中文摘要 | 第1-5页 |
英文摘要 | 第5-11页 |
第一部分 前言 | 第11-28页 |
1 斑腿蝗科研究现状 | 第11-14页 |
1.1 斑腿蝗科概况 | 第11页 |
1.2 斑腿蝗科形态特征 | 第11页 |
1.3 斑腿蝗科的起源及分类系统 | 第11-12页 |
1.4 我国斑腿蝗科的研究现状 | 第12-13页 |
1.5 斑腿蝗科的化石资料 | 第13-14页 |
2 昆虫线粒体基因组与 COII基因 | 第14-19页 |
2.1 昆虫线粒体基因组 | 第14-15页 |
2.1.1 昆虫线粒体 DNA的组成 | 第14页 |
2.1.2 线粒体 DNA的系统发育分析优势 | 第14页 |
2.1.3 线粒体 DNA在昆虫系统发育分析中的应用 | 第14-15页 |
2.2 线粒体COII基因 | 第15-19页 |
2.2.1 细胞色素c氧化酶亚基 II(COII)的特点及功能 | 第15页 |
2.2.2 COII基因的结构与特征 | 第15-17页 |
2.2.3 COII基因在动物分子系统学中的研究进展 | 第17-19页 |
3 昆虫分子系统学 | 第19-27页 |
3.1 分子系统学定义 | 第19-20页 |
3.2 昆虫分子系统学研究方法 | 第20页 |
3.3 昆虫分子系统学研究中的分子标记 | 第20-21页 |
3.3.1 线粒体 DNA(mtDNA) | 第20-21页 |
3.3.2 rDNA | 第21页 |
3.3.3 编码蛋白质的核基因 | 第21页 |
3.4 昆虫分子系统学的取样策略 | 第21-23页 |
3.4.1 分类单元的取样(taxon sampling) | 第22页 |
3.4.2 性状的取样(character sampling) | 第22-23页 |
3.5 系统树构建方法 | 第23-26页 |
3.5.1 距离法 | 第23-24页 |
3.5.2 简约法 | 第24页 |
3.5.3 极似然法 | 第24-25页 |
3.5.4 贝叶斯系统发育推论法 | 第25-26页 |
3.6 系统树构建方法的评价 | 第26页 |
3.7 线粒体假基因的识别 | 第26-27页 |
4 本研究的目的和意义 | 第27-28页 |
第二部分 实验材料与方法 | 第28-36页 |
1 实验材料 | 第28-30页 |
1.1 实验所用标本的采集、保存和鉴定 | 第28页 |
1.2 实验仪器、试剂 | 第28-30页 |
1.2.1 实验仪器 | 第28页 |
1.2.2 实验试剂 | 第28-30页 |
2 实验方法 | 第30-32页 |
2.1 DNA的提取和检测 | 第30-31页 |
2.1.1 DNA的提取 | 第30-31页 |
2.1.2 DNA的检测 | 第31页 |
2.2 PCR扩增和检测 | 第31页 |
2.2.1 引物 | 第31页 |
2.2.2 PCR扩增体系 | 第31页 |
2.2.3 扩增结果的检测 | 第31页 |
2.3 扩增结果的纯化 | 第31-32页 |
2.4 测序 | 第32页 |
3 实验数据的处理和分析 | 第32-36页 |
3.1 序列编辑 | 第32页 |
3.2 序列比对 | 第32页 |
3.3 序列组成分析 | 第32-33页 |
3.4 数据组系统发育信号检验 | 第33页 |
3.5 构建系统树 | 第33-36页 |
3.5.1 简约法建树 | 第33-34页 |
3.5.2 距离法建树 | 第34页 |
3.5.3 极似然法建树 | 第34页 |
3.5.4 贝叶斯系统发育推论法建树 | 第34-35页 |
3.5.5 不同建树方法的比较和总结 | 第35-36页 |
第三部分 结果分析与讨论 | 第36-70页 |
1 基因组总 DNA的提取、PCR扩增及测序 | 第36-37页 |
1.1 基因组总 DNA提取 | 第36页 |
1.2 PCR扩增结果 | 第36页 |
1.3 测序 | 第36-37页 |
2 实验数据的处理和分析 | 第37-61页 |
2.1 序列编辑和比对 | 第37页 |
2.2 序列分析 | 第37-47页 |
2.2.1 序列组成分析 | 第37页 |
2.2.2 氨基酸组成和密码子应用 | 第37-40页 |
2.2.3 遗传距离及 R(TS/TV)值 | 第40-47页 |
2.2.4 碱基组成偏向性检验 | 第47页 |
2.3 系统发育信号的评估 | 第47-52页 |
2.3.1 碱基替换饱和性分析 | 第47-50页 |
2.3.2 gl检验 | 第50-52页 |
2.3.3 PTP检验 | 第52页 |
2.4 构建系统发育树 | 第52-61页 |
2.4.1 简约法建树 | 第52-56页 |
2.4.2 距离法建树 | 第56-57页 |
2.4.3 极似然建树 | 第57-59页 |
2.4.4 贝叶斯法建树 | 第59-61页 |
2.4.5 不同方法构建的系统树的比较 | 第61页 |
3 分析与讨论 | 第61-70页 |
3.1 目标序列的获得 | 第61-62页 |
3.2 所研究类群 COII基因的分子进化特征 | 第62-64页 |
3.2.1 基因序列组成特征 | 第62页 |
3.2.2 不同密码子碱基组成特征 | 第62-63页 |
3.2.3 氨基酸组成和密码子使用频率特征 | 第63-64页 |
3.2.4 碱基组成偏向性检验 | 第64页 |
3.3 数据组系统发育信号评估分析 | 第64页 |
3.4 系统树构建结果分析 | 第64-66页 |
3.4.1 简约法建树分析 | 第64-65页 |
3.4.2 距离法建树分析 | 第65页 |
3.4.3 极似然法建树分析 | 第65页 |
3.4.4 贝叶斯推论法建树分析 | 第65-66页 |
3.4.5 不同方法构建的系统树的比较 | 第66页 |
3.5 斑腿蝗科部分种类系统发育关系的讨论 | 第66-69页 |
3.6 COII基因在斑腿蝗科昆虫系统发育关系研究中的有效性 | 第69-70页 |
第四部分 总结 | 第70页 |
总结 | 第70-72页 |
参考文献 | 第72-82页 |
附录一: 比对结果 | 第82-84页 |
附录二: 部分测序结果 | 第84-86页 |
致谢 | 第86-87页 |
攻读硕士学位期间发表的论文 | 第87-88页 |