| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-40页 |
| ·引言 | 第18-22页 |
| ·研究背景 | 第18-21页 |
| ·研究目的和意义 | 第21页 |
| ·项目来源与经费支持 | 第21-22页 |
| ·国内外研究现状及评述 | 第22-37页 |
| ·针叶树基因组资源开发滞后于作物和阔叶树种 | 第22-23页 |
| ·针叶树基因组资源挖掘进展迅速 | 第23-27页 |
| ·转录本挖掘研究趋势及其对针叶树育种的影响 | 第27-28页 |
| ·分子标记在针叶树遗传育种中的重要作用 | 第28-32页 |
| ·杂种与亲本基因表达质的差异 | 第32页 |
| ·杂种与亲本基因表达量的差异 | 第32-36页 |
| ·杂种优势基因行使的生物学功能和参与的生化代谢途径 | 第36-37页 |
| ·主要研究内容 | 第37-39页 |
| ·研究目标 | 第37-38页 |
| ·研究内容 | 第38-39页 |
| ·研究技术路线图 | 第39-40页 |
| 第二章 华北落叶松和日本落叶松转录组开发 | 第40-69页 |
| ·试验材料 | 第40页 |
| ·试验方法 | 第40-42页 |
| ·结果与分析 | 第42-66页 |
| ·RNA 抽提及 cDNA 文库构建结果 | 第42-44页 |
| ·Roche 454 测序、数据预处理和从头组装 | 第44-49页 |
| ·Isotigs 和 Singletons 特征分析 | 第49-54页 |
| ·冗余性评估 | 第54-55页 |
| ·Unigene 生成 | 第55-56页 |
| ·Unigene 覆盖度及质量评估 | 第56-62页 |
| ·落叶松基因与其他模式植物基因同源性比较 | 第62-65页 |
| ·与 NT 数据库比对 | 第65-66页 |
| ·上传 Unigene 信息到公共数据库 | 第66页 |
| ·讨论 | 第66-68页 |
| ·小结 | 第68-69页 |
| 第三章 落叶松 UNIGENE 功能注释 | 第69-102页 |
| ·研究方法 | 第69-70页 |
| ·研究结果 | 第70-99页 |
| ·与 NR 和 UniRef100 数据库比对 | 第70-79页 |
| ·与拟南芥和杨树基因组数据库比对 | 第79-82页 |
| ·KOG 数据库注释 | 第82-83页 |
| ·PFAM 数据库注释 | 第83-87页 |
| ·GO 注释与归类 | 第87-96页 |
| ·KEGG 数据库注释 | 第96-98页 |
| ·落叶松育种中重要基因检索 | 第98-99页 |
| ·讨论 | 第99-101页 |
| ·小结 | 第101-102页 |
| 第四章 落叶松分子标记开发 | 第102-111页 |
| ·研究方法 | 第102-103页 |
| ·结果与分析 | 第103-109页 |
| ·SSR 标记开发 | 第103-106页 |
| ·SNP 标记开发 | 第106-109页 |
| ·讨论 | 第109-110页 |
| ·小结 | 第110-111页 |
| 第五章 落叶松 MIRCORNA 挖掘 | 第111-129页 |
| ·研究方法 | 第111-112页 |
| ·研究结果 | 第112-127页 |
| ·与 miRNA 发夹前体序列比对 | 第112-114页 |
| ·与 miRNA 成熟序列比对及二级结构分析结果 | 第114-119页 |
| ·miRNA 确认及保守性分析 | 第119-120页 |
| ·miRNA 靶基因序列预测 | 第120-127页 |
| ·讨论 | 第127-128页 |
| ·小结 | 第128-129页 |
| 第六章 华北落叶松、日本落叶松及其杂种基因差异表达与杂种优势研究 | 第129-151页 |
| ·材料和方法 | 第129-135页 |
| ·研究材料 | 第129-130页 |
| ·研究方法 | 第130-135页 |
| ·结果分析 | 第135-149页 |
| ·参考基因的生成 | 第135-136页 |
| ·数字表达谱测序 | 第136-137页 |
| ·基因存在与缺失变异统计结果 | 第137-138页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第138-143页 |
| ·表达模式聚类分析 | 第143-149页 |
| ·讨论 | 第149-150页 |
| ·小结 | 第150-151页 |
| 第七章 结论 | 第151-153页 |
| 参考文献 | 第153-173页 |
| 在读期间的学术研究 | 第173-174页 |
| 致谢 | 第174页 |
