大针茅响应羊啃食的转录组学分析
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-9页 |
| 缩略词表 | 第9-10页 |
| 1 引言 | 第10-13页 |
| ·大针茅简介 | 第10-11页 |
| ·放牧对牧草的影响 | 第11页 |
| ·转录组学简介 | 第11页 |
| ·RNA-seq的研究进展 | 第11-13页 |
| ·桑格尔法测序 | 第11-12页 |
| ·基因芯片 | 第12页 |
| ·第二代测序技术的研究进展 | 第12-13页 |
| ·黄酮类化合物的生物合成 | 第13页 |
| ·黄酮类化合物的研究进展 | 第13页 |
| ·黄酮类化合物与植物胁迫保护 | 第13页 |
| ·实验目的与意义 | 第13页 |
| 2 材料与方法 | 第13-20页 |
| ·实验材料 | 第14页 |
| ·大针茅植物叶片的采集 | 第14页 |
| ·主要仪器设备及试剂 | 第14页 |
| ·转录组测序 | 第14-15页 |
| ·实验方法 | 第15-20页 |
| ·大针茅总RNA的提取和RNA质量检测 | 第15-16页 |
| ·大针茅cDNA的合成 | 第16页 |
| ·内参基因的选择 | 第16页 |
| ·转录组数据库的验证 | 第16-18页 |
| ·类黄酮代谢通路中基因片段引物设计 | 第18-19页 |
| ·类黄酮代谢通路中差异表达基因的qRT-PCR | 第19页 |
| ·大针茅类黄酮含量测定 | 第19-20页 |
| 3 结果与分析 | 第20-37页 |
| ·转录组数据库的数据分析 | 第20-26页 |
| ·RNA样品检测 | 第20页 |
| ·Denovo组装结果统计 | 第20-21页 |
| ·转录本组装长度统计 | 第21-22页 |
| ·差异基因表达分析统计 | 第22-23页 |
| ·预测开放阅读框统计 | 第23-24页 |
| ·转录本注释统计 | 第24页 |
| ·GO功能注释结果 | 第24-25页 |
| ·COG功能注释结果 | 第25-26页 |
| ·KEGG代谢通路分析 | 第26页 |
| ·转录组数据库验证 | 第26-29页 |
| ·验证基因PCR扩增结果 | 第26-27页 |
| ·验证基因的实时荧光定量PCR结果 | 第27-29页 |
| ·淀粉和蔗糖的代谢通路分析 | 第29-31页 |
| ·大针茅响应羊啃食中细胞周期相关基因的变化 | 第31-32页 |
| ·类黄酮代谢通路中基因的qRT-PCR结果分析 | 第32-36页 |
| ·C4H的qRT-PCR结果分析 | 第33-34页 |
| ·CHI的qRT-PCR结果分析 | 第34页 |
| ·F3’5’H的qRT-PCR结果分析 | 第34-35页 |
| ·4CL的qRT-PCR结果分析 | 第35页 |
| ·TC4H的qRT PCR结果分析 | 第35-36页 |
| ·大针茅中类黄酮的含量测定结果 | 第36-37页 |
| ·芦丁标准品的标准曲线和回归方程 | 第36-37页 |
| ·大针茅中类黄酮的含量变化 | 第37页 |
| 4 讨论 | 第37-39页 |
| ·大针茅羊啃食后的转录组分析 | 第37-38页 |
| ·羊啃食后的淀粉和蔗糖代谢中的调控基因 | 第38页 |
| ·大针茅中类黄酮含量变化 | 第38-39页 |
| 5 结论 | 第39-41页 |
| 致谢 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-45页 |
| 作者简介 | 第45-46页 |
| 附图 | 第46页 |
