| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 目录 | 第12-15页 |
| 插图 | 第15-17页 |
| 表格 | 第17-18页 |
| 第一章 引言 | 第18-32页 |
| ·基因组中的可转座元件 | 第18-21页 |
| ·LTR反转录转座子 | 第21-24页 |
| ·LTR反转录转座子的研究进展 | 第24-31页 |
| ·LTR反转录转座子的预测 | 第24-27页 |
| ·LTR反转录转座子的进化 | 第27-29页 |
| ·LTR反转录转座子与基因组的进化 | 第29-31页 |
| ·本文工作简介 | 第31-32页 |
| 第二章 全基因组LTR反转录转座子的注释与分析 | 第32-62页 |
| ·LTR_FINDER:从单基因组预测全长LTR反转录转座子 | 第32-38页 |
| ·LTR_FINDER算法策略 | 第33-37页 |
| ·LTR_FINDER性能的测试 | 第37-38页 |
| ·LTR_INSERT:从近缘基因组预测全长LTR反转录转座子 | 第38-45页 |
| ·比较基因组方法预测全长LTR反转录转座子的原理 | 第38-39页 |
| ·两近缘物种基因组联配的构造 | 第39-42页 |
| ·LTR_INSERT分析基因组联配 | 第42-45页 |
| ·在全基因组上注释其它LTR拷贝:同源搜索和拷贝数验证 | 第45-49页 |
| ·对LTR_FINDER预测结果边界的修正 | 第45-46页 |
| ·识别全长LTR转座子中的其它重复序列 | 第46-48页 |
| ·确定LTR反转录转座子家族 | 第48页 |
| ·LTR反转录转座子的全基因组注释 | 第48-49页 |
| ·全基因组LTR反转录转座子注释的完整流程 | 第49-53页 |
| ·本研究所用分子进化方法和生物信息学工具 | 第53-62页 |
| ·序列的进化距离 | 第53-55页 |
| ·系统树的构造 | 第55-57页 |
| ·进化分析软件 | 第57页 |
| ·序列比对软件 | 第57-59页 |
| ·数据挖掘软件 | 第59-60页 |
| ·重复序列分析软件 | 第60页 |
| ·统计分析软件 | 第60页 |
| ·植物重复序列数据库 | 第60-62页 |
| 第三章 基因组的分化与交流:LTR反转录转座子揭示亚洲栽培稻籼粳亚种的进化事件 | 第62-102页 |
| ·研究背景 | 第62-65页 |
| ·LTR反转录转座子序列中的历史信息 | 第65-67页 |
| ·通过两亚种比较得到的水稻LTR反转录转座子 | 第67-72页 |
| ·籼稻和粳稻全基因组联配的结果 | 第67-72页 |
| ·水稻中LTR反转录转座子的基本情况 | 第72页 |
| ·从LTR反转录转座子所见水稻基因组的重组与分化 | 第72-79页 |
| ·籼稻和粳稻大量基因组序列在近期(距今5万年内)发生过跨亚种间重组(ISNR) | 第73-74页 |
| ·大规模全基因组采样支持超过15%的基因组区域发生过近期ISNR | 第74-79页 |
| ·两重证据支持籼稻和粳稻的基因组"背景"分离发生在60万年前 | 第79页 |
| ·水稻中的LTR反转录转座子家族 | 第79-93页 |
| ·水稻中LTR反转录转座子的复制特点 | 第93-95页 |
| ·LTR反转录转座子在两个亚种基因组中的活跃程度基本相同 | 第94页 |
| ·少数家族在水稻基因组中占有支配性地位 | 第94-95页 |
| ·LTR反转录转座子在基因组上的分布模式 | 第95页 |
| ·讨论 | 第95-102页 |
| 第四章 蒺藜苜蓿基因组中的LTR反转录转座子研究 | 第102-132页 |
| ·研究背景和数据 | 第102-104页 |
| ·蒺藜苜蓿基因组的LTR反转录转座子 | 第104-124页 |
| ·概况 | 第104-112页 |
| ·蒺藜苜蓿LTR反转录转座子家族的内部结构 | 第112-113页 |
| ·蒺藜苜蓿LTR反转录转座子家族的系统分类关系 | 第113-114页 |
| ·蒺藜苜蓿LTR反转录转座子家族描述 | 第114-121页 |
| ·蒺藜苜蓿LTR反转录转座子家族的复制特点 | 第121-124页 |
| ·豆科植物LTR反转录转座子的比较研究 | 第124-131页 |
| ·小结 | 第131-132页 |
| 参考文献 | 第132-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
