饲粮和品种对山羊瘤胃微生物多样性的影响
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 符号说明 | 第8-13页 |
| 引言 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-24页 |
| 1. 反刍动物瘤胃微生物 | 第14-17页 |
| ·瘤胃内的细菌 | 第14-15页 |
| ·拟杆菌门 | 第14-15页 |
| ·厚壁菌门 | 第15页 |
| ·瘤胃内的古菌 | 第15-16页 |
| ·瘤胃内的真菌 | 第16页 |
| ·瘤胃内的原虫 | 第16-17页 |
| 2. 影响瘤胃微生物多样性的因素 | 第17-19页 |
| ·饲粮对瘤胃微生物多样性的影响 | 第17-18页 |
| ·饲粮对瘤胃细菌多样性的影响 | 第17页 |
| ·饲粮对瘤胃产甲烷古菌多样性的影响 | 第17-18页 |
| ·品种对瘤胃微生物多样性的影响 | 第18-19页 |
| ·品种对瘤胃细菌多样性的影响 | 第18页 |
| ·品种对瘤胃古菌多样性的影响 | 第18-19页 |
| 3. 瘤胃微生物的研究方法 | 第19-23页 |
| ·瘤胃微生物分子生物学研究方法 | 第19-20页 |
| ·16SrRNA基因序列分析技术 | 第19页 |
| ·定量PCR技术 | 第19-20页 |
| ·RFLP分析技术 | 第20页 |
| ·DGGE技术 | 第20页 |
| ·高通量测序平台在瘤胃微生物多样性研究上的应用 | 第20-23页 |
| ·罗氏公司(Roche)454焦磷酸测序 | 第21页 |
| ·Ulmnina公司聚合酶合成测序 | 第21-23页 |
| 4 存在的问题及本研究的目的意义 | 第23-24页 |
| ·存在的问题 | 第23页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| ·研究目的 | 第23页 |
| ·研究的意义 | 第23-24页 |
| 第二章 试验研究 | 第24-52页 |
| 试验一：不同饲粮对山羊瘤胃微生物多样性的影响 | 第24-40页 |
| 1. 材料 | 第24-25页 |
| ·试验材料 | 第24页 |
| ·试验动物 | 第24页 |
| ·试验饲粮 | 第24-25页 |
| ·主要仪器和设备 | 第25页 |
| ·生物信息软件 | 第25页 |
| ·试剂 | 第25页 |
| 2. 方法 | 第25-28页 |
| ·样品总DNA的提取 | 第25-27页 |
| ·试验准备 | 第25-26页 |
| ·样品采集 | 第26页 |
| ·提取瘤胃微生物总DNA | 第26-27页 |
| ·样品PCR扩增以及Miseq测序 | 第27-28页 |
| ·样品PCR扩增 | 第27页 |
| ·Miseq测序 | 第27-28页 |
| ·数据分析 | 第28页 |
| 3. 结果 | 第28-35页 |
| ·稀释曲线 | 第28-29页 |
| ·阿尔法多样性指数 | 第29页 |
| ·不同饲粮处理组中瘤胃微生物的相对含量 | 第29-32页 |
| ·组内共享的属 | 第32-34页 |
| ·Weighted unifrac距离矩阵 | 第34-35页 |
| 4. 讨论 | 第35-39页 |
| ·稀释曲线和阿尔法多样性指数 | 第35-36页 |
| ·两个处理组中微生物含量的差异 | 第36-38页 |
| ·两个处理组中对的共享属 | 第38-39页 |
| 5. 小结 | 第39-40页 |
| 试验二：品种对山羊瘤胃微生物多样性的影响 | 第40-52页 |
| 1. 材料 | 第40页 |
| ·试验材料 | 第40页 |
| ·试验动物 | 第40页 |
| ·试验饲粮 | 第40页 |
| ·主要仪器和设备 | 第40页 |
| ·生物信息软件 | 第40页 |
| ·试剂 | 第40页 |
| 2. 方法 | 第40-41页 |
| ·样品总DNA的提取 | 第40-41页 |
| ·试验准备 | 第40-41页 |
| ·样品采集 | 第41页 |
| ·提取瘤胃微生物总DNA | 第41页 |
| ·样品PCR扩增以及Miseq测序 | 第41页 |
| ·数据分析 | 第41页 |
| 3. 结果 | 第41-48页 |
| ·稀释曲线 | 第41-42页 |
| ·阿尔法多样性指数 | 第42-43页 |
| ·B组与N组瘤胃微生物在门和属水平上的组成差异 | 第43-48页 |
| ·B组与N组瘤胃微生物在门水平上的组成差异 | 第43-44页 |
| ·B组与N组瘤胃微生物在属水平上的组成差异 | 第44-46页 |
| ·B组与N组共享的属 | 第46-47页 |
| ·Unweighted unifrac距离矩阵 | 第47-48页 |
| 4. 讨论 | 第48-51页 |
| ·稀释曲线和阿尔法多样性指数 | 第48-49页 |
| ·B组与N组之间门和属水平上的差异 | 第49-50页 |
| ·B组与N组之间的共享属 | 第50-51页 |
| 5. 小结 | 第51-52页 |
| 第三章 结论及创新点 | 第52-53页 |
| 1. 结论 | 第52页 |
| 2. 创新点 | 第52页 |
| 3. 需要进一步研究的问题 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
