| 中文摘要 | 第1-5页 |
| 英文摘要 | 第5-8页 |
| 引言 | 第8-10页 |
| 第一章 系统发生学概述 | 第10-15页 |
| ·系统发生学的背景和意义 | 第10-11页 |
| ·系统发生分析过程及步骤 | 第11-12页 |
| ·系统发生分析的研究方法 | 第12-13页 |
| ·基于距离的构建方法 | 第12页 |
| ·基于离散特征的构建方法 | 第12-13页 |
| ·分而治之的Quartet 方法 | 第13页 |
| ·系统发生分析方法的评价标准 | 第13-15页 |
| 第二章 系统发生学之进化模型 | 第15-25页 |
| ·介绍 | 第15页 |
| ·物种分歧时间的估计 | 第15-17页 |
| ·马尔柯夫性质及马尔柯夫模型 | 第17-18页 |
| ·马尔柯夫性质 | 第17页 |
| ·马尔柯夫模型 | 第17-18页 |
| ·进化模型(Models of evolution) | 第18-23页 |
| ·系统分支模型 | 第18页 |
| ·核苷酸取代模型 | 第18-23页 |
| ·进化模型关系 | 第23页 |
| ·核苷酸进化模型的选择 | 第23-25页 |
| 第三章 构建系统发生树的分子数据和经典方法 | 第25-37页 |
| ·构建系统发生树的分子数据 | 第25-26页 |
| ·距离(相似度) | 第25页 |
| ·获得距离数据的方法 | 第25-26页 |
| ·离散特征数据 | 第26页 |
| ·构建系统发生树的基础方法 | 第26-27页 |
| ·基于距离的构建方法 | 第26页 |
| ·基于离散特征的构建方法 | 第26页 |
| ·构造系统发生树时需要考虑的假设前提 | 第26-27页 |
| ·基于距离的系统发生树构建方法 | 第27-30页 |
| ·最小二乘法 | 第27页 |
| ·连锁聚类方法(linkage clustering) | 第27-28页 |
| ·非加权分组平均法(Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean， UPGMA) | 第28页 |
| ·距离变换法(Transformed Distance Method) | 第28-29页 |
| ·邻近归并法 | 第29-30页 |
| ·基于特征的系统发生树构建方法 | 第30-34页 |
| ·最大简约法 | 第30页 |
| ·最大简约法的处理过程 | 第30-31页 |
| ·加权最大简约树方法计算过程 | 第31-32页 |
| ·最大似然法 | 第32-34页 |
| ·贝叶斯推断法 | 第34-35页 |
| ·经典系统发生方法的优缺点 | 第35-37页 |
| 第四章 系统发生学的QUARTET 方法原理及QUARTET 方法改进与实现 | 第37-48页 |
| ·系统发生学的QUARTET 方法介绍 | 第37-38页 |
| ·系统发生学的QUARTET 方法步骤 | 第38-39页 |
| ·QUARTET 方法需要解决的问题 | 第39-40页 |
| ·最大Quartet 一致性问题(Maximum Quartet Consistency) | 第39-40页 |
| ·最小Quartet 误差(Minimum Quartet Error) | 第40页 |
| ·改进QUARTET 方法 | 第40-42页 |
| ·系统分析 | 第42-45页 |
| ·系统静态结构模型 | 第42-43页 |
| ·系统功能模型 | 第43-45页 |
| ·试验结果 | 第45-48页 |
| ·系统试验说明与试验数据 | 第45-46页 |
| ·系统发生分析结果 | 第46-48页 |
| 第五章 结论与展望 | 第48-50页 |
| ·结论 | 第48-49页 |
| ·展望 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
| 在学期间的科研成果情况 | 第54页 |
