| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第1章 引言 | 第9-33页 |
| 1.1 研究背景 | 第9-10页 |
| 1.2 研究现状 | 第10-31页 |
| 1.2.1 微生物降解PAHs研究概览 | 第10页 |
| 1.2.2 PAHs好氧降解细菌概览 | 第10-13页 |
| 1.2.3 PAHs好氧降解途径概览 | 第13-24页 |
| 1.2.4 PAHs降解途径中的酶与基因概览 | 第24-29页 |
| 1.2.5 基因组时代的PAHs降解研究 | 第29-30页 |
| 1.2.6 现有研究总结 | 第30-31页 |
| 1.3 本研究的研究目的、内容与主要贡献 | 第31-33页 |
| 1.3.1 研究目的 | 第31页 |
| 1.3.2 各章内容简介 | 第31-32页 |
| 1.3.3 整体技术路线 | 第32页 |
| 1.3.4 本研究的主要贡献 | 第32-33页 |
| 第2章 数据收集与处理方法 | 第33-47页 |
| 2.1 数据收集的方法 | 第33-34页 |
| 2.2 与本研究中PAHs降解基因相关的菌株信息 | 第34-46页 |
| 2.3 系统发育树的构建方法 | 第46页 |
| 2.4 基因组比较与基因注释 | 第46-47页 |
| 第3章 PAHs羟基化双加氧酶基因的多样性 | 第47-65页 |
| 3.1 芳烃羟基化双加氧酶基因的多样性 | 第47-53页 |
| 3.1.1 功能明确的芳烃羟基化双加氧酶基因的多样性 | 第47-49页 |
| 3.1.2 数据库中芳烃羟基化双加氧酶基因的多样性 | 第49-50页 |
| 3.1.3 与现有Arh A的分类体系的比较 | 第50-53页 |
| 3.2 PAHs羟基化双加氧酶基因（pahA）的多样性 | 第53-59页 |
| 3.2.1 第1类pahA中加氧酶基因多样性 | 第53-56页 |
| 3.2.2 第2类pahA中加氧酶基因多样性 | 第56-59页 |
| 3.3 pahA中电子传递蛋白基因多样性及与加氧酶组分在进化上的联系 | 第59-64页 |
| 3.4 本章小结 | 第64-65页 |
| 第4章 PAH降解上游途径中基因的多样性 | 第65-82页 |
| 4.1 pahB基因多样性 | 第65-67页 |
| 4.2 pahC基因多样性 | 第67-72页 |
| 4.3 pahD基因多样性 | 第72-73页 |
| 4.4 pahE与E’基因多样性 | 第73-76页 |
| 4.5 pahF与pahF’基因多样性 | 第76-78页 |
| 4.6 不同基因多样性比较及在进化上的关系 | 第78-81页 |
| 4.7 本章小结 | 第81-82页 |
| 第5章 PAHs降解基因在基因组中组织方式 | 第82-95页 |
| 5.0 本章引言 | 第82-83页 |
| 5.1 Pseudomonas中PAHs降解基因的组织方式 | 第83-85页 |
| 5.2 Burkholderiales中PAHs降解基因的组织方式 | 第85-87页 |
| 5.3 Sphingomonadaceae中PAHs降解基因的组织方式 | 第87-88页 |
| 5.4 变形菌门中其他PAHs降解基因的组织方式 | 第88-90页 |
| 5.5 Rhodococcus及相关菌属中PAHs降解基因组织方式 | 第90-92页 |
| 5.6 Mycobacterium及相似菌属中PAHs降解基因的组织方式 | 第92-93页 |
| 5.7 PAHs降解基因的组织方式的多样性与基因多样性之间的关系 | 第93-94页 |
| 5.8 本章小结 | 第94-95页 |
| 第6章 新PAHs降解菌与基因预测 | 第95-102页 |
| 6.1 α变形菌纲中新PAHs降解菌与降解基因 | 第96-98页 |
| 6.2 Burkholderiales中新PAHs降解菌与降解基因 | 第98-101页 |
| 6.3 本章小结 | 第101-102页 |
| 第7章 结论与建议 | 第102-105页 |
| 7.1 结论 | 第102-103页 |
| 7.2 需进一步开展的工作 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-120页 |
| 致谢 | 第120-122页 |
| 附录A PAHs及其他芳烃的中英文名对照、缩写 | 第122-124页 |
| 附录B PAHs降解上游途径中间代谢产物编号及中英文名对照 | 第124-132页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文及研究成果 | 第132页 |
