| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 前言 | 第13-21页 |
| 1.1 叶绿体基因组研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2 裸子植物系统发育关系研究进展 | 第14-19页 |
| 1.2.1 买麻藤目的系统进化位置 | 第15-17页 |
| 1.2.2 银杏的系统进化位置 | 第17-18页 |
| 1.2.3 北美红杉、巨杉、水杉三者的系统发育关系 | 第18-19页 |
| 1.3 研究内容和技术路线 | 第19-21页 |
| 第二章 材料与方法 | 第21-29页 |
| 2.1 样品采集 | 第21页 |
| 2.2 叶绿体总DNA的提取方法 | 第21-23页 |
| 2.2.1 实验试剂和设备 | 第21-22页 |
| 2.2.2 缓冲液的配置 | 第22页 |
| 2.2.3 总叶绿体DNA的提取 | 第22-23页 |
| 2.2.4 叶绿体DNA的检测 | 第23页 |
| 2.3 叶绿体基因组的测序 | 第23-25页 |
| 2.3.1 原始数据的处理 | 第23页 |
| 2.3.2 叶绿体基因组的组装和检测 | 第23-24页 |
| 2.3.3 叶绿体基因组的注释和物理图谱的绘制 | 第24页 |
| 2.3.4 叶绿体基因组特征分析和比较 | 第24-25页 |
| 2.4 裸子植物系统发育树的构建 | 第25-29页 |
| 2.4.1 其它物种植物叶绿体基因组的获取 | 第25-27页 |
| 2.4.2 提取共有蛋白编码基因的提取 | 第27-28页 |
| 2.4.3 裸子植物系统发育树的构建 | 第28-29页 |
| 第三章 结果 | 第29-40页 |
| 3.1 测序序列基本特征 | 第29-30页 |
| 3.2 叶绿体全基因组序列的基本特征 | 第30页 |
| 3.3 叶绿体全基因组注释结果和物理图谱 | 第30-36页 |
| 3.4 重复序列分析 | 第36-37页 |
| 3.5 反向重复区(IRA)的缺失 | 第37页 |
| 3.6 系统发育树的构建 | 第37-40页 |
| 第四章 讨论 | 第40-46页 |
| 4.1 北美红杉和巨杉的叶绿体基因组 | 第40-41页 |
| 4.2 裸子植物的系统发育研究 | 第41-46页 |
| 4.2.1 买麻藤目的系统发育关系 | 第41-43页 |
| 4.2.2 银杏的系统发育关系 | 第43-44页 |
| 4.2.3 水杉、巨杉和北美红杉的系统发育关系 | 第44-46页 |
| 第五章 结论和展望 | 第46-48页 |
| 5.1 结论 | 第46页 |
| 5.2 展望 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-57页 |
| 发表文章 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |