| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-17页 |
| 1.1 山羊及山羊基因组 | 第10-11页 |
| 1.2 分子标记及二代测序在山羊研究中的应用 | 第11-12页 |
| 1.3 群体重测序 | 第12-13页 |
| 1.4 GWAS关联分析 | 第13-15页 |
| 1.5 本论文的主要工作及安排 | 第15-17页 |
| 第二章 材料与方法 | 第17-29页 |
| 2.1 实验样品与材料 | 第17-18页 |
| 2.1.1 实验样品 | 第17页 |
| 2.1.2 实验材料 | 第17-18页 |
| 2.2 试验方法 | 第18-21页 |
| 2.2.1 BGISEQ-500 平台SE50建库 | 第18-20页 |
| 2.2.2 BGISEQ-500 平台测序 | 第20-21页 |
| 2.3 SNP变异检测 | 第21-26页 |
| 2.4 SNP质控 | 第26页 |
| 2.5 群体结构分析 | 第26-28页 |
| 2.5.1 PCA分析 | 第26-27页 |
| 2.5.2 系统发育树分析 | 第27页 |
| 2.5.3 群体structure分析 | 第27-28页 |
| 2.6 GWAS关联分析 | 第28页 |
| 2.7 定位基因 | 第28-29页 |
| 第三章 结果与结论 | 第29-47页 |
| 3.1 样品采集 | 第29页 |
| 3.2 BGISEQ测序结果 | 第29-37页 |
| 3.2.1 BGISEQ-1000 测序结果 | 第30-34页 |
| 3.2.2 BIGSEQ-500 测序结果 | 第34-37页 |
| 3.3 BWA比对结果 | 第37-38页 |
| 3.4 变异检测 | 第38页 |
| 3.5 SNP质控 | 第38-39页 |
| 3.6 群体结构分析 | 第39-43页 |
| 3.6.1 PCA分析结果 | 第39-42页 |
| 3.6.2 系统发育树分析 | 第42页 |
| 3.6.3 群体structure堆叠图分析 | 第42-43页 |
| 3.7 GWAS分析 | 第43-44页 |
| 3.8 候选基因定位 | 第44-46页 |
| 3.9 结论 | 第46-47页 |
| 第四章 讨论与展望 | 第47-49页 |
| 致谢 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-53页 |
| 攻读硕士期间取得的研究成果 | 第53-54页 |
| 附录 | 第54-61页 |