| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-21页 |
| ·分子模拟的发展现状 | 第9-15页 |
| ·量子力学方法 | 第10页 |
| ·分子力学方法 | 第10-13页 |
| ·分子动力学方法 | 第13-14页 |
| ·蒙特卡洛方法 | 第14-15页 |
| ·常用分子模拟程序 | 第15-18页 |
| ·商业程序 | 第15-17页 |
| ·非商业程序 | 第17-18页 |
| ·分子模拟的应用概述 | 第18-19页 |
| ·本课题研究背景和思路 | 第19-21页 |
| 第2章 系统模型选取、方法和相关参数 | 第21-39页 |
| ·前言 | 第21-23页 |
| ·模拟过程采用的模型及其构建过程 | 第22页 |
| ·体系模型尺寸和模拟时间 | 第22-23页 |
| ·力场选择 | 第23-27页 |
| ·传统力场 | 第24-25页 |
| ·第二代力场 | 第25-26页 |
| ·通用力场 | 第26-27页 |
| ·长程作用力的计算方法 | 第27-29页 |
| ·基于原子的截断方式(Atom Based Cutoff) | 第27-28页 |
| ·基于原子组的截断方式(Group Based Cutoff) | 第28页 |
| ·Cell Multipole加和方法 | 第28-29页 |
| ·EWald加和方法 | 第29页 |
| ·电荷赋值方法 | 第29-32页 |
| ·力场自带电荷 | 第30页 |
| ·量子化学计算方法 | 第30-31页 |
| ·QEq方法 | 第31-32页 |
| ·系综的选择 | 第32-34页 |
| ·NVT系综 | 第32-33页 |
| ·NVE系综 | 第33页 |
| ·NPT系综 | 第33页 |
| ·NPH系综 | 第33页 |
| ·μVT系综 | 第33页 |
| ·系综选择的基本原则 | 第33-34页 |
| ·温度控制方法 | 第34-36页 |
| ·速度标度法 | 第34-35页 |
| ·Berendsen热浴法 | 第35页 |
| ·Nose-Hoover热浴法 | 第35-36页 |
| ·Nose-Andersen法 | 第36页 |
| ·构型及能量优化方法 | 第36-39页 |
| ·最陡下降法(Steepest Descent Method) | 第36-37页 |
| ·共轭梯度法(Conjugate-Gradient Method) | 第37页 |
| ·Newton-Raphson法 | 第37-39页 |
| 第3章 磷脂分子和PE表面的相互作用模拟 | 第39-57页 |
| ·前言 | 第39-40页 |
| ·非键相互作用研究方法和现状 | 第40页 |
| ·模拟过程 | 第40-42页 |
| ·体系所采用的模型及其构建 | 第40-41页 |
| ·分子模拟方法及其参数 | 第41-42页 |
| ·结果讨论 | 第42-55页 |
| ·动力学轨迹的分析及其算法 | 第42-49页 |
| ·DMPC在表面上的相互非键能和相互作用能分析 | 第49-51页 |
| ·DMPC在表面上的距离分布 | 第51-52页 |
| ·吸附自由能和NPD分布 | 第52-54页 |
| ·DMPC在PE SAM表面的径向分布函数 | 第54-55页 |
| ·本章小结 | 第55-57页 |
| 第4章 多肽片段和PE表面相互作用模拟 | 第57-67页 |
| ·前言 | 第57-58页 |
| ·研究现状及理论模型 | 第58-59页 |
| ·多肽与表面相互作用研究的现状 | 第58-59页 |
| ·多肽与表面相互作用的研究方法和模型 | 第59页 |
| ·模拟过程 | 第59-61页 |
| ·体系所采用的模型及其构建 | 第59-60页 |
| ·分子模拟方法及其参数 | 第60-61页 |
| ·结果讨论 | 第61-65页 |
| ·PE SAM表面和甘氨酸四肽之间的非键能分析 | 第61-62页 |
| ·甘氨酸四肽在表面的径向分布函数 | 第62-64页 |
| ·甘氨酸四肽扭转角变化 | 第64-65页 |
| ·本章小结 | 第65-67页 |
| 第5章 结论 | 第67-69页 |
| ·总结 | 第67-68页 |
| ·展望 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-75页 |
| 致谢 | 第75-77页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第77页 |
