| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-35页 |
| §1.1 ClC蛋白家族 | 第13-17页 |
| ·ClC蛋白家族的成员及分类 | 第13-15页 |
| ·ClC蛋白的表达,生物学功能,相关疾病 | 第15-17页 |
| §1.2 细菌同源物ClC-ec1的晶体结构 | 第17-20页 |
| ·野生型晶体结构 | 第17-18页 |
| ·变异型晶体结构 | 第18-20页 |
| §1.3 前人的有关工作 | 第20-29页 |
| ·实验研究 | 第20-26页 |
| ·可能的机制 | 第26-29页 |
| §1.4 ClC蛋白的分类:通道与反向转运体 | 第29-33页 |
| ·什么是通道和反向转运体 | 第29页 |
| ·反向转运体如何变成类通道 | 第29-30页 |
| ·ClC通道与反向转运体在进化上的关系 | 第30-33页 |
| §1.5 本章小结 | 第33-35页 |
| 第二章 研究方法 | 第35-55页 |
| §2.1 分子动力学模拟 | 第35-51页 |
| ·分子动力学模拟的基本原理 | 第35-42页 |
| ·分子动力学的力场 | 第42-49页 |
| ·本文所用软件NAMD/VMD | 第49-51页 |
| §2.2 连续静电计算方法 | 第51-53页 |
| ·PB方程 | 第51-52页 |
| ·解PB方程的软件APBS | 第52-53页 |
| §2.3 本章小结 | 第53-55页 |
| 第三章 三态多离子输运模型 | 第55-73页 |
| §3.1 引言 | 第55-57页 |
| §3.2 模型和方法 | 第57-65页 |
| ·三态多离子模型 | 第57-58页 |
| ·离子电流的表达 | 第58-61页 |
| ·建立EcClC-E148Q和EcClC-E148Q-R451C系统 | 第61-63页 |
| ·通过解泊松-玻尔兹曼方程计算静电结合自由能 | 第63-64页 |
| ·解PB方程 | 第64-65页 |
| §3.3 结果与讨论 | 第65-71页 |
| ·确定模型参数 | 第65-68页 |
| ·测试模型:平均离子数和离子转运时间 | 第68-69页 |
| ·测试模型:变异导致的氯离子结合能的变化 | 第69-71页 |
| §3.4 结论 | 第71页 |
| §3.5 本章小结 | 第71-73页 |
| 第四章 残基变异对结合能的影响 | 第73-85页 |
| §4.1 引言 | 第73-76页 |
| §4.2 模型和方法 | 第76-77页 |
| ·建立野生型EcClC的通道-膜-水系统 | 第76页 |
| ·建立变异型EcClC-E148Q的通道-膜-水系统 | 第76页 |
| ·计算静电结合能 | 第76-77页 |
| §4.3 结果和讨论 | 第77-83页 |
| ·分子动力学模拟的结果 | 第77-79页 |
| ·残基变异对野生型静电结合能的影响 | 第79-80页 |
| ·残基变异对EcClC-E148Q体系结合能的影响 | 第80-83页 |
| §4.4 本章小结 | 第83-85页 |
| 第五章 总结 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-99页 |
| 攻读博士学位期间完成的论文 | 第99-100页 |
| 致谢 | 第100页 |
