| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-44页 |
| 1 长臂虾总科概述 | 第12-24页 |
| ·长臂虾总科的分类地位 | 第12-13页 |
| ·长臂虾总科的形态特征 | 第13-14页 |
| ·长臂虾总科的分布 | 第14-15页 |
| ·长臂虾总科的分类学研究 | 第15-24页 |
| ·长臂虾总科的形态分类学研究 | 第15-17页 |
| ·长臂虾总科的系统学研究 | 第17-24页 |
| 2 岩虾属概述 | 第24-36页 |
| ·岩虾属的分类地位 | 第24页 |
| ·岩虾属的形态特征 | 第24-25页 |
| ·岩虾属的分布与生活方式 | 第25-26页 |
| ·岩虾属的分类学研究 | 第26-36页 |
| ·岩虾属的划分和修订 | 第27-31页 |
| ·岩虾属的同物异名 | 第27页 |
| ·岩虾属亚属的出现与废弃 | 第27-29页 |
| ·岩虾属的重新划分 | 第29-31页 |
| ·岩虾属的邻近属 | 第31-35页 |
| ·岩虾属的系统发育研究 | 第35-36页 |
| 3 分子系统发育及其研究方法 | 第36-41页 |
| ·分子标记 | 第36-38页 |
| ·蛋白质分子标记 | 第36页 |
| ·DNA 分子标记 | 第36-38页 |
| ·进化树的构建 | 第38-41页 |
| ·内群和外群的选择 | 第38-39页 |
| ·进化树的主要构建方法 | 第39-41页 |
| ·距离法 | 第39页 |
| ·最大简约法（maximum parsimony，MP） | 第39-40页 |
| ·最大似然法（maximum-likelihood method，ML） | 第40页 |
| ·贝叶斯推断法（bayesian inference，BI） | 第40-41页 |
| 4 研究目的及意义 | 第41-44页 |
| ·研究目的 | 第41-42页 |
| ·研究意义 | 第42-44页 |
| 第二章 长臂虾总科的系统发育研究 | 第44-84页 |
| 1 前言 | 第44页 |
| 2 材料与方法 | 第44-53页 |
| ·研究材料的选择 | 第44-45页 |
| ·实验方法 | 第45-53页 |
| ·基因组 DNA 的提取 | 第45页 |
| ·PCR 产物扩增 | 第45-49页 |
| ·PCR 产物回收 | 第49页 |
| ·PCR 产物的连接、转化和克隆 | 第49-50页 |
| ·序列测定 | 第50页 |
| ·数据处理 | 第50-51页 |
| ·系统发育分析 | 第51-53页 |
| 3 实验结果 | 第53-60页 |
| ·序列分析 | 第53页 |
| ·系统发育分析 | 第53-60页 |
| ·最大似然法分析 | 第53-59页 |
| ·贝叶斯推断法分析 | 第59-60页 |
| 4 讨论 | 第60-79页 |
| ·长臂虾总科各科的系统发育关系 | 第60-68页 |
| ·拟贝隐虾科（Anchistioididae Borradaile，1915） | 第60-62页 |
| ·叶颚虾科（Gnathophyllidae Dana，1852）和膜角虾科（Hymenoceridae Ortmann，1890） | 第62-63页 |
| ·盲虾科（Typhlocarididae Annandale & Kemp，1913） | 第63-64页 |
| ·宽额虾科（ Euryrhynchidae Holthuis ， 1950 ）与阔额虾科（Desmocarididae Borradaile，1915） | 第64-66页 |
| ·咔咔虾科（Kakaducarididae Bruce，1993） | 第66-68页 |
| ·长臂虾科的系统发育关系 | 第68-78页 |
| ·隐虾亚科（Pontoniinae Kingsley，1878） | 第68-69页 |
| ·长臂虾亚科（Palaemoninae Rafinesque，1815） | 第69-78页 |
| ·第一大支（Clade I） | 第69-71页 |
| ·第二大支（Clade II） | 第71-74页 |
| ·第三大支（Clade III） | 第74-78页 |
| ·长臂虾总科的某些形态特征 | 第78-79页 |
| 5 小结 | 第79-84页 |
| 第三章 应用线粒体基因和核蛋白编码基因探讨岩虾属及其邻近属的系统发育关系 | 第84-124页 |
| 1 前言 | 第84页 |
| 2 材料与方法 | 第84-91页 |
| ·研究材料的选择 | 第84-85页 |
| ·实验方法 | 第85-91页 |
| ·基因组 DNA 的提取 | 第85页 |
| ·PCR 产物扩增 | 第85-89页 |
| ·PCR 产物回收 | 第89页 |
| ·PCR 产物的连接、转化和克隆 | 第89-90页 |
| ·序列测定 | 第90页 |
| ·数据处理 | 第90页 |
| ·系统发育分析 | 第90-91页 |
| 3 实验结果 | 第91-99页 |
| ·序列分析 | 第91-92页 |
| ·系统发育分析 | 第92-99页 |
| ·基于 16S rDNA 序列构建的进化树 | 第92-93页 |
| ·基于 4 种基因序列的联合数据集构建的进化树 | 第93-99页 |
| 4 讨论 | 第99-122页 |
| ·岩虾属的系统发育关系 | 第99-105页 |
| ·岩虾属的邻近属的系统发育关系 | 第105-114页 |
| ·岩虾属及部分隐虾类的分化 | 第114-122页 |
| 5 小结 | 第122-124页 |
| 第四章 结论 | 第124-126页 |
| 参考文献 | 第126-141页 |
| 作者简历 | 第141-142页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第142页 |
