蛋白质批量同源性搜索及DNA模体识别算法研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 研究背景与研究意义 | 第9-11页 |
| 1.1.1 批量蛋白质同源性搜索的研究背景和意义 | 第9-10页 |
| 1.1.2 模体识别的研究背景和意义 | 第10-11页 |
| 1.2 研究现状 | 第11-14页 |
| 1.2.1 批量蛋白质同源性搜索研究现状 | 第11-12页 |
| 1.2.2 模体识别问题研究现状 | 第12-14页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第14-15页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第15-16页 |
| 2 相关工作和关键技术 | 第16-27页 |
| 2.1 序列比对 | 第16页 |
| 2.2 BLAST算法 | 第16-19页 |
| 2.3 粒子群算法 | 第19-23页 |
| 2.4 模体的表示方法 | 第23-25页 |
| 2.5 模体打分函数 | 第25-26页 |
| 2.6 本章小结 | 第26-27页 |
| 3 基于压缩和聚类的批量蛋白质同源性搜索算法 | 第27-38页 |
| 3.1 压缩 | 第27-30页 |
| 3.2 聚类 | 第30-32页 |
| 3.3 批量搜索 | 第32-33页 |
| 3.4 实验结果与分析 | 第33-37页 |
| 3.4.1 实验建立 | 第33-34页 |
| 3.4.2 压缩对性能的影响 | 第34-35页 |
| 3.4.3 C2-BLASTP和其它算法的比较 | 第35-36页 |
| 3.4.4 硬盘和内存代价分析 | 第36-37页 |
| 3.5 本章小结 | 第37-38页 |
| 4 基于随机投影和粒子群优化的模体识别算法 | 第38-53页 |
| 4.1 随机投影策略 | 第38-40页 |
| 4.2 粒子群模体识别算法 | 第40-44页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第44-51页 |
| 4.3.1 实验参数和性能测试标准 | 第45-47页 |
| 4.3.2 CRP数据集上的实验结果和分析 | 第47-48页 |
| 4.3.3 真核生物基因数据集上的实验结果和分析 | 第48-51页 |
| 4.4 本章小结 | 第51-53页 |
| 5 总结与展望 | 第53-55页 |
| 5.1 总结 | 第53页 |
| 5.2 展望 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
