| 中文摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 引言 | 第14-30页 |
| 1.1 蛋白质结构及功能 | 第14-16页 |
| 1.2 酶的结构及功能 | 第16-25页 |
| 1.2.1 细胞色素P450酶简介 | 第17-19页 |
| 1.2.2 P450酶的结构特征 | 第19-21页 |
| 1.2.3 P450酶的配体通道研究 | 第21-22页 |
| 1.2.4 P450酶的催化过程 | 第22-25页 |
| 1.3 MarR家族转录因子——TcaR | 第25-26页 |
| 1.4 DNA的结构及功能 | 第26-27页 |
| 1.5 研究目的和内容 | 第27-30页 |
| 第2章 理论基础和计算方法 | 第30-60页 |
| 2.1 同源模建 | 第30页 |
| 2.2 分子力学 | 第30-41页 |
| 2.2.1 分子内相互作用 | 第31-32页 |
| 2.2.2 分子力场简述 | 第32-36页 |
| 2.2.3 常用分子力场 | 第36-38页 |
| 2.2.4 能量最小化 | 第38-41页 |
| 2.3 分子对接 | 第41-42页 |
| 2.3.1 分子对接的原理 | 第41-42页 |
| 2.3.2 分子对接的方法 | 第42页 |
| 2.4 分子动力学 | 第42-50页 |
| 2.4.1 分子动力学的基本理论 | 第44页 |
| 2.4.2 分子动力学的积分方法 | 第44-48页 |
| 2.4.3 长程静电力 | 第48-49页 |
| 2.4.4 分子动力学模拟的初始条件 | 第49-50页 |
| 2.5 自适应拉伸分子动力学模拟 | 第50-51页 |
| 2.6 平均力势的计算 | 第51页 |
| 2.7 结合自由能的计算 | 第51-60页 |
| 2.7.1 热力微扰法 | 第52-54页 |
| 2.7.2 热力积分法 | 第54-56页 |
| 2.7.3 MM-PB/GBSA方法 | 第56-60页 |
| 第3章 CYP3A7底物选择性的动力学模拟研究 | 第60-74页 |
| 3.1 引言 | 第60-61页 |
| 3.2 计算细节 | 第61-63页 |
| 3.2.1 同源模建 | 第61页 |
| 3.2.2 结构优化 | 第61页 |
| 3.2.3 分子对接和分子动力学模拟 | 第61-62页 |
| 3.2.4 通道分析 | 第62页 |
| 3.2.5 结合自由能计算 | 第62-63页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第63-73页 |
| 3.3.1 CYP3A7三维结构的构建与合理性分析 | 第63-66页 |
| 3.3.2 底物结合模式研究 | 第66-68页 |
| 3.3.3 底物通道的研究 | 第68-70页 |
| 3.3.4 结合自由能计算及分析 | 第70-73页 |
| 3.4 本章小结 | 第73-74页 |
| 第4章 CYP2A6、2A13、2E1与抑制剂的结构特征及门控机制研究 | 第74-94页 |
| 4.1 引言 | 第74-76页 |
| 4.2 计算细节 | 第76-78页 |
| 4.2.1 初始模型的构建 | 第76页 |
| 4.2.2 常规分子动力学模拟 | 第76页 |
| 4.2.3 结合自由能计算 | 第76-77页 |
| 4.2.4 通道分析 | 第77-78页 |
| 4.2.5 自适应拉伸分子动力学 | 第78页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第78-93页 |
| 4.3.1 结合自由能的合理排序 | 第78-81页 |
| 4.3.2 抑制剂脱离蛋白的主要通道 | 第81-86页 |
| 4.3.3 抑制剂脱离CYP2A6酶的过程 | 第86-88页 |
| 4.3.4 抑制剂脱离CYP2A13酶的过程 | 第88-89页 |
| 4.3.5 抑制剂脱离CYP2E1酶的过程 | 第89-90页 |
| 4.3.6 配体进出通道的结构特征及门控机制 | 第90-93页 |
| 4.4 本章小结 | 第93-94页 |
| 第5章 TcaR与ssDNA识别机制的动力学模拟研究 | 第94-108页 |
| 5.1 引言 | 第94-95页 |
| 5.2 计算细节 | 第95-97页 |
| 5.2.1 初始模型的构建 | 第95页 |
| 5.2.2 常规分子动力学模拟 | 第95-96页 |
| 5.2.3 结合自由能计算 | 第96-97页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第97-106页 |
| 5.3.1 TcaR与ssDNA结构稳定性及结合界面波动性 | 第97-98页 |
| 5.3.2 结合自由能分析 | 第98-100页 |
| 5.3.3 识别螺旋上重要的氨基酸残基 | 第100-103页 |
| 5.3.4 β-wingLoops与ssDNA之间的相互作用 | 第103-106页 |
| 5.4 本章小结 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-143页 |
| 个人简介及攻读学位期间发表论文 | 第143-144页 |
| 致谢 | 第144页 |
