| 缩略词表 | 第1-7页 |
| 中文摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-30页 |
| ·芳烃化合物生物降解概述 | 第11-19页 |
| ·芳烃化合物的简介 | 第11-14页 |
| ·芳烃化合物的生物降解 | 第14-19页 |
| ·多环芳烃的生物降解 | 第14页 |
| ·单环芳烃的生物降解 | 第14-16页 |
| ·含氮杂环芳香族化合物的生物降解 | 第16-19页 |
| ·微生物群落结构的分子生态学技术 | 第19-25页 |
| ·变性/温度梯度凝胶电泳(DGGE/TGGE)指纹图谱 | 第20-21页 |
| ·克隆文库分析技术 | 第21-22页 |
| ·元基因组学技术 | 第22-24页 |
| ·实时荧光定量PCR技术 | 第24-25页 |
| ·筛选元基因组文库的方法 | 第25-29页 |
| ·基于酶活性的筛选 | 第26页 |
| ·基于核苷酸序列的筛选 | 第26-27页 |
| ·底物诱导的基因表达筛选(SIGEX) | 第27-28页 |
| ·小结 | 第28-29页 |
| ·研究目的 | 第29-30页 |
| 第二章 生物降解反应器中相关降解基因的研究 | 第30-49页 |
| ·引言 | 第30-32页 |
| ·材料与方法 | 第32-40页 |
| ·反应装置及样品采集 | 第32-33页 |
| ·样品预处理和DNA提取 | 第33页 |
| ·样品预处理 | 第33页 |
| ·DNA的提取 | 第33页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第33-34页 |
| ·相关降解基因扩增 | 第34-35页 |
| ·实验室分离菌株相关降解基因的检测 | 第35-36页 |
| ·bcrA和oxoO和基因扩增 | 第36页 |
| ·荧光定量PCR | 第36-37页 |
| ·标准曲线膜板的制备 | 第36-37页 |
| ·荧光定量PCR反应体系及扩增程序 | 第37页 |
| ·bcrA和oxoO基因克隆文库构建以及多样性分析 | 第37-38页 |
| ·bcrA和oxoO基因PCR扩增及变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析 | 第38-40页 |
| ·bcrA和oxoO基因特异性PCR扩增 | 第38页 |
| ·bcrA基因和oxoO基因特异性DG-GE | 第38-40页 |
| ·实验结果 | 第40-47页 |
| ·反应器运行状况 | 第40页 |
| ·相关降解基因扩增及条件摸索 | 第40-41页 |
| ·8个基因PCR扩增体系 | 第40-41页 |
| ·生物降解反应器内相关降解基因的检测 | 第41页 |
| ·实验室分离菌株相关降解基因的检测 | 第41-42页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第42-43页 |
| ·bcrA和oxoO基因克隆文库的序列分析 | 第43页 |
| ·bcrA和oxoO基因克隆文库的多样性分析 | 第43-45页 |
| ·PCR-DGGE指纹图谱分析 | 第45-47页 |
| ·bcrA基因PCR-DGGE指纹图谱分析 | 第45-46页 |
| ·oxoO基因PCR-DGGE指纹图谱分析 | 第46-47页 |
| ·讨论 | 第47-49页 |
| 第三章 启动子捕获质粒克隆苯酚可诱导基因片段的研究 | 第49-61页 |
| ·引言 | 第49页 |
| ·实验原理 | 第49-52页 |
| ·材料与方法 | 第52-56页 |
| ·实验材料 | 第52页 |
| ·DNA和质粒的提取 | 第52-53页 |
| ·IS-46 DNA提取方法 | 第52-53页 |
| ·PZS24-SA质粒提取 | 第53页 |
| ·PZS24-SA质粒酶切(100ul) | 第53-54页 |
| ·PZS24-SA质粒酶切体系 | 第53页 |
| ·PZS24-SA酶切质粒去磷酸化 | 第53-54页 |
| ·IS-46基因组DNA酶切(60ul) | 第54页 |
| ·IS-46基因组DNA酶切体系 | 第54页 |
| ·割胶回收 | 第54页 |
| ·DNA片段的连接 | 第54-55页 |
| ·(Digeasted DNA:Vector=1:1) | 第54-55页 |
| ·(Digeasted DNA:Vector=2:1) | 第55页 |
| ·(Digeasted DNA:Vector=0:1) | 第55页 |
| ·连接产物的转化 | 第55-56页 |
| ·筛选 | 第56页 |
| ·实验结果 | 第56-60页 |
| ·DNA和PZS24-SA质粒的提取结果 | 第56页 |
| ·IS-46基因组DNA和PZS24-SA质粒酶切结果 | 第56-57页 |
| ·割胶回收结果 | 第57-58页 |
| ·转化结果 | 第58页 |
| ·筛选结果 | 第58-60页 |
| ·讨论 | 第60-61页 |
| 第四章 启动子捕获质粒克隆具有不同启动子活性片段的研究 | 第61-77页 |
| ·引言 | 第61页 |
| ·实验原理 | 第61-62页 |
| ·材料与方法 | 第62-67页 |
| ·实验材料 | 第62-63页 |
| ·苯酚降解能力检测 | 第63-64页 |
| ·6株菌株苯酚降解能力检测 | 第63-64页 |
| ·6株菌株可诱导启动子强弱的检测 | 第64页 |
| ·Q4,Q20-C,3-35三株菌株苯酚降解能力检测 | 第64页 |
| ·三株菌株基因组DNA和PZS24-SA质粒的提取 | 第64页 |
| ·三株菌株基因组DNA酶切 | 第64-65页 |
| ·三株菌株基因组DNA和PZS24-SA质粒割胶回收 | 第65页 |
| ·三株菌株基因组DNA和PZS24-SA质粒的连接 | 第65页 |
| ·连接产物的转化 | 第65页 |
| ·插入片段的检测 | 第65-67页 |
| ·菌落PCR检测插入片段 | 第65-66页 |
| ·pstⅠ酶切质粒检测插入片段 | 第66-67页 |
| ·克隆文库的筛选 | 第67页 |
| ·筛选效率的统计 | 第67页 |
| ·启动子序列分析 | 第67页 |
| ·实验结果 | 第67-75页 |
| ·苯酚降解能力检测 | 第67-68页 |
| ·6株菌株的苯酚降解检测结果 | 第67-68页 |
| ·Q4,Q20-C,3-35三株菌株苯酚降解能力 | 第68页 |
| ·三株菌株基因组DNA和PZS24-SA质粒的提取 | 第68-69页 |
| ·三株菌株基因组DNA和PZS24-SA质粒的割胶回收 | 第69页 |
| ·连接产物的转化结果 | 第69页 |
| ·插入片段的检测 | 第69-71页 |
| ·菌落PCR检测插入片段 | 第69-70页 |
| ·pstⅠ酶切质粒检测插入片段 | 第70-71页 |
| ·筛选结果 | 第71-72页 |
| ·筛选效率的统计 | 第72页 |
| ·启动子序列分析结果 | 第72-75页 |
| ·测序克隆的选择 | 第72页 |
| ·克隆测序的结果 | 第72-75页 |
| ·讨论 | 第75-76页 |
| ·本章小结 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-88页 |
| 附录1 溶液试剂及培养基的配制 | 第88-92页 |
| 附录2 实验中所用的仪器设备 | 第92-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 研究生阶段发表的论文 | 第94页 |
