| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-22页 |
| 第一节 虹彩病毒概述 | 第12-16页 |
| 1. 形态学特性 | 第12-13页 |
| 2. 物理化学和物理学特性 | 第13页 |
| 3. 核酸 | 第13页 |
| 4. 蛋白质 | 第13-14页 |
| 5. 脂质 | 第14页 |
| 6. 病毒粒子的复制 | 第14-15页 |
| 7. 虹彩病毒全基因组测序概述 | 第15-16页 |
| 第二节 鱼类肿大细胞病毒属全基因组结构和蛋白功能研究进展 | 第16-22页 |
| 1. 传染性脾肾坏死病毒 | 第17-18页 |
| 2. 条石鲷虹彩病毒 | 第18-19页 |
| 3. 大黄鱼虹彩病毒 | 第19-20页 |
| 4. 真鲷虹彩病毒 | 第20页 |
| 5. 斜带石斑鱼虹彩病毒 | 第20-21页 |
| 6. 问题和展望 | 第21-22页 |
| 第二章 TRBIV 基因组全序列测定与分析 | 第22-68页 |
| 1. 材料与方法 | 第22-29页 |
| ·病毒来源 | 第22页 |
| ·PCR 反应中所用的酶和试剂 | 第22-23页 |
| ·实验方法 | 第23页 |
| ·目的基因的扩增 | 第23-25页 |
| ·引物的设计 | 第23-25页 |
| ·模板的提取 | 第25页 |
| ·PCR 反应体系及反应程序 | 第25-26页 |
| ·PCR 产物的纯化 | 第26-27页 |
| ·产物克隆及测序 | 第27-28页 |
| ·序列分析 | 第28-29页 |
| 2. 结果与分析 | 第29-65页 |
| ·大菱鲆红体病虹彩病毒基因组全长和G+C 含量分析 | 第29页 |
| ·开放阅读框（ORF）的分析 | 第29-42页 |
| ·重复序列 | 第42-46页 |
| ·密码子偏爱性 | 第46-48页 |
| ·主要基因的定位及其结构分析 | 第48-65页 |
| ·ATPase（ORF 115R） | 第48-51页 |
| ·主衣壳蛋白基因(major capsid protein ,MCP ORF 6L) | 第51-54页 |
| ·DNA 聚合酶基因（ORF 20R） | 第54-56页 |
| ·核苷酸还原酶小亚基（ORF 25R） | 第56-59页 |
| ·胞嘧啶DNA 甲基转移酶DMet（ORF 46L） | 第59-61页 |
| ·TRBIV 与其它虹彩病毒的关系 | 第61-65页 |
| 3 讨论 | 第65-68页 |
| ·TRBIV 全序列的扩增 | 第65-66页 |
| ·重复序列与密码子使用频率 | 第66-67页 |
| ·TRBIV 的主要基因和 TRBIV 的分类地位 | 第67-68页 |
| 第三章 TRBIV 潜在变异区的检验 | 第68-75页 |
| 1. 材料与方法 | 第68-70页 |
| ·潜在变异区的确定 | 第68页 |
| ·试验样品 | 第68-69页 |
| ·特异性引物的设计 | 第69-70页 |
| ·PCR 反应体系及反应程序 | 第70页 |
| ·PCR 产物的测序 | 第70页 |
| ·各可变区序列差异分析 | 第70页 |
| 2. 结果 | 第70-73页 |
| ·21262-22481 区域测序结果及序列比对 | 第70-71页 |
| ·55081-55380 区域测序结果 | 第71页 |
| ·67468-67518 区域测序结果 | 第71-72页 |
| ·65592-65868 区域测序结果 | 第72页 |
| ·91782-91858 区域测序结果 | 第72-73页 |
| 3 讨论 | 第73-75页 |
| 第四章海水养殖鱼类中虹彩病毒无症状感染的套式PCR 分析 | 第75-84页 |
| 1. 材料和方法 | 第76-77页 |
| ·材料 | 第76页 |
| ·实验试剂 | 第76页 |
| ·方法 | 第76-77页 |
| ·引物设计 | 第76页 |
| ·实验鱼 DNA 的提取和 PCR 扩增 | 第76-77页 |
| ·套式PCR 的特异性及灵敏度测试 | 第77页 |
| ·六种海水鱼类体内TRBIV 的套式PCR 检测 | 第77页 |
| ·DNA 序列测定与分析 | 第77页 |
| 2 结果 | 第77-82页 |
| ·套式PCR 方法检测TRBIV 的特异性 | 第77-78页 |
| ·套式PCR 方法检测TRBIV 的灵敏度 | 第78-79页 |
| ·六种海水鱼类体内TRBIV 的套式PCR 检测 | 第79-80页 |
| ·四种海水鱼类体内检测到的TRBIV 与部分鱼类虹彩病毒ATPase 基因序列的比对 | 第80-82页 |
| 3 讨论 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-87页 |
| 附录1 常用缩略词表 | 第87-89页 |
| 附录2 本论文中所用试剂配方 | 第89-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 个人简历 | 第91页 |
| 发表的学术论文 | 第91页 |
