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中国斑腿蝗科部分种类线粒体COⅡ基因的分子进化与系统学研究

中文摘要第1-5页
英文摘要第5-11页
第一部分 前言第11-28页
 1 斑腿蝗科研究现状第11-14页
  1.1 斑腿蝗科概况第11页
  1.2 斑腿蝗科形态特征第11页
  1.3 斑腿蝗科的起源及分类系统第11-12页
  1.4 我国斑腿蝗科的研究现状第12-13页
  1.5 斑腿蝗科的化石资料第13-14页
 2 昆虫线粒体基因组与 COII基因第14-19页
  2.1 昆虫线粒体基因组第14-15页
   2.1.1 昆虫线粒体 DNA的组成第14页
   2.1.2 线粒体 DNA的系统发育分析优势第14页
   2.1.3 线粒体 DNA在昆虫系统发育分析中的应用第14-15页
  2.2 线粒体COII基因第15-19页
   2.2.1 细胞色素c氧化酶亚基 II(COII)的特点及功能第15页
   2.2.2 COII基因的结构与特征第15-17页
   2.2.3 COII基因在动物分子系统学中的研究进展第17-19页
 3 昆虫分子系统学第19-27页
  3.1 分子系统学定义第19-20页
  3.2 昆虫分子系统学研究方法第20页
  3.3 昆虫分子系统学研究中的分子标记第20-21页
   3.3.1 线粒体 DNA(mtDNA)第20-21页
   3.3.2 rDNA第21页
   3.3.3 编码蛋白质的核基因第21页
  3.4 昆虫分子系统学的取样策略第21-23页
   3.4.1 分类单元的取样(taxon sampling)第22页
   3.4.2 性状的取样(character sampling)第22-23页
  3.5 系统树构建方法第23-26页
   3.5.1 距离法第23-24页
   3.5.2 简约法第24页
   3.5.3 极似然法第24-25页
   3.5.4 贝叶斯系统发育推论法第25-26页
  3.6 系统树构建方法的评价第26页
  3.7 线粒体假基因的识别第26-27页
 4 本研究的目的和意义第27-28页
第二部分 实验材料与方法第28-36页
 1 实验材料第28-30页
  1.1 实验所用标本的采集、保存和鉴定第28页
  1.2 实验仪器、试剂第28-30页
   1.2.1 实验仪器第28页
   1.2.2 实验试剂第28-30页
 2 实验方法第30-32页
  2.1 DNA的提取和检测第30-31页
   2.1.1 DNA的提取第30-31页
   2.1.2 DNA的检测第31页
  2.2 PCR扩增和检测第31页
   2.2.1 引物第31页
   2.2.2 PCR扩增体系第31页
   2.2.3 扩增结果的检测第31页
  2.3 扩增结果的纯化第31-32页
  2.4 测序第32页
 3 实验数据的处理和分析第32-36页
  3.1 序列编辑第32页
  3.2 序列比对第32页
  3.3 序列组成分析第32-33页
  3.4 数据组系统发育信号检验第33页
  3.5 构建系统树第33-36页
   3.5.1 简约法建树第33-34页
   3.5.2 距离法建树第34页
   3.5.3 极似然法建树第34页
   3.5.4 贝叶斯系统发育推论法建树第34-35页
   3.5.5 不同建树方法的比较和总结第35-36页
第三部分 结果分析与讨论第36-70页
 1 基因组总 DNA的提取、PCR扩增及测序第36-37页
  1.1 基因组总 DNA提取第36页
  1.2 PCR扩增结果第36页
  1.3 测序第36-37页
 2 实验数据的处理和分析第37-61页
  2.1 序列编辑和比对第37页
  2.2 序列分析第37-47页
   2.2.1 序列组成分析第37页
   2.2.2 氨基酸组成和密码子应用第37-40页
   2.2.3 遗传距离及 R(TS/TV)值第40-47页
   2.2.4 碱基组成偏向性检验第47页
  2.3 系统发育信号的评估第47-52页
   2.3.1 碱基替换饱和性分析第47-50页
   2.3.2 gl检验第50-52页
   2.3.3 PTP检验第52页
  2.4 构建系统发育树第52-61页
   2.4.1 简约法建树第52-56页
   2.4.2 距离法建树第56-57页
   2.4.3 极似然建树第57-59页
   2.4.4 贝叶斯法建树第59-61页
   2.4.5 不同方法构建的系统树的比较第61页
 3 分析与讨论第61-70页
  3.1 目标序列的获得第61-62页
  3.2 所研究类群 COII基因的分子进化特征第62-64页
   3.2.1 基因序列组成特征第62页
   3.2.2 不同密码子碱基组成特征第62-63页
   3.2.3 氨基酸组成和密码子使用频率特征第63-64页
   3.2.4 碱基组成偏向性检验第64页
  3.3 数据组系统发育信号评估分析第64页
  3.4 系统树构建结果分析第64-66页
   3.4.1 简约法建树分析第64-65页
   3.4.2 距离法建树分析第65页
   3.4.3 极似然法建树分析第65页
   3.4.4 贝叶斯推论法建树分析第65-66页
   3.4.5 不同方法构建的系统树的比较第66页
  3.5 斑腿蝗科部分种类系统发育关系的讨论第66-69页
  3.6 COII基因在斑腿蝗科昆虫系统发育关系研究中的有效性第69-70页
第四部分 总结第70页
总结第70-72页
参考文献第72-82页
附录一: 比对结果第82-84页
附录二: 部分测序结果第84-86页
致谢第86-87页
攻读硕士学位期间发表的论文第87-88页

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