支持得分矩阵的生物序列匹配系统的设计与优化
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第10-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第10-11页 |
| 1.2 本文的研究内容及面临的挑战 | 第11-13页 |
| 1.3 本文的贡献 | 第13-14页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第14-16页 |
| 第2章 背景知识与相关工作 | 第16-30页 |
| 2.1 背景知识 | 第16-18页 |
| 2.2 相关索引结构 | 第18-24页 |
| 2.2.1 后缀树 | 第18-20页 |
| 2.2.2 后缀数组 | 第20-22页 |
| 2.2.3 Burrows-Wheeler变换 | 第22-24页 |
| 2.3 相关技术 | 第24-29页 |
| 2.3.1 基于前瞻过滤技术的PSSM匹配算法 | 第25-27页 |
| 2.3.2 基于后缀树的PSSM匹配算法 | 第27-28页 |
| 2.3.3 基于后缀数组的PSSM匹配算法 | 第28-29页 |
| 2.4 本章小结 | 第29-30页 |
| 第3章 支持PSSM的生物序列匹配系统 | 第30-36页 |
| 3.1 系统概述 | 第30页 |
| 3.2 系统设计 | 第30-34页 |
| 3.2.1 输入输出模块 | 第31-32页 |
| 3.2.2 生物序列预处理模块 | 第32页 |
| 3.2.3 阈值计算模块 | 第32-33页 |
| 3.2.4 支持得分矩阵的模式匹配模块 | 第33-34页 |
| 3.3 本章小结 | 第34-36页 |
| 第4章 基于压缩后缀数组的匹配算法 | 第36-48页 |
| 4.1 后缀数组可压缩性 | 第36-37页 |
| 4.2 后缀数组分解方法 | 第37-39页 |
| 4.3 后缀数组压缩策略 | 第39-45页 |
| 4.3.1 分块存储标识数组 | 第40-41页 |
| 4.3.2 分组压缩关联数组 | 第41-45页 |
| 4.4 基于压缩后缀数组的PSSM匹配算法 | 第45-47页 |
| 4.5 本章小结 | 第47-48页 |
| 第5章 基于自索引结构的匹配算法 | 第48-60页 |
| 5.1 根据PSSM构建查询树 | 第48-49页 |
| 5.2 基于自索引结构的PSSM匹配算法 | 第49-53页 |
| 5.3 基于BWT索引的过滤匹配算法 | 第53-55页 |
| 5.4 实现occ方法 | 第55-58页 |
| 5.4.1 基于分块思想的occ实现 | 第55-56页 |
| 5.4.2 基于小波树的occ实现 | 第56-58页 |
| 5.5 本章小结 | 第58-60页 |
| 第6章 系统实现与实验分析 | 第60-70页 |
| 6.1 支持PSSM的生物序列匹配系统的实现 | 第60-62页 |
| 6.2 实验设置 | 第62-63页 |
| 6.3 索引结构对比与分析 | 第63-66页 |
| 6.3.1 后缀数组压缩层次分析 | 第63-65页 |
| 6.3.2 BWT索引中后缀数组取样间隔分析 | 第65-66页 |
| 6.4 算法性能对比与分析 | 第66-69页 |
| 6.4.1 数据量大小对算法性能的影响 | 第66-68页 |
| 6.4.2 得分矩阵长度对算法性能的影响 | 第68页 |
| 6.4.3 p-value大小对算法性能的影响 | 第68-69页 |
| 6.5 本章小结 | 第69-70页 |
| 第7章 总结与展望 | 第70-72页 |
| 7.1 本文总结 | 第70-71页 |
| 7.2 工作展望 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-76页 |
| 致谢 | 第76-78页 |
| 攻硕期间参加的项目 | 第78页 |
