| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-20页 |
| 1.1 噬菌体 | 第13页 |
| 1.2 噬菌体展示技术 | 第13-15页 |
| 1.3 生物淘选中的信号与噪声 | 第15-17页 |
| 1.4 噬菌体展示的生物信息学研究 | 第17-18页 |
| 1.5 本文的主要研究内容及结构安排 | 第18-20页 |
| 第二章 二代噬菌体展示测序数据处理平台 | 第20-44页 |
| 2.1 引言 | 第20-22页 |
| 2.2 材料与方法 | 第22-27页 |
| 2.2.1 文库设计和构建 | 第22-23页 |
| 2.2.2 文库的化学修饰 | 第23页 |
| 2.2.3 Illumina双端测序 | 第23-24页 |
| 2.2.4 Illumina双端测序数据分析 | 第24-26页 |
| 2.2.5 差异富集分析 | 第26-27页 |
| 2.3 双端处理程序概述和评估 | 第27-33页 |
| 2.4 初始文库多样性的评估 | 第33-40页 |
| 2.5 N端展示和域内展示文库多样性的评估 | 第40页 |
| 2.6 翻译后化学修饰文库的多样性评估 | 第40-41页 |
| 2.7 讨论 | 第41-42页 |
| 2.8 本章小结 | 第42-44页 |
| 第三章 基于生物淘选数据检测靶标无关肽 | 第44-59页 |
| 3.1 引言 | 第44-46页 |
| 3.2 数据和方法 | 第46-51页 |
| 3.2.1 数据收集 | 第46-47页 |
| 3.2.2 二代噬菌体展示数据 | 第47页 |
| 3.2.3 未经淘选的噬菌体展示数据 | 第47-48页 |
| 3.2.4 新数据字段 | 第48-49页 |
| 3.2.5 数据库设计和实现 | 第49-50页 |
| 3.2.6 分子三维结构可视化工具实现 | 第50页 |
| 3.2.7 Sequences Features工具实现 | 第50-51页 |
| 3.3 结果 | 第51-57页 |
| 3.3.1 数据统计 | 第51-52页 |
| 3.3.2 BDB数据库浏览 | 第52-54页 |
| 3.3.3 BDB数据库检索 | 第54-55页 |
| 3.3.4 BDB数据库中的靶标无关肽分析工具 | 第55-57页 |
| 3.3.5 数据共享 | 第57页 |
| 3.4 讨论 | 第57-58页 |
| 3.5 本章小结 | 第58-59页 |
| 第四章 基于数据挖掘的靶标无关肽预测工具 | 第59-76页 |
| 4.1 支持向量机 | 第59-60页 |
| 4.2 预测模型评估 | 第60页 |
| 4.3 单机版工具开发 | 第60-61页 |
| 4.4 链亲和素结合肽预测工具SABinder | 第61-69页 |
| 4.4.1 数据收集与构建 | 第61-63页 |
| 4.4.2 特征提取和特征选择 | 第63页 |
| 4.4.3 支持向量机模型的构建 | 第63-64页 |
| 4.4.4 独立测试数据集评估 | 第64页 |
| 4.4.5 不同特征训练的支持向量机模型的性能 | 第64-65页 |
| 4.4.6 基于不同机器学习方法的分类模型的性能 | 第65-66页 |
| 4.4.7 集成预测器SABinder | 第66-68页 |
| 4.4.8 独立测试数据集评估SABinder | 第68-69页 |
| 4.4.9 SABinder与现有工具的比较 | 第69页 |
| 4.5 增殖相关靶标无关肽预测工具PhD7Faster 2.0 | 第69-75页 |
| 4.5.1 基准数据集 | 第70页 |
| 4.5.2 伪氨基酸组分和三肽组分 | 第70-72页 |
| 4.5.3 特征选择 | 第72页 |
| 4.5.4 参数优化 | 第72页 |
| 4.5.5 PhD7Faster 2.0的性能 | 第72-73页 |
| 4.5.6 网络版和单机版的PhD7Faster 2.0 | 第73-74页 |
| 4.5.7 PhD7Faster 2.0和1.0之间的比较 | 第74-75页 |
| 4.6 讨论 | 第75页 |
| 4.7 本章小结 | 第75-76页 |
| 第五章 靶标无关肽检测工具包SAROTUP 3.0 | 第76-84页 |
| 5.1 引言 | 第76-77页 |
| 5.2 靶标无关肽模体序列更新 | 第77-79页 |
| 5.3 新的靶标无关肽检测工具的集成 | 第79-80页 |
| 5.4 网络版SAROTUP | 第80-81页 |
| 5.5 单机版SAROTUP | 第81-82页 |
| 5.6 SAROTUP工具包的应用 | 第82-83页 |
| 5.7 本章小结 | 第83-84页 |
| 第六章 基于噬菌体展示与分子对接的metuximab表位预测 | 第84-93页 |
| 6.1 引言 | 第84-85页 |
| 6.2 材料与方法 | 第85-87页 |
| 6.2.1 材料 | 第85页 |
| 6.2.2 Ph.D-12文库的生物淘选 | 第85-86页 |
| 6.2.3 基于模拟肽的表位映射 | 第86页 |
| 6.2.4 分子建模和分子对接 | 第86-87页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第87-92页 |
| 6.3.1 美妥西单抗淘选结果分析 | 第87-88页 |
| 6.3.2 基于模拟肽的表位预测结果 | 第88-90页 |
| 6.3.3 分子对接的表位分析结果 | 第90-91页 |
| 6.3.4 美妥西单抗作用机制的见解 | 第91-92页 |
| 6.4 本章小结 | 第92-93页 |
| 第七章 总结与展望 | 第93-95页 |
| 7.1 本文总结 | 第93-94页 |
| 7.2 工作展望 | 第94-95页 |
| 附录 | 第95-109页 |
| 附录Ⅰ | 第95-99页 |
| 附录Ⅱ | 第99-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-125页 |
| 攻读博士学位期间取得的成果 | 第125-126页 |
