| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第11-17页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-14页 |
| 1.2.1 功能模块 | 第12页 |
| 1.2.2 生物网络功能模块挖掘方法研究 | 第12-13页 |
| 1.2.3 整合多种网络数据的模块挖掘方法研究 | 第13-14页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第14-15页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第15-17页 |
| 第2章 生物网络功能模块挖掘算法 | 第17-24页 |
| 2.1 引言 | 第17-18页 |
| 2.2 单一网络功能模块挖掘算法 | 第18-21页 |
| 2.2.1 蛋白质相互作用网络中模块挖掘算法 | 第18-20页 |
| 2.2.2 转录调控网络中模块挖掘算法 | 第20-21页 |
| 2.3 融合转录调控关系和蛋白质相互作用的模块挖掘方法 | 第21-23页 |
| 2.3.1 基于motif挖掘复合功能模块 | 第21-22页 |
| 2.3.2 基于拓扑和多元信息挖掘复合功能模块 | 第22-23页 |
| 2.4 小结 | 第23-24页 |
| 第3章 基于共调控密度的复合功能模块挖掘算法 | 第24-39页 |
| 3.1 引言 | 第24页 |
| 3.2 相关定义 | 第24-26页 |
| 3.2.1 蛋白质相互作用网络和转录调控网络图定义 | 第24-25页 |
| 3.2.2 网络整合 | 第25页 |
| 3.2.3 复合功能模块 | 第25页 |
| 3.2.4 共调控密度 | 第25-26页 |
| 3.3 CRMD算法描述 | 第26-29页 |
| 3.4 实验数据与结果分析 | 第29-38页 |
| 3.4.1 实验数据 | 第29页 |
| 3.4.2 实验方法 | 第29-31页 |
| 3.4.3 实验结果 | 第31-38页 |
| 3.5 小结 | 第38-39页 |
| 第4章 基于C-pair的复合功能模块挖掘算法 | 第39-54页 |
| 4.1 引言 | 第39页 |
| 4.2 相关定义 | 第39-40页 |
| 4.2.1 C-pair | 第39-40页 |
| 4.2.2 局部转录调控密度 | 第40页 |
| 4.2.3 蛋白质相互作用密度 | 第40页 |
| 4.3 CPCRM算法描述 | 第40-42页 |
| 4.4 实验数据与方法 | 第42-43页 |
| 4.4.1 实验数据 | 第42页 |
| 4.4.2 验证方法 | 第42-43页 |
| 4.5 实验结果与分析 | 第43-52页 |
| 4.5.1 酵母数据集结果分析 | 第43-49页 |
| 4.5.2 人类数据集结果分析 | 第49-51页 |
| 4.5.3 阈值分析 | 第51-52页 |
| 4.6 小结 | 第52-54页 |
| 结论 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-62页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文 | 第62-63页 |
| 附录B 攻读学位期间参加的科研项目 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64页 |