| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 引言 | 第14-35页 |
| 1.1 植物抗旱机理及研究进展 | 第14-20页 |
| 1.1.1 干旱胁迫对植物的伤害 | 第14-15页 |
| 1.1.2 植物抗旱的生理机制 | 第15-16页 |
| 1.1.3 植物抗旱的分子机制 | 第16-20页 |
| 1.1.3.1 干旱胁迫信号转导的输入和输出 | 第16-18页 |
| 1.1.3.2 植物对干旱胁迫反应的细胞信号转导 | 第18-19页 |
| 1.1.3.3 植物干早胁迫应答基因 | 第19-20页 |
| 1.2 转录组学研究概况 | 第20-25页 |
| 1.2.1 转录组研究的基本方法 | 第21-22页 |
| 1.2.2 高通量转录组测序—RNA-Seq技术 | 第22-25页 |
| 1.2.3 转录组水平的耐旱研究 | 第25页 |
| 1.3 SSR、EST-SSR及其研究进展 | 第25-27页 |
| 1.3.1 SSR及其研究进展 | 第25-26页 |
| 1.3.2 EST-SSR其研究进展 | 第26-27页 |
| 1.4 中间锦鸡儿研究进展 | 第27-33页 |
| 1.4.1 中间锦鸡儿的生长环境及地理分布 | 第27-28页 |
| 1.4.2 中间锦鸡儿形态特性及生物学特征 | 第28-29页 |
| 1.4.3 中间锦鸡儿的资源开发与利用 | 第29-31页 |
| 1.4.3.1 中间锦鸡儿的生态价值 | 第29-30页 |
| 1.4.3.2 中间锦鸡儿的饲用价值 | 第30页 |
| 1.4.3.3 中间锦鸡儿的药用价值 | 第30-31页 |
| 1.4.3.4 中间锦鸡儿的其他利用价值 | 第31页 |
| 1.4.4 中间锦鸡儿的化学组分及其次生代谢 | 第31-33页 |
| 1.4.4.1 中间锦鸡儿的化学组分 | 第31页 |
| 1.4.4.2 相关次生代谢途径 | 第31-33页 |
| 1.5 本课题选题背景及研究意义 | 第33页 |
| 1.6 研究内容和主要技术路线 | 第33-35页 |
| 1.6.1 主要技术路线 | 第33-34页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第34-35页 |
| 2 中间锦鸡儿RNA样本制备及转录组测序 | 第35-39页 |
| 2.1 实验材料 | 第35页 |
| 2.2 实验方法 | 第35-36页 |
| 2.2.1 中间锦鸡儿幼苗培养及脱水胁迫处理 | 第35-36页 |
| 2.2.2 样品制备 | 第36页 |
| 2.2.3 转录组测序 | 第36页 |
| 2.2.4 测序结果的初步处理 | 第36页 |
| 2.3 结果与分析 | 第36-38页 |
| 2.3.1 中间锦鸡儿总RNA质量检测 | 第36-37页 |
| 2.3.2 RNA的浓度检测 | 第37页 |
| 2.3.3 cDNA文库片段回收结果 | 第37-38页 |
| 2.3.4 测序数据输出 | 第38页 |
| 2.4 讨论 | 第38页 |
| 2.5 小结 | 第38-39页 |
| 3 转录测序(RNA-seq)基础分析及转录数据组装 | 第39-49页 |
| 3.1 实验材料 | 第39页 |
| 3.1.1 用于转录组组装的序列 | 第39页 |
| 3.2 实验方法 | 第39-40页 |
| 3.2.1 测序结果分析及转录组组装 | 第39-40页 |
| 3.2.2 Unigenes功能注释 | 第40页 |
| 3.3 结果与分析 | 第40-48页 |
| 3.3.1 转录组数据拼接结果 | 第40-41页 |
| 3.3.2 组装结果进行比对注释(blast) | 第41-46页 |
| 3.3.2.1 组装结果比对到数据库结果 | 第41-42页 |
| 3.3.2.2 比对到COG数据库结果分析 | 第42-44页 |
| 3.3.2.3 Gene Ontology分析 | 第44-46页 |
| 3.3.3 转录组reads比对到Unigenes结果 | 第46-48页 |
| 3.3.3.1 Reads与Unigenes比对情况 | 第46-47页 |
| 3.3.3.2 Unigenes的表达情况 | 第47-48页 |
| 3.4 讨论 | 第48-49页 |
| 3.5 小结 | 第49页 |
| 4 转录组差异表达基因(DEG)和共差异表达基因(co_DEG)分析 | 第49-71页 |
| 4.1 实验材料 | 第49-50页 |
| 4.1.1 用于转录组比较分析的序列 | 第49页 |
| 4.1.2 植物样品(用于qRT-PCR实验) | 第49-50页 |
| 4.1.3 实验药品、试剂、仪器 | 第50页 |
| 4.2 实验方法 | 第50-54页 |
