| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第9-17页 |
| 1.1 茶树起源分布及贵州茶树种质资源在茶产业中的地位 | 第9-10页 |
| 1.1.1 茶树起源分布 | 第9页 |
| 1.1.2 贵州茶树种质资源在茶产业中的地位 | 第9-10页 |
| 1.2 茶树遗传多样性研究进展 | 第10-11页 |
| 1.2.1 基于形态标记的茶树遗传多样性研究进展 | 第10页 |
| 1.2.2 基于生化成分标记的茶树遗传多样性研究进展 | 第10-11页 |
| 1.2.3 基于细胞学标记的茶树遗传多样性研究进展 | 第11页 |
| 1.3 分子标记技术在茶树遗传多样性研究中的应用 | 第11-12页 |
| 1.3.1 分子标记概述 | 第11页 |
| 1.3.2 分子标记的类型 | 第11页 |
| 1.3.3 分子标记技术在茶树遗传多样性研究中的应用 | 第11-12页 |
| 1.4 现代测序技术的发展 | 第12-13页 |
| 1.4.1 第一代测序技术的发展 | 第12页 |
| 1.4.2 第二代测序技术的发展 | 第12-13页 |
| 1.4.3 第三代测序技术的发展 | 第13页 |
| 1.5 转录组测序技术在茶树遗传多样性研究中的应用 | 第13-14页 |
| 1.5.1 转录组测序技术的概述 | 第13页 |
| 1.5.2 论文用到的转录组测序分析的生物信息学软件 | 第13-14页 |
| 1.5.3 转录组测序技术在茶树遗传多样性分析中的应用 | 第14页 |
| 1.6 本文的技术路线 | 第14-15页 |
| 1.7 研究内容和论文结构 | 第15-17页 |
| 第二章 茶树转录组测序及分析 | 第17-25页 |
| 2.1 样品来源和总RNA提取 | 第17-18页 |
| 2.1.1 样品来源 | 第17-18页 |
| 2.1.2 总RNA提取 | 第18页 |
| 2.2 文库构建和测序 | 第18-22页 |
| 2.2.1 文库构建 | 第19页 |
| 2.2.2 测序和序列质量控制 | 第19-22页 |
| 2.3 测序数据比对到参考基因组 | 第22-25页 |
| 第三章 茶树SNP检测及分析 | 第25-35页 |
| 3.1 基于RNA-SEQ的茶树SNP检测流程 | 第25-27页 |
| 3.1.1 SNP的检测 | 第25-27页 |
| 3.1.2 SNP的GO分析 | 第27页 |
| 3.2 SNP分析结果 | 第27-35页 |
| 3.2.1 SNP的类型及数目 | 第27-29页 |
| 3.2.2 SNP的分布 | 第29-30页 |
| 3.2.3 SNP的功能效应 | 第30-31页 |
| 3.2.4 SNP的GO注释 | 第31-33页 |
| 3.2.5 讨论 | 第33-35页 |
| 第四章 贵州茶树种质资源的遗传多样性评价 | 第35-43页 |
| 4.1 数据处理 | 第35-36页 |
| 4.2 贵州茶树品种间的SNP分析 | 第36-39页 |
| 4.3 贵州茶树种质资源的遗传相似性分析 | 第39页 |
| 4.4 贵州茶树种质资源的聚类分析 | 第39-41页 |
| 4.5 讨论 | 第41-43页 |
| 第五章 总结与展望 | 第43-45页 |
| 5.1 总结 | 第43-44页 |
| 5.2 展望 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-48页 |
| 致谢 | 第48-49页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第49-50页 |
| 附录 | 第50-57页 |
