基于二代测序技术整合的原核生物分析流程
| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第8-12页 |
| 1 引言 | 第12-32页 |
| ·原核生物的研究现状 | 第13-21页 |
| ·原核生物基因组学 | 第13-17页 |
| ·原核生物转录组学 | 第17-21页 |
| ·二代测序技术 | 第21-27页 |
| ·技术原理和特点 | 第21-26页 |
| ·二代测序数据的特点 | 第26-27页 |
| ·原核生物注释分析流程 | 第27-32页 |
| ·原核生物基因组注释分析流程 | 第27-29页 |
| ·原核生物转录组注释分析流程 | 第29页 |
| ·原核生物基因组和转录组综合的注释分析流程 | 第29-32页 |
| 2 我们开发的针对二代数据的分析流程 | 第32-50页 |
| ·计算机方面的实现 | 第32-35页 |
| ·几个相关的基本概念 | 第32-33页 |
| ·自动分析流程的结构和实现 | 第33-35页 |
| ·原核生物分析内容方面的实现 | 第35-50页 |
| ·基因组分析 | 第36-43页 |
| ·转录组分析 | 第43-46页 |
| ·整合基因组和转录组分析 | 第46-50页 |
| 3 自动分析流程测试 | 第50-54页 |
| ·用于测试的数据 | 第50页 |
| ·基因功能注释测试结果 | 第50-51页 |
| ·转录起始位点鉴定测试结果 | 第51-52页 |
| ·重注释测试结果 | 第52-53页 |
| ·Operon鉴定测试结果 | 第53-54页 |
| 4 自动分析流程实例展示 | 第54-62页 |
| ·嗜冷甲烷叶菌 | 第54页 |
| ·基因组分析结果 | 第54-56页 |
| ·嗜冷甲烷叶菌基因组基本特征 | 第54-55页 |
| ·嗜冷甲烷叶菌的基因COG功能分类 | 第55-56页 |
| ·嗜冷甲烷叶菌的基因组岛 | 第56页 |
| ·转录组分析结果 | 第56-62页 |
| ·两个不同时期转录谱分析 | 第56页 |
| ·差异表达基因分析 | 第56-59页 |
| ·嗜冷甲烷叶菌冷适应机制探讨 | 第59-62页 |
| 5 结论 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 附录 | 第68-70页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第70页 |
