| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-15页 |
| 1 课题研究背景及意义 | 第9-10页 |
| 2 研究现状 | 第10-13页 |
| 2.1 基于功能层面的生物学标记识别及癌症分类 | 第10-11页 |
| 2.2 整合拓扑结构信息的生物学标记识别及癌症分类 | 第11-13页 |
| 3 本文主要工作 | 第13-15页 |
| 第二章 癌症分类方法简介 | 第15-27页 |
| 1 基本概念 | 第15-20页 |
| 1.1 KEGG数据库 | 第15-16页 |
| 1.2 NCBI数据库 | 第16页 |
| 1.3 T检验 | 第16-17页 |
| 1.4 Pearson相关系数 | 第17-18页 |
| 1.5 数据分析工具 | 第18页 |
| 1.6 主成分分析 | 第18-19页 |
| 1.7 逻辑回归分类算法 | 第19-20页 |
| 2 癌症分类方法 | 第20-27页 |
| 2.1 Genes方法 | 第20页 |
| 2.2 Mean和Median方法 | 第20-21页 |
| 2.3 PAC方法 | 第21页 |
| 2.4 基于蛋白质子网络的方法 | 第21-23页 |
| 2.5 利用基因概率推断通路活性 | 第23-24页 |
| 2.6 DRW方法和DRW-GM方法 | 第24-27页 |
| 第三章 基于基因及基因互作的通路活性推断方法 | 第27-33页 |
| 1 数据获取与预处理 | 第27-29页 |
| 2 PAGI方法推断通路活性 | 第29-33页 |
| 2.1 对通路网路里的基因加权 | 第29页 |
| 2.2 定义基因间互作表达值 | 第29-30页 |
| 2.3 定义通路活性 | 第30-33页 |
| 第四章 基于PAGI方法的癌症分类研究 | 第33-47页 |
| 1 单个数据集的分类实验 | 第33-35页 |
| 2 独立交叉数据集的分类实验 | 第35-37页 |
| 3 PAGI方法在其他通路下的分类性能 | 第37-41页 |
| 4 MAPK同路里的风险基因和基因互作 | 第41-47页 |
| 总结与展望 | 第47-49页 |
| 参考文献 | 第49-55页 |
| 致谢 | 第55页 |