| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 1 前言 | 第10-19页 |
| ·海洋石油污染现状及其危害 | 第10-11页 |
| ·石油的组成 | 第11页 |
| ·生物修复在海洋石油污染中的应用 | 第11-12页 |
| ·海洋环境石油烃降解微生物多样性研究进展 | 第12-13页 |
| ·烷烃降解机制研究进展 | 第13-16页 |
| ·烷烃羟化酶AlkB研究进展 | 第14-15页 |
| ·细胞色素P450羟化酶研究进展 | 第15页 |
| ·长链烷烃羟化酶研究进展 | 第15-16页 |
| ·微生物比较基因组学研究现状和进展 | 第16-17页 |
| ·微生物基因组学研究进展 | 第16页 |
| ·微生物比较基因组学研究 | 第16-17页 |
| ·咸水球形菌属研究进展 | 第17-18页 |
| ·本文研究目的及意义 | 第18-19页 |
| 2 实验材料方法 | 第19-33页 |
| ·实验材料 | 第19-23页 |
| ·试剂和药品 | 第19页 |
| ·分子生物学常用酶和试剂盒 | 第19页 |
| ·主要实验仪器 | 第19-20页 |
| ·培养基配制 | 第20-21页 |
| ·实验引物 | 第21页 |
| ·常用分析软件 | 第21-22页 |
| ·常用网址 | 第22页 |
| ·正三十二烷富集深海样品来源 | 第22页 |
| ·咸水球形菌属10株菌具体信息 | 第22-23页 |
| ·DNA遗传操作 | 第23-26页 |
| ·核酸DNA提取 | 第23-24页 |
| ·PCR扩增产物的纯化 | 第24页 |
| ·连接 | 第24页 |
| ·大肠杆菌感受态制备 | 第24-25页 |
| ·外源DNA的转化 | 第25页 |
| ·转化子的筛选鉴定 | 第25-26页 |
| ·大肠杆菌质粒的提取 | 第26页 |
| ·烷烃富集菌群多样性分析 | 第26-29页 |
| ·长链烷烃降解菌的富集分离和纯培养菌株的获得 | 第26-27页 |
| ·长链烷烃降解菌烃降解能力定性分析 | 第27页 |
| ·降解菌群总DNA提取 | 第27-28页 |
| ·16S rDNA和alkB克隆文库构建 | 第28页 |
| ·16S rDNA克隆文库分析 | 第28页 |
| ·alkB克隆文库分析 | 第28-29页 |
| ·咸水球形菌总RNA遗传操作 | 第29-31页 |
| ·菌株的诱导培养条件 | 第29页 |
| ·总RNA提取 | 第29-30页 |
| ·总RNA的纯化 | 第30页 |
| ·反转录 | 第30-31页 |
| ·实时定量PCR(real-time quantitative PCR) | 第31页 |
| ·咸水球形菌属10株菌比较基因组学分析 | 第31-33页 |
| ·咸水球形菌属基因组测序 | 第31-32页 |
| ·系统进化分析 | 第32页 |
| ·泛基因组与核心基因组分析 | 第32页 |
| ·非编码RNA(non-codon RNA),基因岛(Genomic Island)和前噬菌体(Prophage),转座元件和CRISPR(间区规律聚积的短回文重复)分析 | 第32-33页 |
| 3 实验结果分析与讨论 | 第33-63页 |
| ·烷烃富集菌群多样性分析 | 第33-49页 |
| ·可培养菌株单克隆的分离 | 第33-34页 |
| ·可培养菌株烃降解能力定性分析 | 第34-35页 |
| ·不同站位16S rDNA克隆文库分析 | 第35-37页 |
| ·不同站位16S rDNA克隆文库微生物的群落结构 | 第37-41页 |
| ·不同站位16S rDNA克隆文库和分离菌株的综合分析 | 第41-43页 |
| ·不同站位16S rDNA克隆文库α-多样性分析 | 第43-44页 |
| ·不同站位alkB克隆文库分析 | 第44-46页 |
| ·不同站位alkB克隆文库α-多样性分析 | 第46-47页 |
| ·讨论 | 第47-49页 |
| ·咸水球形菌比较基因组学分析 | 第49-63页 |
| ·基因组测序结果 | 第49-52页 |
| ·ANI分析 | 第52-53页 |
| ·系统进化树分析 | 第53页 |
| ·泛基因组和核心基因组分析 | 第53-57页 |
| ·基因岛,前噬菌体,转座元件和CRISPR预测分析 | 第57页 |
| ·咸水球形菌alkB基因簇分析 | 第57-58页 |
| ·Salinisphaera sp.C84B14在不同烷烃诱导下alkB基因表达的实时定量PCR分析 | 第58-59页 |
| ·Salinisphaera sp.C84B14中其他单加氧酶基因的实时定量PCR分析 | 第59-61页 |
| ·结果讨论 | 第61-63页 |
| 4 小结与展望 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-75页 |
| 附录 | 第75-79页 |
| 攻读硕士学位期间已发表论文 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80页 |
