| 中文摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 常用词语缩写 | 第9-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-31页 |
| ·动物的免疫学基础 | 第12-14页 |
| ·体液免疫 | 第13页 |
| ·细胞免疫 | 第13-14页 |
| ·抗病育种 | 第14-18页 |
| ·抗病的遗传学基础 | 第14页 |
| ·实施抗病育种的一般方法及在鸡方面的研究 | 第14-17页 |
| ·抗病育种存在的问题和展望 | 第17页 |
| ·H/L与抗病 | 第17-18页 |
| ·SRBC与抗病 | 第18页 |
| ·QTL定位 | 第18-20页 |
| ·QTL定位策略 | 第18-19页 |
| ·鸡QTL的定位研究情况 | 第19-20页 |
| ·全基因组关联分析研究 | 第20-30页 |
| ·全基因组关联分析的前提 | 第20-23页 |
| ·GWAS试验设计、策略、试验流程和重要的家系介绍 | 第23-25页 |
| ·全基因组关联研究的数据质量控制和多重假设检验 | 第25-26页 |
| ·全基因组关联研究的统计分析 | 第26-27页 |
| ·全基因组关联分析的优势和存在的问题 | 第27页 |
| ·全基因组关联分析在人类上的研究现状 | 第27-29页 |
| ·动物GWAS研究进展 | 第29-30页 |
| ·本研究的内容和目的意义 | 第30-31页 |
| 第二章 京星黄鸡H/L的遗传选择效果分析 | 第31-40页 |
| ·引言 | 第31页 |
| ·材料与方法 | 第31-35页 |
| ·试验群体 | 第31-32页 |
| ·免疫程序、样本采集、溶液配置和性状指标的测定 | 第32-35页 |
| ·数据分析 | 第35页 |
| ·结果 | 第35-38页 |
| ·H/L选择效果和遗传参数估计 | 第35-36页 |
| ·H/L选择3世代后与对照组中免疫性状和繁殖性状的比较 | 第36-38页 |
| ·讨论 | 第38-40页 |
| ·H/L的单向选择 | 第38页 |
| ·H/L单向选择与免疫性状 | 第38-39页 |
| ·H/L单向选择与繁殖性状 | 第39-40页 |
| 第三章 白来航鸡SRBC的遗传选择效果分析 | 第40-47页 |
| ·引言 | 第40-41页 |
| ·材料与方法 | 第41-42页 |
| ·试验群体 | 第41页 |
| ·免疫日程、样本采集和性状指标的测定方法同2.2.2 | 第41页 |
| ·数据分析 | 第41-42页 |
| ·结果 | 第42-45页 |
| ·主选性状SRBC的遗传选择 | 第42-43页 |
| ·SRBC与免疫性状 | 第43-44页 |
| ·SRBC与繁殖性状 | 第44-45页 |
| ·讨论 | 第45-47页 |
| ·SRBC选择效果分析 | 第45页 |
| ·SRBC选择与免疫 | 第45-46页 |
| ·SRBC选择与繁殖 | 第46-47页 |
| 第四章 H/L和SRBC遗传选择对TLRs基因表达的影响 | 第47-56页 |
| ·引言 | 第47-48页 |
| ·材料与方法 | 第48-53页 |
| ·样本采集和性状指标的测定 | 第48-49页 |
| ·相关软件 | 第49页 |
| ·主要仪器与化学试剂 | 第49-50页 |
| ·试验操作 | 第50-53页 |
| ·数据分析 | 第53页 |
| ·结果 | 第53-55页 |
| ·RNA提取结果与检测 | 第53-54页 |
| ·常规PCR及测序结果和荧光定量产物特异性确定 | 第54页 |
| ·鸡TLR1-1、TLR1-2、TLR2-1、TLR2-2和TLR4基因在法氏囊中的表达 | 第54-55页 |
| ·讨论 | 第55-56页 |
| 第五章 部分抗病性状的全基因组关联分析 | 第56-77页 |
| ·引言 | 第56-57页 |
| ·材料与方法 | 第57-62页 |
| ·试验群体 | 第57-58页 |
| ·样本采集和性状指标的测定 | 第58-59页 |
| ·数据分析 | 第59-62页 |
| ·结果 | 第62-72页 |
| ·DNA质控 | 第62-63页 |
| ·群体结构检测 | 第63-65页 |
| ·群体分层检验 | 第65-66页 |
| ·全基因组关联分析结果 | 第66-67页 |
| ·加入体重校正免疫器官重的GWAS结果 | 第67-70页 |
| ·免疫器官重加体重校正前后GWAS结果中共有的SNP | 第70-71页 |
| ·同一个SNP关联多性状 | 第71页 |
| ·显著关联的SNP的基因注释 | 第71-72页 |
| ·讨论 | 第72-77页 |
| ·GWAS结果 | 第72-73页 |
| ·基因与性状 | 第73-77页 |
| 第六章 结论 | 第77-79页 |
| ·论文结论 | 第77-78页 |
| ·论文创新点 | 第78-79页 |
| 附录 | 第79-123页 |
| 附录一：QQ图 | 第79-82页 |
| 附录二：全基因组关联分析的结果(Manhattan图) | 第82-98页 |
| 附录三：各个性状的GWAS结果 | 第98-106页 |
| 附录四：加体重校正后的免疫器官重的GWAS结果 | 第106-115页 |
| 附录五：免疫器官重加体重校正前后GWAS结果中共有的SNP | 第115-119页 |
| 附录六：同一个SNP与多性状关联 | 第119-120页 |
| 附录七：关联性显著的基因 | 第120-123页 |
| 参考文献 | 第123-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文及专利申请情况 | 第131-132页 |
