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基于序列和结构信息预测蛋白质亚高尔基体定位

摘要第3-5页
ABSTRACT第5-6页
第一章 绪论第9-15页
    1.1 高尔基体的结构与功能第9-10页
        1.1.1 顺面膜囊或顺面网状结构第10页
        1.1.2 中间膜囊第10页
        1.1.3 反面膜囊或反面网状结构第10页
    1.2 研究背景及意义第10-11页
    1.3 国内外研究现状及分析第11-13页
    1.4 论文研究内容和安排第13-15页
第二章 特征提取和预测算法第15-24页
    2.1 引言第15页
    2.2 特征提取第15-22页
        2.2.1 氨基酸组分信息第15页
        2.2.2 蛋白质骨架信息第15-16页
        2.2.3 平均化学位移(Autocovarianceaveragechemicalshifts,acACS)第16-17页
        2.2.4 同源序列GO信息第17-18页
        2.2.5 进化信息第18-19页
        2.2.6 氨基酸黏性信息第19-20页
        2.2.7 结构域信息第20页
        2.2.8 氨基酸物理化学性质第20-22页
    2.3 支持向量机算法(SupportVectorMachine,SVM)第22页
    2.4 算法评价第22-24页
第三章 亚高尔基体蛋白质的结构分析第24-33页
    3.1 引言第24页
    3.2 数据集第24-25页
    3.3 亚高尔基体蛋白质结构域分析第25-31页
        3.3.1 顺面膜囊(cis-Golgi)蛋白质结构域分析第25-27页
        3.3.2 反面膜囊(trans-Golgi)蛋白质结构域分析第27-30页
        3.3.3 顺面膜囊(cis-Golgi)和反面膜囊(trans-Golgi)蛋白质共有结构域分析第30-31页
    3.4 小结第31-33页
第四章 亚高尔基体蛋白质分类预测分析第33-41页
    4.1 引言第33页
    4.2 不同特征参数对预测结果的影响第33-37页
        4.2.1 分段氨基酸组分信息(AAC)第33-34页
        4.2.2 平均化学位移(acACS)第34页
        4.2.3 分段蛋白质骨架信息(PB)第34-35页
        4.2.4 同源序列GO信息第35页
        4.2.5 进化信息(PSSM)第35-36页
        4.2.6 氨基酸黏性信息(stickiness)第36页
        4.2.7 结构域信息(Domain)第36页
        4.2.8 物理化学性质(AAindex)第36-37页
    4.3 结果与讨论第37-41页
        4.3.1 单特征信息对预测结果的影响第37-38页
        4.3.2 融合特征信息对预测结果的影响第38-39页
        4.3.3 与他人预测结果的比较第39页
        4.3.4 融合特征信息对Ding’s数据集的预测结果第39-40页
        4.3.5 融合特征信息的独立检验的预测结果第40-41页
第五章 总结与展望第41-43页
    5.1 工作总结第41页
    5.2 工作展望第41-43页
参考文献第43-49页
附录第49-51页
致谢第51-52页
作者攻读硕士学位期间发表和完成的论文目录第52页

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