| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 引言 | 第12-23页 |
| 1 长牡蛎生物学概述 | 第12-15页 |
| 1.1 分类地位 | 第12页 |
| 1.2 形态构造 | 第12-13页 |
| 1.3 雌雄同体现象及自交和近交 | 第13页 |
| 1.4 摄食习性 | 第13-14页 |
| 1.5 糖原含量相关研究 | 第14-15页 |
| 2 长牡蛎遗传育种研究进展 | 第15-16页 |
| 2.1 选择育种 | 第15页 |
| 2.2 杂交育种 | 第15页 |
| 2.3 多倍体育种 | 第15-16页 |
| 2.4 分子育种 | 第16页 |
| 3 简单重复序列标记 | 第16页 |
| 4 表观遗传学及DNA甲基化 | 第16-21页 |
| 4.1 表观遗传学概述 | 第16-17页 |
| 4.2 DNA甲基化技术 | 第17-19页 |
| 4.2.1 DNA甲基化的概念与特点 | 第17-18页 |
| 4.2.2 DNA甲基化的功能 | 第18-19页 |
| 4.3 DNA甲基化研究方法 | 第19-20页 |
| 4.4 DNA甲基化在水产动物中的研究进展 | 第20-21页 |
| 5 本研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 第一章 长牡蛎(Crassostreagigas)多代近交与自交家系遗传差异及生长性状比较 | 第23-38页 |
| 1 实验材料的获取 | 第23-25页 |
| 1.1 亲本的暂养与促熟 | 第23页 |
| 1.2 人工授精和孵化 | 第23-24页 |
| 1.3 选优与幼虫培育 | 第24-25页 |
| 1.4 稚贝附着与暂养 | 第25页 |
| 1.5 海上养成 | 第25页 |
| 1.6 取样 | 第25页 |
| 2 实验方法 | 第25-30页 |
| 2.1 DNA的提取及浓度测定 | 第25-28页 |
| 2.1.1 试剂的准备 | 第25-26页 |
| 2.1.2 仪器的准备 | 第26-27页 |
| 2.1.3 操作步骤 | 第27-28页 |
| 2.2 PCR扩增 | 第28-29页 |
| 2.2.1 引物信息 | 第28-29页 |
| 2.2.2 扩增体系及反应程序 | 第29页 |
| 2.3 产物检测 | 第29-30页 |
| 2.3.1 1%琼脂糖凝胶电泳检测 | 第29页 |
| 2.3.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第29-30页 |
| 2.4 数据统计分析 | 第30页 |
| 3 结果 | 第30-36页 |
| 3.1 PCR检测结果 | 第30-31页 |
| 3.2 4个长牡蛎实验组的微卫星遗传多样性 | 第31-33页 |
| 3.3 四个实验组遗传结构分析 | 第33-34页 |
| 3.4 各生长性状指标 | 第34-36页 |
| 4 讨论 | 第36-38页 |
| 4.1 遗传多样性和遗传结构 | 第36-37页 |
| 4.2 生长性状 | 第37-38页 |
| 第二章 基于MethyRAD技术的长牡蛎糖原含量性状间的全基因组甲基化分析 | 第38-61页 |
| 1 实验材料的获取 | 第38-39页 |
| 1.1 亲本的暂养与促熟 | 第38页 |
| 1.2 人工授精和孵化 | 第38页 |
| 1.3 选优与幼虫培育 | 第38页 |
| 1.4 稚贝附着与暂养 | 第38-39页 |
| 1.5 海上养成 | 第39页 |
| 1.6 取样 | 第39页 |
| 1.7 样品处理 | 第39页 |
| 2 实验方法 | 第39-40页 |
| 2.1 糖原含量测定 | 第39-40页 |
| 2.2 DNA的提取及浓度测定 | 第40页 |
| 2.3 MethyRAD建库及测序 | 第40页 |
| 3 数据处理 | 第40-42页 |
| 3.1 数据基本处理 | 第40-41页 |
| 3.2 甲基化位点在全基因组上的分布 | 第41页 |
| 3.3 甲基化测序深度及在基因组不同功能元件上的分布 | 第41-42页 |
| 3.4 位点甲基化水平的相对定量 | 第42页 |
| 3.5 样品间甲基化水平比较 | 第42页 |
| 3.6 组间甲基化水平比较 | 第42页 |
| 4 结果分析 | 第42-56页 |
| 4.1 牡蛎糖原含量检测结果及差异性检验 | 第42-43页 |
| 4.2 牡蛎基因组检测结果 | 第43页 |
| 4.3 甲基化位点在全基因组上的分布和甲基化位点测序深度 | 第43-44页 |
| 4.4 甲基化位点在基因组不同功能元件上的分布 | 第44-45页 |
| 4.5 甲基化位点在基因区的分布 | 第45-47页 |
| 4.6 样品间甲基化水平比较 | 第47页 |
| 4.7 组间甲基化水平比较 | 第47-56页 |
| 4.7.1 全基因组DNA甲基化差异分析 | 第47-52页 |
| 4.7.2 甲基化水平差异位点在不同基因功能元件上的分布 | 第52-54页 |
| 4.7.3 甲基化水平差异位点的GO富集分析 | 第54-55页 |
| 4.7.4 甲基化水平差异位点的KEGG分析 | 第55-56页 |
| 5 讨论 | 第56-61页 |
| 5.1 长牡蛎主要的甲基化模式 | 第56页 |
| 5.2 4个家系共有差异甲基化基因分析 | 第56-57页 |
| 5.3 与长牡蛎糖原含量相关的基因、GO、KEGG分析 | 第57-59页 |
| 5.4 牡蛎性腺甲基化遗传与环境分析 | 第59页 |
| 5.5 长牡蛎糖原含量甲基化调控机制 | 第59-61页 |
| 结论与展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-71页 |
