望 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-99页 |
| 附录 四种竹子的差异基因的Pathway注释结果 | 第99-103页 |
| 在读期间的学术研究 | 第103-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 详细摘要 | 第106-108页 |