水稻白叶枯菌MLVA基因分型方法的建立
| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-18页 |
| 1 水稻白叶枯病概述 | 第11-12页 |
| ·症状 | 第11-12页 |
| ·病原 | 第12页 |
| ·病害循环 | 第12页 |
| 2 水稻白叶枯菌的基因分型研究 | 第12-14页 |
| ·水稻白叶枯病菌致病性分化研究 | 第12-13页 |
| ·分子标记技术在Xoo分型上的应用 | 第13-14页 |
| ·基于分子杂交的分子标记技术 | 第13-14页 |
| ·基于PCR技术的分子标记技术 | 第14页 |
| 3 MLVA分型概述 | 第14-17页 |
| ·可变数目串联重复序列 | 第14-16页 |
| ·MLVA分型 | 第16-17页 |
| ·MLVA分型的优点 | 第17页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第17-18页 |
| 第二章 Xoo全基因组VNTR位点的筛选 | 第18-29页 |
| 1 材料 | 第18-19页 |
| ·菌株 | 第18-19页 |
| ·培养基 | 第19页 |
| ·主要试剂 | 第19页 |
| ·主要仪器及设备 | 第19页 |
| 2 方法 | 第19-24页 |
| ·白叶枯菌的保存 | 第19-20页 |
| ·白叶枯菌DNA的提取(小量提取法) | 第20-21页 |
| ·试剂准备 | 第20页 |
| ·实验步骤 | 第20-21页 |
| ·利用TRF软件对Xoo全基因组序列分析 | 第21页 |
| ·VNTR位点的人工比对筛选 | 第21-22页 |
| ·人工比对 | 第21页 |
| ·设计引物 | 第21-22页 |
| ·基于Xoo现实模板的PCR扩增筛选 | 第22-23页 |
| ·PCR扩增体系和程序 | 第22页 |
| ·电泳 | 第22-23页 |
| ·现实模板菌株PCR扩增检测分析 | 第23页 |
| ·PCR扩增产物测序分析 | 第23页 |
| ·VNTR位点稳定性评价 | 第23页 |
| ·VNTR的命名 | 第23-24页 |
| 3 结果与分析 | 第24-27页 |
| ·TRF软件分析 | 第24-25页 |
| ·三株Xoo各VNTR位点的人工比对 | 第25页 |
| ·现实模板菌株的PCR扩增检测 | 第25-26页 |
| ·PCR扩增产物的测序分析 | 第26页 |
| ·选取的VNTR位点 | 第26-27页 |
| 4 小结与讨论 | 第27-29页 |
| 第三章 湖北稻区白叶枯菌MLVA分型分析 | 第29-49页 |
| 1. 材料 | 第29-31页 |
| ·菌株 | 第29-31页 |
| ·主要仪器及设备 | 第31页 |
| ·主要试剂 | 第31页 |
| 2. 方法 | 第31-33页 |
| ·白叶枯菌DNA的提取 | 第31页 |
| ·各VNTR位点的PCR扩增 | 第31页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳 | 第31-32页 |
| ·琼脂糖凝胶的配置 | 第31-32页 |
| ·电泳 | 第32页 |
| ·照相 | 第32页 |
| ·VNTR位点重复数的计算 | 第32页 |
| ·数据分析 | 第32-33页 |
| ·VNTR重复位点的多态性分析 | 第32-33页 |
| ·聚类分析 | 第33页 |
| 3. 结果与分析 | 第33-47页 |
| ·各个VNTR位点对部分菌株的扩增结果 | 第33-37页 |
| ·TR1位点:SSTR164-7bp-697 | 第33页 |
| ·TR2位点:SSTR3401-18bp-367 | 第33-34页 |
| ·TR3位点:SSTR4089-12bp-318 | 第34-35页 |
| ·TR4位点:SSTR323-24bp-402 | 第35页 |
| ·TR5位点:SSTR4825-16bp-373 | 第35-36页 |
| ·TR6位点:SSTR2601-12bp-331 | 第36页 |
| ·TR7位点:SSTR1021-15bp-373 | 第36-37页 |
| ·各位点的功能分析 | 第37页 |
| ·DNA条带串联重复数的计算 | 第37-42页 |
| ·VNTR位点的多态性 | 第42-43页 |
| ·UPGMA聚类分析 | 第43-45页 |
| ·各簇群菌株的地理分布 | 第45-46页 |
| ·MLVA分型与rep-PCR分型的比较 | 第46-47页 |
| 4. 小结与讨论 | 第47-49页 |
| 展望 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-57页 |
| 致谢 | 第57页 |