| 4.2.1 标准DEG分析流程 | 第50页 |
| 4.2.2 差异表达基因的筛选方法 | 第50-51页 |
| 4.2.3 qRT-PCR检测基因表达量 | 第51-54页 |
| 4.2.3.1 RNA提取与纯化 | 第51-52页 |
| 4.2.3.2 RNA反转录反应 | 第52-53页 |
| 4.2.3.3 qRT-PCR反应 | 第53页 |
| 4.2.3.4 引物设计 | 第53-54页 |
| 4.3 结果与分析 | 第54-70页 |
| 4.3.1 样本相关性分析 | 第54-55页 |
| 4.3.2 样本相关性聚类分析 | 第55-56页 |
| 4.3.3 差异表达基因数据的可靠性分析 | 第56-57页 |
| 4.3.4 标准DEG分析 | 第57-59页 |
| 4.3.5 标准DEG功能聚类(GO)分析 | 第59-63页 |
| 4.3.5.1 中间锦鸡儿干旱脱水处理0h与1h的GO功能分析 | 第59-60页 |
| 4.3.5.2 中间锦鸡儿干旱脱水处理3h与1h的GO功能分析 | 第60-61页 |
| 4.3.5.3 中间锦鸡儿干旱脱水处理12h与3h的GO功能分析 | 第61-63页 |
| 4.3.6 共差异基因(co_DEG)功能聚类分析 | 第63-68页 |
| 4.3.7 qRT-PCR验证结果 | 第68-70页 |
| 4.4 讨论 | 第70页 |
| 4.5 小结 | 第70-71页 |
| 5 基于转录组信息的中间锦鸡儿SSR分子标记的鉴定与初步验证 | 第71-80页 |
| 5.1 实验材料 | 第71-72页 |
| 5.1.1 植物材料 | 第71页 |
| 5.1.2 试剂与药品 | 第71页 |
| 5.1.3 主要仪器 | 第71-72页 |
| 5.2 实验方法 | 第72-73页 |
| 5.2.1 中间锦鸡儿SSR分子标记的鉴定 | 第72页 |
| 5.2.2 SSR引物的设计 | 第72页 |
| 5.2.3 基因组DNA的提取 | 第72页 |
| 5.2.4 SSR位点的PCR验证 | 第72-73页 |
| 5.3 结果与分析 | 第73-78页 |
| 5.3.1 中间锦鸡儿SSR位点出现频率及分类 | 第73页 |
| 5.3.2 中间锦鸡儿SSR位点长度分布特征 | 第73-74页 |
| 5.3.3 SSR重复序列基元类型及频率分布 | 第74-78页 |
| 5.3.3.1 二核苷酸重复类型分析 | 第75-76页 |
| 5.3.3.2 三核苷酸重复类型分析 | 第76-77页 |
| 5.3.3.3 四核苷酸重复类型分析 | 第77页 |
| 5.3.3.4 五、六核苷酸重复类型分析 | 第77-78页 |
| 5.4 SSR位点的PCR扩增结果 | 第78页 |
| 5.5 讨论 | 第78-80页 |
| 5.6 小结 | 第80页 |
| 6 中间锦鸡儿次生代谢相关差异表达基因及黄酮类物质含量的测定 | 第80-91页 |
| 6.1 实验材料 | 第80-81页 |
| 6.2 实验方法 | 第81-83页 |
| 6.2.1 RNA反转录反应见4.2.3.2 | 第81页 |
| 6.2.2 qRT-PCR验证见4.2.3.3 | 第81页 |
| 6.2.3 黄酮类物质含量的测定 | 第81-83页 |
| 6.2.3.1 标准溶液的制备 | 第81-82页 |
| 6.2.3.2 对照品溶液的制备 | 第82页 |
| 6.2.3.3 样品溶液的制备 | 第82页 |
| 6.2.3.4 供试样品溶液的制备 | 第82页 |
| 6.2.3.5 稳定性实验 | 第82页 |
| 6.2.3.6 加样回收率实验 | 第82-83页 |
| 6.2.3.7 色谱条件 | 第83页 |
| 6.3 结果与分析 | 第83-90页 |
| 6.3.1 转录组次生代谢差异表达基因及部分基因qRT-PCR验证 | 第83-85页 |
| 6.3.2 部分次生代谢相关基因的qRT-PCR验证 | 第85-87页 |
| 6.3.3 黄酮类物质的测定结果 | 第87-90页 |
| 6.3.3.1 系统适应性实验试验结果 | 第87页 |
| 6.3.3.2 中间锦鸡儿叶片中芦丁提取条件的确定 | 第87-88页 |
| 6.3.3.3 野外中间锦鸡儿样品中芦丁含量的测定 | 第88-89页 |
| 6.3.3.4 干旱胁迫下中间锦鸡儿幼苗芦丁含量的测定 | 第89-90页 |
| 6.3.3.S中间锦鸡儿衞皮素和木犀草素的测定 | 第90页 |
| 6.4 讨论 | 第90页 |
| 6.5 小结 | 第90-91页 |
| 7 结论 | 第91-92页 |
| 8 展望 | 第92-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-107页 |
| 附录 | 第107-116页 |
| 作者简介 | 第116页 |
