| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-35页 |
| 1.1 优质蛋白玉米(QPM) | 第14-16页 |
| 1.2 优质蛋白玉米修饰因子的研究进展 | 第16-20页 |
| 1.2.1 27-kDa γ-zein是优质蛋白玉米形成的重要组份 | 第16-17页 |
| 1.2.2 淀粉的生物合成 | 第17-18页 |
| 1.2.3 淀粉的生物合成和结构与优质蛋白玉米形成的关系 | 第18-20页 |
| 1.3 第三代测序技术在植物基因学上的应用 | 第20-33页 |
| 1.3.1 Sanger测序:植物基因组学研究的里程碑 | 第21页 |
| 1.3.2 下一代测序技术助力植物基因组学快速发展 | 第21-24页 |
| 1.3.3 长读长测序开辟了解决复杂植物基因组的新时代 | 第24-26页 |
| 1.3.4 PacBio测序的应用进展 | 第26-28页 |
| 1.3.5 PacBio测序指南 | 第28-30页 |
| 1.3.6 超长Scaffold搭建技术提升组装 | 第30-32页 |
| 1.3.7 基于长读长的基因组注释 | 第32页 |
| 1.3.8 展望 | 第32-33页 |
| 1.4 研究内容,目的和意义 | 第33-35页 |
| 第二章 直链淀粉及27-kDa γ-zein的全基因组关联分析 | 第35-58页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-38页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第35页 |
| 2.1.2 27-kDa γ-zein和直链淀粉含量的评估 | 第35-36页 |
| 2.1.3 全基因组关联分析和单核苷酸多态性位点(SNP)的注释 | 第36-37页 |
| 2.1.4 功能注释和候选基因的富集分析 | 第37页 |
| 2.1.5 RNAseq分析 | 第37-38页 |
| 2.2 结果与分析 | 第38-54页 |
| 2.2.1 27-kDa γ-zein的表型统计及与硬质的相关性分析 | 第38-39页 |
| 2.2.2 直链淀粉的表型统计及与硬质的相关性分析 | 第39-42页 |
| 2.2.3 关联分析群体的连锁不平衡分析 | 第42-43页 |
| 2.2.4 27-kDa γ-zein表型的关联分析 | 第43-46页 |
| 2.2.5 直链淀粉表型的关联分析 | 第46-50页 |
| 2.2.6 CM105~+,CM105o2和CM105mo2的RNAseq差异表达分析筛选候选o2修饰因子 | 第50-54页 |
| 2.3 结论与讨论 | 第54-58页 |
| 第三章 Waxy1基因内分子标记的开发 | 第58-73页 |
| 3.1 材料和方法 | 第59-64页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第59-60页 |
| 3.1.2 玉米籽粒表观直链淀粉含量(AAC)测定 | 第60页 |
| 3.1.3 DNA提取和纯化 | 第60-61页 |
| 3.1.4 RNA提取和纯化 | 第61页 |
| 3.1.5 cDNA合成 | 第61页 |
| 3.1.6 PCR引物设计和反应体系及条件 | 第61-62页 |
| 3.1.7 关联分析 | 第62页 |
| 3.1.8 基于KASP技术SNP引物的设计 | 第62-64页 |
| 3.2 结果与分析 | 第64-71页 |
| 3.2.1 基于全基因组关联分析技术挖掘低直链淀粉玉米材料分子标记 | 第64-65页 |
| 3.2.2 基于候选基因的关联分析技术开发基因内选择标记 | 第65-67页 |
| 3.2.3 基于Waxy1基因的indel标记的开发及验证 | 第67-70页 |
| 3.2.4 基于KASP技术的Waxy1基因SNP标记的开发及验证 | 第70-71页 |
| 3.3 结论与讨论 | 第71-73页 |
| 第四章 优质蛋白玉米K0326y的基因组组学分析 | 第73-86页 |
| 4.1 材料与方法 | 第73-76页 |
| 4.1.1 研究材料 | 第73页 |
| 4.1.2 玉米高质量DNA的抽提 | 第73页 |
| 4.1.3 QPM K0326y的基因组组装 | 第73-75页 |
| 4.1.4 QPM K0326y的全长cDNA文库构建 | 第75-76页 |
| 4.1.5 QPM与K0326y的比较基因组学分析 | 第76页 |
| 4.2 结果与分析 | 第76-84页 |
| 4.2.1 高质量DNA样品的获取及文库构建 | 第76-77页 |
| 4.2.2 优质蛋白玉米基因组PacBio测序subreads的质量统计 | 第77-79页 |
| 4.2.3 优质蛋白玉米基因组二代测序的质量统计 | 第79页 |
| 4.2.4 全长转录本RNA样品准备和质量监控 | 第79-80页 |
| 4.2.5 第一轮全长cDNA的测序预实验总结 | 第80页 |
| 4.2.6 K0326y玉米基因组的从头组装和scaffold的搭建 | 第80-82页 |
| 4.2.7 K0326y与B73的比较基因组学分析 | 第82-84页 |
| 4.3 结论与讨论 | 第84-86页 |
| 第五章 全文结论 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-95页 |
| 附录 | 第95-105页 |
| 附件1.RNAseq的差异表达分析R脚本 | 第95-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第106-107页 |
