| 符号说明 | 第4-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1 前言 | 第13-23页 |
| 1.1 海洋中微生物及其主要生态功能 | 第13-14页 |
| 1.2 微生物生态学研究技术与方法 | 第14-19页 |
| 1.2.1 传统微生物培养方法 | 第14-15页 |
| 1.2.2 基于非培养的微生物多样性研究方法 | 第15-19页 |
| 1.2.2.1 常规微生物分子生态学研究方法 | 第15-18页 |
| 1.2.2.2 基于高通量测序技术的微生物分子生态学研究方法 | 第18-19页 |
| 1.3 基于微生物分子生态学方法的微生物多样性研究现状 | 第19-21页 |
| 1.3.1 基于常规微生物分子生态学方法的研究现状 | 第19-20页 |
| 1.3.2 基于高通量测序方法的微生物多样性研究现状 | 第20-21页 |
| 1.4 黄河入海口生态及其微生物生态研究现状 | 第21-22页 |
| 1.4.1 黄河入海口地区的生态特点 | 第21页 |
| 1.4.2 黄河入海口生态研究现状 | 第21-22页 |
| 1.5 本研究的目的及意义 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-36页 |
| 2.1 材料 | 第23-24页 |
| 2.1.1 本实验所用样品材料 | 第23页 |
| 2.1.2 菌株和质粒 | 第23页 |
| 2.1.3 主要酶及生化试剂 | 第23页 |
| 2.1.4 实验相关引物 | 第23-24页 |
| 2.2 方法 | 第24-36页 |
| 2.2.1 采样点概述 | 第24-25页 |
| 2.2.2 样品采集与前处理 | 第25-26页 |
| 2.2.3 样品理化指标测定 | 第26页 |
| 2.2.4 样品DNA提取与检测 | 第26-28页 |
| 2.2.4.1 沉积物样品的DNA提取与检测 | 第26-27页 |
| 2.2.4.2 水样样品的DNA提取与检测 | 第27-28页 |
| 2.2.5 定量PCR检测微生物群落丰度 | 第28-31页 |
| 2.2.5.1 标准质粒模板的构建 | 第29-30页 |
| 2.2.5.2 定量PCR获得目的基因拷贝数 | 第30-31页 |
| 2.2.6 高通量测序 | 第31-32页 |
| 2.2.7 数据处理与分析 | 第32-36页 |
| 2.2.7.1 高通量数据初步处理 | 第32页 |
| 2.2.7.2 样品α-多样性分析 | 第32-33页 |
| 2.2.7.3 样品间β-多样性分析 | 第33页 |
| 2.2.7.4 样品间Heatmap图制作 | 第33-34页 |
| 2.2.7.5 物种群落组成与环境因子之间关系的分析 | 第34页 |
| 2.2.7.6 相关性分析及显著性检验 | 第34页 |
| 2.2.7.7 序列提交 | 第34-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-61页 |
| 3.1 黄河入海口沉积物及水体理化因子特征 | 第36-37页 |
| 3.2 黄河入海口微生物群落丰度 | 第37-39页 |
| 3.3 黄河入海口微生物群落结构与分布特征 | 第39-50页 |
| 3.3.1 黄河入海口微生物群落在各分类学水平上的数量分布特征 | 第39-40页 |
| 3.3.2 黄河入海口细菌群落结构 | 第40-45页 |
| 3.3.2.1 门（纲）水平优势细菌群落结构分析 | 第40-41页 |
| 3.3.2.2 沉积物和水体门（纲）水平优势细菌群落结构比较 | 第41-42页 |
| 3.3.2.3 优势科水平细菌群落结构分析 | 第42-43页 |
| 3.3.2.4 优势OTU水平细菌群落结构分析 | 第43-45页 |
| 3.3.3 黄河入海口古菌群落结构 | 第45-50页 |
| 3.3.3.1 优势门（纲）水平古菌群落结构分析 | 第45-46页 |
| 3.3.3.2 沉积物和水体优势门（纲）水平古菌群落结构比较 | 第46-48页 |
| 3.3.3.3 优势属水平古菌群落结构分析 | 第48-49页 |
| 3.3.3.4 优势OTU水平古菌群落结构分析 | 第49-50页 |
| 3.4 黄河入海口微生物群落多样性 | 第50-53页 |
| 3.4.1 黄河入海口微生物群落α-多样性 | 第50-52页 |
| 3.4.2 黄河入海口微生物群落β-多样性 | 第52-53页 |
| 3.5 黄河入海口微生物群落与理化因子关系 | 第53-61页 |
| 3.5.1 黄河入海口微生物群落丰度及多样性与理化因子关系 | 第53-54页 |
| 3.5.2 黄河入海口优势微生物群落与理化因子关系 | 第54-59页 |
| 3.5.2.1 沉积物中优势微生物群落与理化因子关系 | 第54-55页 |
| 3.5.2.2 水体中优势微生物群落与理化因子关系 | 第55-59页 |
| 3.5.3 黄河入海口微生物群落结构与理化因子关系 | 第59-61页 |
| 4 讨论 | 第61-67页 |
| 4.1 黄河入海口微生物群落丰度分布特征 | 第61-62页 |
| 4.2 黄河入海口沉积物及水体微生物多样性分布特点 | 第62-63页 |
| 4.3 黄河入海口沉积物和水体优势微生物群落特征及潜在功能 | 第63-65页 |
| 4.4 黄河入海口传统克隆文库法与高通量测序结果比较 | 第65-67页 |
| 5 结论 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第76-77页 |
| 项目支持 | 第77页 |
