| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 主要缩略语词汇表 | 第10-11页 |
| 第1章 前言 | 第11-27页 |
| 1.1 生物进化 | 第11-12页 |
| 1.1.1 生命的起源 | 第11页 |
| 1.1.2 生物进化论 | 第11-12页 |
| 1.2 进化机制与规律 | 第12-15页 |
| 1.2.1 分子进化 | 第12-13页 |
| 1.2.2 适应性进化学说 | 第13-14页 |
| 1.2.3 分子进化中性学说 | 第14-15页 |
| 1.3 遗传密码的起源与进化 | 第15-16页 |
| 1.3.1 遗传密码的起源介绍 | 第15-16页 |
| 1.3.2 遗传密码的进化方向 | 第16页 |
| 1.3.3 遗传密码数量演变的过程 | 第16页 |
| 1.4 分子进化建模 | 第16-20页 |
| 1.4.1 密码子及其简并性 | 第16-18页 |
| 1.4.2 核苷酸置换模型 | 第18-20页 |
| 1.4.3 密码子置换模型 | 第20页 |
| 1.5 计算选择压力方法的研究现状 | 第20-27页 |
| 1.5.1 同义替换率Ks和异义替换率Ka | 第20-22页 |
| 1.5.2 同义和异义替换率的算法介绍 | 第22-27页 |
| 第2章 刻画适应性进化的新方法 | 第27-35页 |
| 2.1 方法概述 | 第27-31页 |
| 2.1.1 概念引入 | 第27-28页 |
| 2.1.2 方法介绍及计算过程 | 第28-31页 |
| 2.2 方法评估及与Ka/Ks计算的比较 | 第31-35页 |
| 第3章 新方法在BR受体基因进化中的应用 | 第35-45页 |
| 3.1 BR及其受体的介绍 | 第35-36页 |
| 3.1.1 BR及其功能 | 第35页 |
| 3.1.2 BR受体及其结构 | 第35-36页 |
| 3.2 分析材料与方法 | 第36-38页 |
| 3.2.1 BR受体基因的获取 | 第36-37页 |
| 3.2.2 基因序列的分析方法 | 第37-38页 |
| 3.2.3 分析使用软件 | 第38页 |
| 3.3 分析结果-揭示BR受体的进化规律 | 第38-42页 |
| 3.3.1 在BR受体全长序列中核苷酸固定位点的分布 | 第38-39页 |
| 3.3.2 BR受体全长序列间选择压力的计算 | 第39-41页 |
| 3.3.3 BR受体各个区域的功能差异分析 | 第41-42页 |
| 3.4 结论 | 第42-45页 |
| 第4章 新方法在全基因组进化中的应用 | 第45-63页 |
| 4.1 分析材料与方法 | 第45-52页 |
| 4.1.1 分析材料的获取 | 第45-46页 |
| 4.1.2 分析方法及步骤 | 第46-52页 |
| 4.2 分析结果 | 第52-63页 |
| 4.2.1 在果蝇基因组中的应用 | 第52-55页 |
| 4.2.2 在鸟类基因组中的应用 | 第55-58页 |
| 4.2.3 在植物基因组中的应用 | 第58-63页 |
| 第5章 讨论与结论 | 第63-65页 |
| 5.1 讨论 | 第63页 |
| 5.2 结论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 附录 | 第71-83页 |
| 致谢 | 第83-85页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第85页 |