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建立在猪骨骼肌差异表达EST基础上的新基因cDNA克隆及其功能研究

中文摘要第1-11页
ABSTRACT第11-13页
缩略词表(ABBREVIATIONS)第13-14页
1 前言第14-33页
   ·研究问题的由来第14页
   ·文献综述第14-32页
     ·骨骼肌生长发育过程及其分子调控机理研究现状第14-16页
     ·猪骨骼肌组织中差异表达EST及基因的鉴定现状第16-20页
     ·本论文研究的几个猪新基因的研究进展第20-24页
       ·PP2A全酶及PPP2R5A基因的研究进展第20-22页
       ·CSRP家族三个基因的研究进展第22-23页
       ·LDB1基因的研究进展第23-24页
     ·基于EST的新基因克隆策略第24-26页
     ·基因转录调控的研究方法第26-29页
       ·顺式作用元件的研究方法第26-27页
       ·反式作用因子的研究方法第27-29页
     ·基因的选择性剪接机制研究第29-32页
       ·选择性剪接的概述第29-30页
       ·顺式作用元件对选择性剪接的调节第30-31页
       ·反式作用因子对选择性剪接的调节第31-32页
   ·本研究的目的和意义第32-33页
2 材料与方法第33-55页
   ·材料第33-39页
     ·样品第33-34页
       ·猪基因组DNA样品第33页
       ·用于基因染色体定位的DNA样品第33页
       ·基因表达分析的组织样品第33-34页
     ·菌株、细胞系及质粒第34-36页
     ·主要试剂与耗材第36-38页
       ·主要试剂及耗材来源第36页
       ·试剂及缓冲液配制第36-38页
     ·主要仪器设备第38页
     ·主要分子生物学网站及所用软件第38-39页
   ·方法第39-55页
     ·候选基因的cDNA克隆第39-44页
       ·目标基因的生物信息学分析第39页
       ·引物设计第39页
       ·总RNA的提取、质量检测与纯化第39-41页
       ·cDNA样品的准备第41-42页
       ·RT-PCR和RACE扩增第42-44页
       ·产物的纯化、克隆与测序第44页
       ·cDNA序列分析第44页
     ·候选基因基因组序列的克隆与分析第44-46页
     ·基因染色体定位的SCHP和RH方法第46-47页
       ·基因定位的引物设计第46-47页
       ·PCR分型方法第47页
       ·数据分析方法第47页
     ·基因的表达谱研究第47-49页
       ·半定量RT-PCR(Semi-quantitative PCR)第47页
       ·实时定量PCR技术(Real-time quantitative PCR)第47-49页
     ·候选基因启动子的克隆与转录活性分析第49-52页
       ·候选基因启动子克隆与分析第49页
       ·转录因子结合位点预测第49页
       ·猪LDB1基因启动子荧光素酶报告基因载体的构建第49-51页
       ·细胞培养和转染第51-52页
       ·目标基因启动子转录活性分析第52页
     ·LDB1基因的亚细胞定位第52-53页
       ·引物设计与载体构建第52-53页
       ·细胞培养与转染第53页
       ·转染后的细胞染色和融合蛋白的观察第53页
     ·基因的SNP扫描及其多态性检测第53-55页
       ·目标基因SNPs扫描方法第53-54页
       ·利用PCR-RFLP方法检测CSRP3基因的多态性第54-55页
3 结果第55-85页
   ·总RNA的甲醛凝胶检测结果第55页
   ·猪PP2A相关基因的克隆、定位与表达分析第55-62页
     ·猪PPP2R5A基因的cDNA克隆及序列分析第55-57页
     ·猪PPP2R5A基因的表达分析第57-58页
     ·猪PPP2R5A基因的染色体定位第58-60页
     ·猪PPP2R5B和PPP2R5D基因的表达谱分析第60-61页
     ·猪PP2A其它相关基因的染色体定位结果第61-62页
   ·猪CSRP家族基因的克隆、定位与表达分析第62-72页
     ·猪CSRP家族基因的克隆与序列分析第62-65页
       ·猪CSRP3基因的克隆及序列分析第62-64页
       ·猪CSRP1和CSRP2基因的cDNA克隆第64-65页
     ·猪CSRP家族基因编码蛋白的多序列比对及系统发生树分析第65-66页
     ·猪CSRP家族基因的表达模式分析第66-68页
       ·猪CSRP家族基因mRNA的组织分布第66-67页
       ·猪CSRP3基因在肌肉组织中的时空表达模式分析第67-68页
     ·猪CSRP家族基因的染色体定位第68页
     ·猪CSRP3基因的启动子克隆与转录因子结合位点预测第68-69页
     ·猪CSRP3基因的SNP扫描及其分析第69-72页
   ·猪LDB1基因的克隆及其功能的初步研究第72-85页
     ·猪LDB1基因的cDNA克隆与序列分析第72-76页
     ·猪LDB1基因的DNA克隆、基因组结构分析及染色体定位第76-79页
     ·LDB1基因CDS区选择性剪接体的进一步验证第79-80页
     ·猪LDB1基因两种选择性剪接体的亚细胞定位研究第80-81页
     ·猪LDB1基因的启动子克隆与活性分析第81-85页
       ·荧光素酶pGL3报告基因载体的构建第81-82页
       ·启动子活性检测与分析第82-83页
       ·转录因子结合位点预测结果第83-85页
4 讨论第85-95页
   ·关于实验方法的讨论第85-88页
     ·关于基于EST的新基因cDNA克隆第85-86页
     ·关于基因mRNA表达分析的方法第86-87页
     ·关于表达载体的构建第87-88页
   ·关于研究结果的讨论第88-95页
     ·关于猪PPP2R5A基因第88-89页
     ·关于猪CSRP家族的基因第89-91页
       ·CSRP家族三个基因的进化关系分析第89-90页
       ·CSRP3基因的结构与功能初步分析第90-91页
     ·关于猪LDB1基因的结构与功能分析第91-94页
       ·关于猪LDB1基因的结构第91页
       ·关于猪LDB1基因CDS区的选择性剪接及其亚细胞定位第91-92页
       ·关于猪LDB1基因的转录调控第92-94页
     ·关于重复序列与基因的选择性剪接第94-95页
5 小结第95-97页
   ·主要研究结果第95-96页
   ·本研究的特色与创新点第96页
   ·本研究的不足和值得进一步研究的问题第96-97页
参考文献第97-109页
已发表(投稿)文章第109-110页
致谢第110页

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