| 英汉缩略语名词对照 | 第1-7页 |
| 中文摘要 | 第7-12页 |
| 英文摘要 | 第12-17页 |
| 前言 | 第17-23页 |
| 参考文献 | 第20-23页 |
| 第一章 人乙型肝炎病毒全基因组序列数据的收集与处理 | 第23-30页 |
| 1 数据与方法 | 第23-25页 |
| ·数据源 | 第23页 |
| ·软件与硬件 | 第23页 |
| ·HBV 基因组数据的收集整理 | 第23-25页 |
| ·基因组序列数据的收集 | 第23-24页 |
| ·HBV 基因组信息统一化处理 | 第24-25页 |
| ·提取统计基因组特征信息 | 第25页 |
| ·建立 HBV 本地微型管理数据库 Seq-HBV | 第25页 |
| 2 结果 | 第25-26页 |
| 3 讨论 | 第26-28页 |
| ·HBV 全长基因组序列全球概况 | 第26-27页 |
| ·中国地区 HBV 全基因组序列报道情况 | 第27-28页 |
| 参考文献 | 第28-30页 |
| 第二章 人乙型肝炎病毒基因型、亚型分型 | 第30-68页 |
| 1 数据与方法 | 第30-33页 |
| ·数据 | 第30页 |
| ·软件 | 第30-31页 |
| ·HBV 基因型亚型分型策略 | 第31-33页 |
| ·确定基因型、亚型双代表序列 | 第31-32页 |
| ·基因型、亚型分型 | 第32页 |
| ·创建基因型和主要亚型共有序列 | 第32-33页 |
| 2 结果与分析 | 第33-44页 |
| ·HBV 基因型及主要亚型双代表序列 | 第33-35页 |
| ·HBV 基因型及主要亚型分型 | 第35-44页 |
| ·3560 例 HBV 全基因组序列基因（亚）型分型结果 | 第35-40页 |
| ·基因（亚）型分型验证 | 第40-44页 |
| 3 讨论 | 第44-65页 |
| ·HBV 基因型分型方法 | 第44-45页 |
| ·基因（亚）型地理分布 | 第45-48页 |
| ·对 HBV 基因（亚）型分型的思考 | 第48-65页 |
| 参考文献 | 第65-68页 |
| 第三章 人全基因组乙型肝炎病毒基因（亚）型间重组体研究 | 第68-132页 |
| 1 数据与方法 | 第68-74页 |
| ·数据 | 第68页 |
| ·软件 | 第68页 |
| ·大规模筛选 HBV 基因型间重组株 | 第68-73页 |
| ·建立步移区段基因型法初筛具有镶嵌结构的 HBV 基因组 | 第68-72页 |
| ·定位重组位点 | 第72页 |
| ·鉴定重组株 | 第72-73页 |
| ·筛选 HBV 基因型内重组株 | 第73页 |
| ·HBV 重组型描述方式统一 | 第73-74页 |
| 2 结果 | 第74-116页 |
| ·鉴定重组株 | 第74-98页 |
| ·步移区段基因型初步筛选具有镶嵌结构的 HBV 基因组 | 第74-79页 |
| ·定位重组株重组位点 | 第79-81页 |
| ·系统发育树分析鉴定重组株并确定重组类型 | 第81-83页 |
| ·重组类型与基因组注释有争议序列的分析 | 第83-85页 |
| ·HBV 重组毒株鉴定结果 | 第85-98页 |
| ·基因型间重组株 | 第98-114页 |
| ·重组类型 | 第98-99页 |
| ·重组模式 | 第99-109页 |
| ·重组特点 | 第109-114页 |
| ·基因型内重组体 | 第114-116页 |
| 3 讨论 | 第116-129页 |
| ·重组体识别方法 | 第117-118页 |
| ·重组规律 | 第118-124页 |
| ·B/c 重组型进化历程初探 | 第124-129页 |
| 参考文献 | 第129-132页 |
| 全文总结 | 第132-133页 |
| 本课题创新点 | 第133-134页 |
| 文献综述 | 第134-143页 |
| 参考文献 | 第140-143页 |
| 致谢 | 第143-144页 |
| 攻读学位期间研究成果 | 第144-145页 |
