| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 综述 | 第9-19页 |
| 1 HEV的研究进展 | 第9-15页 |
| 1.1 HEV的研究概况 | 第9-10页 |
| 1.2 HEV分子流行病学 | 第10页 |
| 1.3 HEV基因类型及分布 | 第10-11页 |
| 1.4 HEV的基因组结构 | 第11-13页 |
| 1.5 HEV ORF3蛋白研究进展 | 第13-15页 |
| 1.5.1 ORF3蛋白结构 | 第13页 |
| 1.5.2 ORF3蛋白功能 | 第13-15页 |
| 2 转录组测序的研究进展 | 第15-18页 |
| 2.1 转录组测序 | 第15页 |
| 2.2 转录组测序原理及应用 | 第15-18页 |
| 2.2.1 转录组测序步骤 | 第15-16页 |
| 2.2.2 转录组测序原理 | 第16页 |
| 2.2.3 转录组测序应用 | 第16-18页 |
| 3 研究目的及意义 | 第18-19页 |
| 第二章 建立稳定表达SHEV ORF3基因的HepG2细胞系 | 第19-36页 |
| 1 实验材料 | 第19-23页 |
| 1.1 细胞和菌种 | 第19-20页 |
| 1.2 主要试剂 | 第20-21页 |
| 1.3 主要仪器 | 第21页 |
| 1.4 主要溶液配制方法 | 第21-23页 |
| 1.4.1 细胞培养以及常用溶液配制 | 第21-22页 |
| 1.4.2 Western blotting常用溶液配制 | 第22-23页 |
| 2 实验方法 | 第23-32页 |
| 2.1 稳定细胞系的建立 | 第23-32页 |
| 2.1.1 HepG2细胞的培养 | 第23-25页 |
| 2.1.2 慢病毒载体的构建 | 第25-28页 |
| 2.1.3 慢病毒包装 | 第28页 |
| 2.1.4 慢病毒感染HepG2细胞 | 第28页 |
| 2.1.5 稳定细胞系的筛选 | 第28-29页 |
| 2.1.6 流式细胞术鉴定 | 第29页 |
| 2.1.7 Western blotting鉴定 | 第29-32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-34页 |
| 3.1 稳定细胞系的建立及鉴定 | 第32-34页 |
| 3.1.1 慢病毒绿色荧光蛋白感染HepG2的效率观察 | 第32页 |
| 3.1.2 单克隆细胞的鉴定 | 第32-33页 |
| 3.1.3 Western blotting鉴定 | 第33-34页 |
| 4 讨论 | 第34-36页 |
| 第三章 稳定表达SHEV ORF3基因的HepG2细胞转录组测序及分析 | 第36-55页 |
| 1 实验材料 | 第36-38页 |
| 1.1 细胞 | 第36页 |
| 1.2 主要试剂 | 第36-37页 |
| 1.3 主要仪器 | 第37页 |
| 1.4 主要溶液配制方法 | 第37-38页 |
| 2 实验方法 | 第38-42页 |
| 2.1 细胞培养与样本收集 | 第38页 |
| 2.2 稳定细胞系总RNA的提取 | 第38页 |
| 2.3 mRNA的建库和测序 | 第38-39页 |
| 2.4 RNA-seq分析 | 第39-40页 |
| 2.4.1 测序数据处理 | 第39-40页 |
| 2.4.2 基因水平差异表达研究 | 第40页 |
| 2.5 差异基因进行qRT-PCR验证 | 第40-42页 |
| 2.5.1 总RNA的反转录 | 第40-41页 |
| 2.5.2 qRT-PCR技术检测mRNA | 第41-42页 |
| 2.6 差异表达mRNA分析 | 第42页 |
| 3 结果与分析 | 第42-53页 |
| 3.1 测序数据预处理结果 | 第42-43页 |
| 3.2 参考基因组比对 | 第43-45页 |
| 3.2.1 测序数据与参考基因组比对的reads统计 | 第43-44页 |
| 3.2.2 参考基因组比对区域以及密度分布 | 第44-45页 |
| 3.3 基因表达水平分析 | 第45-47页 |
| 3.3.1 基因表达值分布 | 第45-46页 |
| 3.3.2 基因表达值密度 | 第46-47页 |
| 3.4 差异基因表达水平分析 | 第47-52页 |
| 3.4.1 差异基因表达水平火山图分析 | 第47-48页 |
| 3.4.2 Venn图筛选共有差异表达基因 | 第48-49页 |
| 3.4.3 共有差异表达基因热图 | 第49-52页 |
| 3.5 qRT-PCR验证 | 第52页 |
| 3.6 显著差异表达基因GO聚类分析 | 第52-53页 |
| 4 讨论 | 第53-55页 |
| 结论 | 第55-56页 |
| 英文缩略对照表 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-66页 |
| 附录 | 第66-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
